杜仲赶往瀛台，为已奄奄一息的光绪皇帝把脉并好言安慰光绪。御医张正元反对杜仲开的药药性太猛，不适宜虚弱的光绪服用。他不理众人反对，自己煎药，当他折返光绪寝宫，已见隆裕、瑾妃、载沣跪在床前痛哭，晴天霹雳光绪已驾崩。杜仲怀疑光绪死于砒霜毒，慈禧允许杜仲一天时间查出光绪死因。杜仲回到寝宫，已被清洁得干净，却在椅脚下发现一个相识的玉佩。伏苓宁死不嫁杜仲追溯十年前，拿着玉佩的伏苓从外地回到家乡，她却在多年前闹出过一件轰天动地的大事。伏苓原本已有心上人佘鸿儒，奈何要嫁给杜仲为妾，鸿儒在她成亲之日带她出走，却给杜仲亲友撞破，被捉至厅前公审。伏苓不畏浸猪笼承认与鸿儒相爱，扬言比嫁给杜仲为妾更幸福。杜仲被伏苓激发，借意喝骂伏苓，驱逐他们离开家乡，伏苓诧异。来到存仁馆，伏苓眼见跌打馆变成赌坊，师弟葛根被师兄童铁骨打骂，伏苓赶走赌客，铁骨伸手打她时被葛根一手挡开至脱骹。伏苓跟葛根回家见嫲嫲戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓赎回存仁馆，屋契则仍在“那人”手上，伏苓闻言面有难色。她躲在暗角监视杜府，并见杜仲出诊时走入妓院。世凯邀请杜仲出诊伏苓偷入杜府书房寻找屋契，期间不慎打翻香炉，惊动身处卧房的杜夫人百合，伏苓急忙逃去。百合不慎跌倒，伏苓于心不忍救出百合，方知她不良于行。百合谓自小患过大病，自此双脚不能走动。杜仲回来似乎不认得伏苓。伏苓认为杜仲好色，庆幸没有嫁入杜家。杜仲本为良济赞堂名医，求诊病人不计其数。一天，两名大汉奉袁世凯之命找他出诊，杜仲到袁府时见到两名面带瘀伤的医师，杜仲为世凯爱妾把脉，认定她并非怀孕而是体内积存血块，开了一剂“滑胎药”服用，世凯不信。杜仲交还伏苓屋契世凯爱妾果然药到病除，世凯重赏杜仲却被婉拒，同时对于杜仲不畏威名而留下好印象。伏苓知道存仁馆要改为妓院，唯有再次到访杜家，以替百合做蒸脚为由，再潜入书房偷屋契，岂料被杜仲捉个正着。其实杜仲早已认出伏苓，伏苓坦言要取回存仁馆屋契，事败后失望离去。眼见铁骨拆存仁馆，伏苓跟铁骨理论不得要领，戴娣拿着屋契到来，铁骨无奈交回存仁馆。伏苓质问杜仲有何居心，杜仲向她提出每日上门为百合按摩和蒸脚作为条件，伏苓答应。

世凯使人送来轮椅赠百合，更有意罗致杜仲担任其新军军医，杜仲推辞。杜仲到教堂与泰来神父交流医术，神父请他为一位李姓好友医治咳嗽。杜仲为他把脉后，始道出其病因并对症下药。存仁馆重新开张，伏苓和葛根戮力推销秘制药丸和药酒，可惜无人问津。同时，债主到来追收铁骨早前购入名贵药材的欠款。伏苓为欠债伤透脑筋，葛根称愿意打擂台赚钱还债，可是葛根在开赛后不足三分钟就被俄国大力士打至重伤。慈禧手脚无故瘀伤葛根重伤倒地，伏苓喝停后即喂他服用“还魂丹”药丸，葛根吐出一口瘀血后回复气力，自行走下擂台。伏苓为葛根治伤时再遇债主临门，俄国大力士和擂台主持打算向伏苓购入大批“还魂丹”，债主亦称愿意与伏苓合作赚钱，存仁馆得以暂时解困。杜仲看过曾医治咳嗽患者的名帖后，始得悉李姓友人正是李鸿章，鸿章赞赏杜仲医术，并邀他为一位“贵人”治怪病。杜仲来到颐和园乐寿堂后似有所悟，如他所料患者正是慈禧太后，并发现她的手脚出现无名瘀伤。杜仲细心检查太后身体以及留意房中摆设，认为慈禧所患的怪病全因邪风入侵所致，要除去怪病，须连续作法七天及服药七日，自然药到病除。慈禧梦行症发作杜仲跟任锡庚到值班室，忽闻乌鸦凄厉叫声，才知道它们在宫中吃饱饲料便会飞走。翌日慈禧质问杜仲她的手脚仍有瘀伤，杜仲指出瘀伤再现乃是体内邪气迫出所致，他为慈禧检查脚部，却发现慈禧脚有伤痕，但袜子却干净如新。他跟随涴佳格格到杂物房找寻慈禧的旧袜子，但见袜子上染有血迹和黏有乌鸦粪便。他们再到颐和园的索伦杆，又发现有不少雀粪和饲料残渣。至半夜时，杜仲在慈禧寝宫外发出乌鸦叫声，不久连英和玉贵伴着只穿睡衣的慈禧外出，慈禧边行边跌跌撞撞，来到索伦杆前，慈禧双手做出挖掘动作，似乎找到东西，慈禧双手捧着返回寝宫，杜仲认定慈禧患梦行症。杜仲治愈慈禧心病杜仲已想好法子治慈禧梦行症，这日他陪伴慈禧到花园散步，涴佳和幼兰同在身旁，涴佳发现假山内有一个人形布偶，布偶背后写着慈禧姓氏，看来是对慈禧施了厌胜术，杜仲建议将布偶烧毁，诅咒便化为灰烬，慈禧的脸露宽容，她明白是杜仲治好她的心病。杜仲借机向慈禧道出只有亲情永留心中，慈禧似有所悟。慈禧到瀛台送光绪一瓶补药，岂料光绪竟对慈禧囚禁珍妃表示不理解，惹得慈禧不满，拂袖而去。

杜仲从外归来，百合向杜仲追问为哪位贵人治病，杜仲三缄其口。杜仲姑母杜秋萍担心无子嗣，得知百合不反对杜仲纳妾，遂带少女金花到药店给杜仲相亲。杜仲在翻阅医书之际似有发现，竟要秋萍带金花再见他但不许她化妆。百合向伏苓倾诉杜仲纳妾，伏苓替百合不值。秋萍带金花到酒楼与杜仲相见。伏苓冤家路窄遇着铁骨，为避开铁骨寻仇遂走进酒楼其中一厢房躲藏，却见杜仲、秋萍和金花正坐着，伏苓说代百合而来。伏苓向金花进言，遭杜仲驱赶离去。光绪观戏珍妃滑胎杜仲向百合道出再见金花是为其看病，发现她因为过于浓妆艳抹以致皮肤中汞毒。慈禧供奉文殊菩萨，在颐和园搭建戏棚，属意端郡王载漪与子溥儁陪同观戏。隆裕与慧贵妃、瑾妃求光绪出席，光绪为求早日与珍妃相见答允出席。岂料隆裕所选两出剧目掀动光绪反叛之心，决不亲选剧目以令慈禧难堪。慈禧找溥儁挑选，直到礼佛仪式开始，慈禧要光绪返回瀛台静养，隆裕等人愕然。在北三所小房子里，珍妃求送饭菜的余嬷嬷下次带开胃酸菜，余嬷嬷离开时看到珍妃作呕状，起了疑心。在北三所，珍妃睡不安宁并感到腹中不适，其后更发现满手是血。杜仲被荐入太医院慈禧知道珍妃滑胎大为震怒，以为是珍妃与她作对才隐瞒怀孕之事，涴佳推荐杜仲入太医院。杜仲送了多种名贵食材到存仁馆，拜托伏苓以后多加照顾百合。多位御医见杜仲被慈禧赐封为御医，妒忌之馀又担心自己地位不保。锡庚介绍太医院运作，怀安交出奇难杂症予杜仲跟进。荣亲王女儿升平格格，因为对药物敏感而不能服药，杜仲使用蒸气令格格吸入药气，果然药到病除。成亲王福晋诞下小贝勒，其舌头伸出后无法缩回口腔内，杜仲在福晋背后拿起花瓶并用力摔地上，发出砰然巨响，福晋大骂同时小贝勒舌头已缩回口腔内。杜仲治愈珍妃心病锡庚带杜仲到珍妃住所却被珍妃追逐棒打，涴佳劝止。涴佳谓珍妃自滑胎后，忆子成疾，精神恍惚。杜仲认为除服用养心安神药，还须医治心病，让她安葬死胎才是解决办法。杜仲和锡庚为珍妃申请死胎，宗人府和太医院互相推卸，杜仲只好以偷窃死胎交予珍妃安葬。慈禧召见各大臣商讨溥儁登基之事，众认为应三思而行，慈禧唯有搁置登基之事。载漪不忿，世凯进言称要赢必先要有实力，载漪闻言似有对策……

金花与母买嫁女饼，伏苓以为她要嫁杜仲，金花称杜仲看出她中了汞毒，服过杜仲的药后皮肤变得光滑。伏苓在杜府见到一户家丁送来厚礼，感激杜仲用激将法令他家老爷服药，伏苓有感错怪杜仲。伏苓离开杜府后见杜仲背着药箱到妓院，以为他往嫖妓。伏苓冲入房间并向杜仲拨水为百合出头，如意解释杜仲替她们看病。葛根陪伏苓到庙宇参神，转身时不小心撞到迎面而来的玉贵，使他几乎跌倒，玉贵见到葛根时神情怪异，遂跟踪至存仁馆。伏苓自由出入宫廷伏苓见玉贵未能带她入宫谋差事，于是转向杜仲埋手。杜仲鉴于伏苓为人过于冲动，恐受牵连而拒绝，伏苓死心不息，想尽方法务求杜仲介绍她到宫中办事。杜仲见她为家人谋差事，不禁生起恻隐之心，终带她见院使大人艾文光。伏苓虽然通过测试，却因太医院从未聘用女医而要她请回。此时，隆裕扭伤颈却不肯由太医院男御医治理，伏苓请缨效劳。隆裕满意伏苓的推拿手法，伏苓乘机危言耸听，谓隆裕颈痛积劳已久，随时祸及生育，隆裕大惊并给伏苓令牌每日自由进宫为她推拿，伏苓诡计得逞。伏苓受命寻神秘人伏苓向七叔报喜取得隆裕信任，可以自由出入宫中。七叔要伏苓追查神秘人下落，那人正是提供皇宫消息予组织，但由于负责与神秘人联络的手足刚去世，组织盼伏苓潜入宫中与他联系。组织只知神秘人非男人，且小腿近脚踭刻有蝠鼠纹身图案。为打探脚踭有蝠鼠纹身，伏苓向隆裕提议为她按脚推拿，隆裕应允。众妃嫔知道隆裕因按脚推拿变得年轻貌美，纷纷找伏苓按脚推拿。杜仲专责医治光绪载漪探望病榻中的光绪，光绪指他近日腹泻不止。慈禧从载漪口中得知光绪腹泻，载漪乘机指称不可一日无君。连英为慈禧递上披风御寒，披风正是光绪多年前送赠，慈禧暖在心头。慈禧责成文光三人，怀安提议杜仲为光绪诊治，慈禧准许。怀安其实担心光绪命不久矣，若杜仲治不好光绪，他们可以置身事外，若医好则他们推荐有功，故无论如何，他们只会立在不败之地。光绪自变法失败被慈禧软禁瀛台，更与珍妃天各一方，杜仲对光绪境况寄予同情。光绪却不肯被杜仲诊治，赶他和锡庚离开。

在仍未查明病因前，杜仲建议光绪饮用生理盐水以防缺水和缺盐。他赶到北三所告知珍妃光绪病况，珍妃写信除了表达思念之情，还要光绪相信杜仲，才能早日痊愈。光绪依从服用生理盐水，杜仲还带来珍妃赠送的牡丹花，劝光绪振作。伏苓从皇后妃嫔口中得知光绪患重病，由杜仲专责医治，她向杜仲打听，杜仲守口如瓶，伏苓只好作罢。伏苓向七叔报告，谓组织未筹够钱推翻清朝，担心错失机会。葛根初次邂逅德龄存仁馆来了两位客人阿虎和阿豹购买救伤用品，他们竟是葛根儿时的玩伴。载沣与德龄策马来到熙来攘往的大街上却无法穿过人群，载沣陪德龄步行往教堂，更相约德龄翌日吃午饭。德龄与神父聚旧，又准备弹琴给神父欣赏，刚巧有病人找神父，德龄留下独自弹琴，琴声竟吸引送货的葛根，他躲在一旁静听，二人一见如故。葛根带德龄到花园参观圣母像，其时见到虎和豹向圣母像淋火油企图烧毁圣母像，德龄阻止。虎看见德龄西化衣着打扮，认定她是假洋人，要捉拿她向义和团领赏钱。葛根阻挡不及反被他们一同捉着。德龄告知兄长会付出赎金，虎、豹闻得丰厚赎金暂且放过二人。杜仲细查光绪寝宫翌日虎拿了德龄的字条到酒楼找载沣，载沣以取赎金为由拖延时间，实情跟踪虎返回巢穴。载沣怒喝虎，虎以匕首架着德龄，载沣使计引开虎注意，趁机与葛根上前扑去，载沣成功救回德龄，葛根打晕虎却受了伤。杜仲怀疑光绪中毒，再到瀛台检视光绪寝宫，期间留意到牡丹花枯萎却有檀香味，之后又发现香炉已无灰烬。经查问太监后，杜仲知光绪每晚燃点檀香促使入睡，杜仲觉得檀香可疑，遂找来两只白老鼠做实验。杜仲证实檀香有毒伏苓为百合制作糕点并交予杜仲，杜仲取过后促她离去。杜仲静观白老鼠有何变化之际，有一黑影从外而至，时杜仲已留意白老鼠没有叫声，打开木箱见白老鼠明显死去，杜仲相信檀香有毒，而黑衣人乘时取硬物向杜仲打过去，杜仲惨叫一声，黑衣人取去老鼠和檀香夺门逃走，却与伏苓碰着，伏苓见杜仲受伤结果让黑衣人逃去。杜仲从光绪得知檀香是载漪送赠，要他小心防范。时载漪再赠檀香，光绪虽接受但会暂时停用，载漪知奸计被杜仲识破，气极而去。载漪感谢世凯使他避过一劫，世凯表明会好好封存毒檀香，气煞载漪。