东汉末年，瘟疫频发，百姓被骗，信巫不姓医，导致百姓枉死。无量教主的神符散大行其道，郡丞张宗汉识破，与无量教誓不两立，惨遭诬陷，致使张氏一门满门操斩。 张仲景目睹双亲被斩，悲痛欲绝，被师父领进悬济堂，每每想下山为父母报仇，均被师父拉住。师父告诉张仲景，张家只留下他这一条根，自己一定要护他周全，将其留下学医，并为张仲景改名为张子良，以掩人耳目。 张仲景第一次上课走神，师父知道他的心思，告诉他，只要将医简用心抄完，便有了可以商议下山的机会。从此，张仲景开始重复砍竹，制作竹简，再抄录的过程，从最初的生涩，到逐渐熟练。张仲景每每想到父母被奸人所害，惨死的样子，恨不能亲手杀了仇人。日子就在张仲景的刻苦抄录及对敌人的仇恨中渡过，转眼他已成年。 这天，张仲景磨刀准备杀鸡，他一边磨刀，一边想起仇人，一时激愤，将鸡看成敌人，斩杀之后，热泪流下，刚巧被师兄看到。师兄嘲讽张仲景心善，杀两只鸡都能掉泪，还好有师姐解围，将两只鸡拎去厨房。 今天是师父五十大寿，张仲景特意准备了美酒给师傅满上，旁边的师兄见师父与张仲景如此亲厚，心里十分妒忌，脸上就带出来。张仲景敬完寿酒之后，说起自己已经抄完典藉，提醒师父当年之约。 师父这些年来一直在磨练张仲景的心性，如今见他要下山，还是担心的很。张仲景早在不断的制作竹简和抄录中，明白师父的苦心，告诉师父自己已经长大，绝不鲁莽，师父这才点头，但仍然提醒他一定要爱惜生命，留下有用之身，为民效力。师父考较张仲景五味篇，张仲景一下子就背出来，让师父很满意。 师兄在房内写下定要为良医或良相的志向，获得师姐的称赞。张仲景找上门来，提出想跟着大师兄一起下山，但是师父还没同意，大师兄也不敢私自带他下山，于是拒绝了张仲景。 大师兄与师姐结伴下山时，提起张仲景最近的不一样来，说起他曾在梦中大喊着报仇，不明白打小在山中长大的张仲景，有何仇可报。师姐当年跟着师父一起下山救回张仲景，自是知道他的仇恨，但她谨记师父的话，张仲景的身世连大师兄都不能告诉。 大师兄与大师姐走到半道上，天空突然下雨，赶紧躲进附近的小茅屋里，大师兄见师姐的衣裳湿了，心疼的很。师父见天空突降大雨，便出来看看晒制的药材，没见到张仲景，猜到他已偷偷下山，赶紧追上大师兄，让他去救张仲景。 张仲景在无量教教主门外，看到下人们搬着许多东西进去，怀疑那些东西的来路，便乔装成下人，混入其中。张仲景在库房内发现无量教主高量的密室，得知“神符散”的成分便是毒品，让人上瘾，使得百姓深受其害，心中的仇恨更加厉害，欲冒险行刺高量。 高量之女姚儿体弱多病，今日正好晕厥过去，急得高量紧急让人出去寻医。大师兄趁此机会进入高府，声称自己行医时需要一人打下手，指了站在下人堆里的张仲景。 大师兄带着张仲景进了姚儿的内室，以祖传秘方为由，打发走其他人，待大师兄摸过姚儿的脉，发现脉象太乱，根本从没见过，便打了退堂鼓，欲寻出口逃走。 张仲景试着给姚儿把了脉，发现医案上曾有记载，于是施针救醒姚儿。师兄弟借着高量急于见女儿的时机，偷偷溜走，没想到杜典追来。张仲景以己身引开杜典，给大师兄赢得逃跑的机会。

张仲景没跑几步，便被杜典带人围住，张仲景摸出身上的匕首，与人群对恃，惹得杜典一直嘲笑他自不量力。眼见张仲景逃跑无望，赵家兄妹突然出现，杜典头受攻击，怒骂着找赵家兄妹的麻烦。赵家兄妹武功高强，虽然救下张仲景，可赵家兄弟却为此身负重伤。 张仲景一路搀扶着赵家兄弟，与赵凌烟一起奔逃，后见赵兄伤势实在太重，便想去寻草药施救。赵凌烟认为张仲景想要扔下他们自己逃走，不放他走。张仲景自报家门，让赵凌烟终于对哥哥的伤情有救有了信心，不断催促他，赶紧带自己兄妹二人去求悬济堂堂主救命。 大师兄气喘如牛地回到山上，谎称自己与张仲景走散，这才先行回来向师父汇报情况。师父听大师兄这么一说，不禁有些责备大师兄竟然扔下师弟，就这么回来了。大师兄责怪师傅没有早些告诉自己，张仲景与无量教有这么大的仇怨，害得他没有心理准备，才搞得这么狼狈。师父没有安慰或问一句大师兄的伤情，让大师兄心里很是难受，觉得哪怕是自己死在外头，师父也不会管，一心只有张仲景。 黄岑心里明白张仲景与无量教的恩怨，但她面对大师兄周亢的再一次打探，还是不肯透露张仲景的身世，让周亢觉得只有自己不知情，心里很不痛快。 师父正万分操心张仲景的安危，张仲景便带着赵家兄妹赶回悬济堂。周亢一见张仲景，气不打一处来，先声夺人地责备张仲景先是连累自己，现在又连累别人为他受伤。张仲景自责不已，丝毫没有辩解，着急地请师父救人。 赵凌烟为哥哥的伤情急得不行，不免出言不当，周亢只顾与赵凌烟吵架，惹得师父不高兴。黄岑赶紧示意张仲景，将赵凌烟带出去。赵凌烟也知道自己言语过激，在张仲景的劝慰下，安静下来。 姚儿得知救自己的是一个英俊潇洒的年青人，决定要好好感谢人家一番。婢女说得是周亢，但姚儿在迷糊之际，依稀看到为她治病的是张仲景。 张仲景一大早采来一枝花制成膏药给赵兄消仲止痛。赵凌烟见哥哥虽然比昨日好上许多，但还没醒来，很不放心，不禁追问张仲景，可否保哥哥无恙。张仲景认为刀伤并不要紧，但赵凌烟第二日还不见哥哥醒来，急得追着张仲景问原因，并表示，如果哥哥好不了，就要张仲景养他们一生。 周亢一直认为师父小看自己，从来一碗水端不平，偏袒张仲景，决心一定要出人头地，让师父不敢小瞧。这天，赵凌烟兴高采烈地跑来找张仲景，告诉他，哥哥已醒。张仲景也很高兴，这几天他就一直提着心，今晚总算能睡个安稳觉。 高量打算用姚儿的婚事，攀上太守刘大人，于是亲自去找姚儿联络感情。姚儿自母亲因高量死后，便对高量有恨，实在不愿搭理，但高量仗着自己是姚儿的父亲，硬要让姚儿与刘家公子结亲。 太守刘大人听闻姚儿体弱，借口考虑看看，询问儿子的意见。刘家公子并不满意姚儿，觉得自己不能娶这样一个病弱的女子，但刘大人看上无量教的势力，一心想要促成婚事。 周亢就要下山采购药材，临行前黄岑嘱咐他要多多小心，照顾好自己。周亢好不容易进城一趟，想为黄岑买件首饰，刚把首饰店老板娘介绍的首饰拿在手里端详，便遇上刘公子也来店内。老板娘是个势利眼，一把将周亢手里的首饰夺过，要卖给了刘公子。

赵凌烟留在悬济堂打扫卫生，收拾竹简之时，想着竹简不能受潮，便拿出去晒晒太阳，没想到刚把竹简摊好，就遇到天空突然下起大雨。张仲景看到师父张伯祖常用的竹简被水淋湿，非常心痛，不禁责备赵凌烟帮了倒忙。赵凌烟好心办了坏事，又因为淋雨落下咳嗽。张仲景留意到赵凌烟身体不适，便特意为她熬制一副汤药。赵凌烟还在生张仲景的气，便故意说汤药是不是有毒。张仲景医者父母心，绝不会拿赵凌烟的生命开玩笑，放下汤药走了。赵凌烟眼看张仲景走远，还是端起汤药喝下，虽然眉头紧皱，倒是不曾辜负张仲景的一片好心。 首饰店内，周亢见老板娘将玉簪卖给刘炽，心里很不痛快，认为总有个先来后到，于是要理论。刘炽的随从仗着太守大人的势，丝毫不把周亢看在眼里，威胁他再出言不逊，便将其带回衙门。刘炽心里得意，嘴上阻止随从，放过周亢这个刁民。周亢见刘炽势大，只好忍气吞声，待刘炽走后，这才找老板娘理论。老板娘自知理亏，便拿出上好的玉佩欲要半价卖给周亢，可周亢连五百钱都没有，只拿出了一百钱。老板娘见钱太少，便不愿意，于是高亢推销起自己的草药。老板娘觉得买药兆头不好，于是收下一百钱，就当便宜了周亢，将玉佩给了他。 赵凌烟与药徒一起上山采药，看到茵陈之后十分开心，采了许多回来，故意让张仲景看看，她在悬济堂也是有用之人。张仲景看着赵凌烟得意的样子，心里十分好笑，虽然被草药刮了两次，但都没有生气。 赵凌烟在药房里忙乎了大半天，切好茵陈，没想到一转头，便看到药童将茵陈当柴火给烧了，气得赵凌烟差点把药童塞进炉子里。 张仲景正好过来，药童急忙求救。张仲景表示，是自己让人把茵陈烧掉，还解释道：“三月茵陈，四月蒿，五月茵陈当柴烧。”如今正好是五月，茵陈根本不能入药。赵凌烟一听，气坏了，张仲景明知茵陈不能用，还让自己切，分明是在耍人，于是将满盘的茵陈扣在张仲景头上，转身扬长而去。 周亢买了玉佩之后，经过太守府，他想到刚才刘炽的气势，十分羡慕，认为自己并不比他差，于是动了心思，想让悬济堂也开进南阳城。 黄芩收到周亢此次下山给她带回来的玉佩，心里十分高兴。高亢却认为玉佩也带有自己地位低下的耻辱，一心想要出人头地，将来送黄芩更好的东西，提出将悬济堂开进南阳城。 黄芩和张仲景一听周亢的提议，均不赞同，尤其得知他是因为羡慕无量教在南阳城中的影响力，更是不支持。张仲景一想到自己与无量教的仇怨，兼无量教多年来，使用毒品残害百姓，便再也听不下去，转身离开。 这天，悬济堂来了一位老病人，周亢遵照张伯祖的示意把脉，但只把得准脉，并不能对症下药，而张仲景的表现，颇得张伯祖的肯定，就连药方也让张仲景下，这令周亢十分忌妒。 小宛村突发疫情，张伯祖得知后，立即带着黄芩下山查看，令周亢守山。小宛村的疫情非常的严峻，张伯祖才刚下山不久，便有人带着重病患者上山来。周亢担心疫情感染到自己，不肯收下病患，还是张仲景以身涉险，坚持留下病患，与赵凌烟互相配合，这才救下病患。 张伯祖回来得知后，对张仲景大加赞扬，让周亢更是气愤不已，认为张仲景抢了风头，于是打算在张伯祖针对小宛村病患所开的药方中动手脚，将黑锅甩给张仲景。

周亢与张仲景奉师命回山配药，张仲景看到药方之后，见师父已经改过，认为这一定是师父经过深思熟虑的，便决定按照这个药方制药。周亢一心想让张伯祖和张仲景对他刮目相看，本欲用张仲景的方法配药，后来一想，那样即使有效也落了下风，便决意用自己想出来的甘遂配制。 赵凌烟见周亢拿着甘遂，便出口问周亢这是什么药材，也教自己认识一下。周亢自然不肯说，而正忙于配制药材的张仲景听到赵凌烟的话语，头也不回地让赵凌烟别打扰周亢。 张仲景配制好自己手上的药材后，将其交给周亢，一再要求周亢仔细检查后，方可交给师弟们熬制。周亢嘴上答应，却在暗地里熬制自己私配的药方。 小宛村病得最重的患者，有一个孝顺的儿子，听闻悬济堂有神药，便上门求药，他刚好听到张仲景与赵凌烟的对话，认为药已制好，便跑进药房向周亢求药。周亢也想验证自己的药方，但让师弟将药倒给来人。 师弟谨记张仲景的交待，一定要让张仲景尝过之后，再给人。周亢仗着自己是大师兄，一直说药材是自己与张仲景配的，一定不会有事，师弟拗不过，只好给药。 第二天，坐镇小宛村的张伯祖突然见黄芩急匆匆来报，昨日病重的患者竟然在服药之后死去，立即前去查看，在患者尸身旁的药罐中发现多了一味甘遂，便问起这是谁干的。周亢这个小人，敢做却不敢当，坚称不是自己所为。张仲景跪下，承认是自己干的，赵凌烟见不得他替周亢背黑锅，指认周亢。 杜典率教徒前来小宛村做法，村民们本不买账，还将他们赶走，没想到此事一出，杜典趁机再来，并鼓动村民们将张伯祖一伙赶出小宛村。黄芩虽然一直解释，可村民们已经完全不听。 杜典知道悬济堂是南阳城周边数一数二的医馆，如今他们在小宛村治死了人，声势一下倒了，便没有与无量教作对的实力。杜典一想到这，心里美得不行，立刻回去将消息告之高量。 张仲景回到悬济堂之后，将此次医死人的罪过全部往自己身上揽。赵凌烟知道张仲景是清白的，不忍他背锅，将去寻自己的哥哥一起想办法，两人去张伯祖门外偷听里面的对话。 张仲景知道，此次若是无人站出来，悬济堂和张伯祖便要受官府问责，明知此事是周亢所为，但为了保下从小养育他的张伯祖，还是选择将所有错自己扛。 周亢与张仲景私下已经通过气，他本担心赵凌烟当面指认他，可张仲景已经决意揽下此事，于是周亢便也心安理得由着人家当他的替死鬼。 尽管张仲景将所有罪过揽下，但张伯祖还是不肯相信，自己悉心教养的好徒儿，能干出这种事，于是让张仲景将从小在山上写下的竹简带走，便让他下山。 悬济堂出了这事之后，好多药材商上门催账，眼看就要揭不开锅了。徒弟们虽然觉得张伯祖人好，但也不想饿死在这里，寻思着早日离开。 赵凌烟兄妹俩带着张仲景回到自己的家乡，两人重操旧业开起肉摊，生意还不错。张仲景自从离开悬济堂之后，便闷闷不乐，赵凌烟将他的竹简拿出来，威胁要烧了。张仲景见赵凌烟这回来真的，抬头一看，认出竹简是张伯祖耗尽半生心血所著的“汤液经”。 张仲景想起当日自己离山之时，张伯祖无论如何要他拿上竹简，还将这么珍贵的竹简给了他，知道师父并未怪罪自己，心里跟明镜似的，知道这事到底是谁干的，心里好受多了。

张仲景参考张伯祖给他的竹简，思索“五味”之义，出得门来，正好看到赵家兄妹所宰杀的猪肉，张仲景拿起猪内脏，对应简中所述之内容，灵光一闪，立刻有所参悟。 周亢想到张仲景当日能以针刺令周姚醒来，他想借着给周姚治病，让自己扬名，所以向张伯祖请教，如周姚一般的脉象该如何医治。张伯祖不知周亢的心思，以为他果真一心为病患，十分欣慰，遂告诉他，以小柴胡汤药服之。周亢心下大喜，称自己想要外出行医赚些银两，向张伯祖道出下山之意。 赵凌烟要出门做生意，见张仲景还沉浸在竹简中不可自拔，压根没注意到周遭的动静，便在他面前放好水和碗，出门赚钱去了。 周亢与黄芩道别时，黄芩正在整理药材，她相信悬济堂总有一日能度过难关，自然要把药材整理好，到时候好取用。周亢与黄芩的意见不一致，认为悬济堂没有官府背景，想要恢复，难如登天。黄芩得知周亢要下山行医赚钱，想要一同前往，但周亢岂能让黄芩坏了自己的好事，便以张伯祖身体不好，需要黄芩照顾为由，劝其留下。 周亢下了山后，便直奔无量教。周量早派人找他多时，如今见他自己找上门来，便打算先打他个八十大板再説。侍女正好来报，嫖姚情况不妙，高量立刻换了副脸孔，同意由周亢去为嫖姚医治，如果医好了，便有大赏，如果医不好，周亢便别想活着离开。 周亢在无量教众人的注视下，努力回想张仲景当初给嫖姚施针的细节，终将昏迷过去的嫖姚救醒。周亢本以为自己可以得到大笔银两，没想到高量马上翻脸不认人，直接让人把他关起来。 本在缝补衣服的黄芩，在高姚醒来的瞬间，似乎有所感应，心里一慌，针扎在手上，黄芩再也无心缝补，有些失魂落魄起来。 周亢在牢里，对着无量教徒破口大骂，但教徒们可不怕他的威胁，还告诉他，别想活着走出这里。嫖姚从婢女口中得知，是周亢将她救醒，如今人在牢中，便拿了银钱，让看守人去喝酒，以自己的身份让看守牢房的人把门打开后，将周亢放走。 张仲景小时候最喜欢听的便是扁鹊行医的故事，如今他虽然刻苦研习医术，但身份已是肉铺小二，觉得自己十分对不起对他予以重望的师傅，在喝酒之时，喝高了，将自己的身世透露给赵凌烟。 张仲景因为自己不能行医而痛苦不已，赵巨见他这样，便让赵凌烟出去呆一会儿，想让张仲景发泄一下情绪。没曾想，赵凌烟刚出门，张仲景酒意上头，将前来劝他少喝些的赵巨推了一下，恰巧撞到，赵巨一下昏倒在地。 嫖姚带着周亢出了高府大门，问清高亢住址之后，赠送了一袋钱，便听到后面有追兵的声音。嫖姚让周亢快跑，自己拦着杜典不让追，可没僵持几秒，高量追出来，令人前去追拿周亢。嫖姚拦不住高量，只能急得跺脚，但她知道高量想用她来联姻，便威胁高量，如果非要让自己嫁给刘炽，便只能抬着尸首上花轿，如果周亢出事，她也不活。高量气得不行，却也知道嫖姚的脾气，一时只能气得甩袖离开。 周亢身后跟着大批追兵，正好路遇赵凌烟。赵凌烟见周亢被人追杀，毫不犹豫出手相救，将其带回自家住处。周亢给赵巨把过脉后，虽然知道他情况紧急，还是调头回了悬济堂。张伯祖得知周亢竟然没有给赵巨下药，便连夜下山。