现代小法医杨秋池带着自己的宠物狗安迪遇上意外车祸，下一次睁开眼却已身处明朝永乐年间的山上。杨秋池以为自己出了车祸换了衣服，却不知道自己这个身子真正的主人，与自己生得同个模样的明朝杨秋池，已然在前一天晚上被推落山崖后一命呜呼。他更不知道，自己已经赶上了时代的前端，穿越了。在寻路下山的过程中，杨秋池发现了一根系着红布的木棍，他随意捡起当作拐杖杵着走路。前面山洞中白纱倾泻而下，曼妙的身影隐隐约约，杨秋池偶遇气质出众的白衣美女柳若冰清新出浴，仍在状况外的杨秋池误以为白衣美女是大明星，想与其合影，转头却发现美女不见了踪影。杨秋池一路寻下山来到广德县县镇，却发现街上的男子都左拥右抱，不禁称奇，无意间他瞧见自己的宠物安迪正在县令千金宋芸儿手中。杨秋池欲带走安迪，反被路人发现了自己手里拿着的那根系着红布的木棍为神木。杨秋池遭路人指控他折断神木，被送进去了大牢。宋芸儿的父亲宋知县是一个彻头彻尾的无脑昏官，在牢里，他告诉杨秋池，他捡的棍子是是太祖皇上钦定的广德县文庙里神树上的树枝，触犯了大罪。为了补上今年县里还空着的凌迟限额，他决定判处杨秋池秋后凌迟。杨秋池叫天不应叫地不灵，在狱友龙子胥的解说下，他意识到自己穿越了，正身处广德县内，并且自己折断了神木，要被杖责三百，然后秋后凌迟。另一边厢，白千总的姐妹千金在殷府内双双遇害，广德县衙门追查凶手。为了不得罪白千总，宋知县将殷府的家丁甲屈打成招，并准备在公堂上宣布判刑。在公堂外受杖刑的杨秋池，本着法医的精神，大胆地指出了案中疑点，并以自己性命担保家丁甲的无辜清白。在白千总的示意下，杨秋池得到了随行办案的准许，开始了自己在明朝的破案之路。

在白千总的示意下，杨秋池开始随行办案。作为一个专业的法医，他认为自己应该有配套的专业道具，但无奈情况并不允许，杨秋池只得心不甘情不愿地跟着县官等人来到了殷府准备验尸。刚进殷府，就收到了名曰开手钱和洗手钱的红包，初来乍到不懂规矩的杨秋池闹出了一番笑话，最后胆战心惊地收下了那两串钱。仔细查验过尸体之后，杨秋池发现了许多证据。但在填写尸格时却因不会写毛笔字，只能由宋芸儿代笔。杨秋池来自现代，拥有丰富的现代医学知识，遣词造句当然也与古代出入极大。他尸格上的专业术语让众人看得云里雾里，仵作问杨秋池为何懂得这些知识，杨秋池只好谎称自己被雷劈过。师爷和宋知县怀疑起杨秋池是否真能侦破此案，为了不被打压，杨秋池派出了宠物狗安迪杨。由于白家姐妹乃被奸杀，白家小妹大腿内侧留下了歹徒的精液。他用手帕取下白家小妹私处残留物，让安迪杨寻着气味追寻真凶。安迪杨不负众望，一路狂奔，找到了殷府的胡管家。胡管家被抓回地牢，宋知县再一次将人屈打成招。胡管家不仅承认了自己奸杀白家姐妹的全部过程，还承认自己收买了家丁为自己顶嘴。宋知县夸奖杨秋池神断，杨秋池一脸为难地告诉他这次恐怕还是判得不妥，宋知县只为侦破率，不愿听他多说，将他扔回了大牢。次日，宋知县称念杨秋池破案有功，给他一盏茶的时间开口。杨秋池急忙告诉他，白氏姐妹一案不妥，宋知县大骂他是否耍着自己玩。杨秋池连忙告诉他自己心中有疑点，让他听自己一一道来。

杨秋池向宋知县一一道出了自己心中的疑点。原来，他昨日听见胡管家招供的供词，发现胡管家并没有招出自己行凶的细节以及杀人的动节，甚至，他只提到了白氏姐妹中的一人。本着科学的精神，他告诉宋知县，管家胡三并不是真凶，并提出应该查查当日抓捕胡三时一旁神色鬼祟的隔壁大婶。宋知县闻言，指示手下张龙询问胡三案发细节，又指示赵虎审问隔壁大婶。宋知县与师爷来到关押大婶的囚室，得知女子谢氏是个寡妇，眼下正是胡三的姘头。宋知县与师爷见谢氏风韵犹存，色心大起放走了她。杨秋池正欲在囚室内上吊以回到现代，恰好两个衙差押着谢氏走过。杨秋池急忙拦住他们，并告诉衙差谢氏的脚下藏着秘密。衙差大板牙闻言为吃谢氏豆腐，搜了谢氏的身，发现了一封书信。杨秋池借机抢过书信，不愿归还。龙子胥看见书信后，欣喜地告诉杨秋池这便是他们的活路。衙差报告了宋知县，宋知县来到牢房让杨秋池交出书信。杨秋池告诉宋知县这是一封朱允炆的儿子也就是如今的建文余党首领写给广德县某一个人的密信，而且信件内容只有他与龙子胥二人可以破译。宋知县交代师爷满足杨秋池的一切要求，并要他通报建文大案。大牢内，杨秋池和龙子胥正努力破译密信。他们发现，句中所用诗句皆有其典故。经过一番努力，杨秋池译出八个字，天佑建文，回朝可待。

为了不与丑妻冯小雪回家，杨秋池答应帮助宋知县失踪的女儿宋芸儿。杨秋池带着安迪杨查看宋芸儿失踪现场，发现了有人倒着走冒充狐狸脚印的痕迹。他与宋知县等人寻着脚印来到一口井前，杨秋池自告奋勇下井查探，宋知县派张龙赵虎随行看紧他。杨秋池与张龙赵虎发现了井下的通道通往谢氏寡妇家中，他急忙跑回县衙告诉宋知县，并说猜测与建文余党有关系。宋知县却要将杨秋池送回家，并把贼人留下的字条拿给杨秋池。原来字条上写着，只要杨秋池三个时辰内能回家，宋芸儿就不会有性命危险。宋知县为了救女儿，决定将杨秋池送回去。师爷提醒知县要让杨秋池留下密信，杨秋池却说交出密信他必死无疑。宋知县决定让他带着密信回家，并派人在杨家埋伏保护他的周全。冯小雪迅速将杨秋池拉回了家，杨秋池才知道家中还有一个翘首盼望他回家的娘亲。杨秋池在娘亲和妻子的解说下才知道，原来明代杨秋池是一个酗酒赌博打人的不孝子。他放下碗筷指天向娘亲和小雪发誓自己会改过自新。杨秋池想将娘亲送到邻居家躲开今晚的风波，娘亲却说起他与小雪成亲多年还是无所出，要求他一定要纳妾，为杨家续香火。小雪一听，心情明显不好，但她还是干笑着跟杨秋池说，不孝有三无后为大，还是听娘亲的吧。杨秋池本就不满意小雪的容貌，当然是喜出望外地答应。而小雪白天在药铺寻来壮阳药想偷偷让杨秋池服下，好与他圆房。小雪将药粉撒在鸡蛋汤中，杨秋池舀了一碗递给娘亲，小雪心惊拦下，最后不得已自己一口饮尽。杨秋池不想跟丑妻冯小雪回家，得知破案后还得回大牢，毫不犹豫地答应查案。

话说这冯小雪为了阻止杨母喝下掺了药散的鸡蛋汤，硬是喝下了杨秋池欲递给杨母的汤，但还是没能阻止，结果她与杨母都喝下了鸡蛋汤，两个人都觉得浑身发热。不知情的杨秋池嘱咐冯小雪和杨母都去暂住邻居家，随后他又舀了一碗汤去慰劳屋外的张龙赵虎。回到房间却发现冯小雪衣衫不整地向自己求欢，杨秋池宁死不从，这时，屋外传来了刀剑相交的声音。原来是建文余党来袭，张龙赵虎敌不过歹人，抛下杨秋池逃之夭夭。冯小雪听闻屋外的喊叫，抄起菜刀就奔了出去，虽然她刀功了得，但还是被黑衣人逮住，并和同样被建文余党绑走的宋芸儿一起成为了人质。另一边，已经到达广德县的锦衣卫在宋知县的哀求下，与他们一起前往杨秋池的家中捉拿歹人，搭救宋芸儿。但师爷说大明律规定，日落之后，马匹限行，一干人等只好步行而去。但这步行却是将整个广德县绕了个遍，也没有到杨秋池的家中。家中的杨秋池则面临着艰难的抉择。若交出密信，杨秋池必死无疑，可若不交密信，小雪和芸儿将命丧剑下。杨秋池难以抉择，最后在众目睽睽之下将密信吞吃入腹。杨秋池告诉黑衣人现在自己就是密信，如果杀了自己就是杀了密信。黑衣人头领下令将芸儿和小雪杀掉，然后将杨秋池带回去。情势危急之刻，一名蒙着面纱的白衣女子飞身而至，她高超的剑法立刻击退了建文余党。杨秋池看得目瞪口呆，还未反应过来，白衣女子便将剑指向了他要他交出密信。杨秋池装傻，无意间致使女子的面纱落下，原来正是当日他在山上遇见的白衣姐姐，也就是柳若冰。这时，宋芸儿突然奔了进来扑向柳若冰喊她师傅，杨秋池见状在心里思考到底这白衣姐姐是敌是友。与此同时，宋知县等人终于赶到，柳若冰闻声离去，宋芸儿悄悄请求杨秋池隐瞒自己师傅的事情，杨秋池一口答应。