三界中存在着许多不同的界域，各个界域都在不断扩大自己的能量，其中混沌界域的神王野心勃勃，想要成为三界之主，修炼黑暗秘术，并发动了三界之战。女娲娘娘和陆压道人合力对付神王，最终将其封印，陆压道人也为之牺牲。为防日后神王破出封印，女娲娘娘在赤明界域召唤凤族与尉迟族看守封印，并留下一颗蕴含着力量的种子以备不时之需，而后跳出三界之外。千年后……

北山氏派兵前来援助纪氏部落，却被侗虞水易率人阻拦。纪宁、纪农被关在禁闭之中，想方设法也没能逃脱出来，却意外的发现了上古阵法。两人决心参悟阵法，好闯出禁闭去帮助纪一川等人。另一边，纪一川为纪氏全族下跪，许离真人与农子道却出尔反尔，要纪一川交出臣子令。纪一川不再退让，双方打了起来。禁闭中，纪宁参悟阵法，却屡屡遇到瓶颈。战场上，纪氏一族明显不敌雪龙山众人，影婆婆战死激怒了纪一川，用“雨水剑域”困住了雪龙山众人，让纪氏族人得到片刻喘息。

纪农抱着秋叶回到纪氏部落，众人都十分悲痛，纪农更是不顾旁人劝慰，径直回到了自己屋中。部落为秋叶举行葬礼，纪农喝醉酒在雨中痛哭，纪宁前来安慰，两人却起了冲突。余薇阻止了纪农，让他冷静一些，最终纪农独自离开。另一边雪龙山领地，许离真人想就此罢手，农子道却觊觎元石矿脉，想获得纪氏的力量，再次从中挑拨。在农子道的怂恿下，许离真人再次对纪氏出兵。纪宁率众人对抗雪龙山人，自己与纪农、余薇直接与许离真人交手。纪宁等人修为尚浅，被许离真人困在业火钵中，没想到修为高的余薇却也正为业火所克。三人商量，让余薇离开前去求助。

纪农将来人错认成秋叶，冒犯了对方，纪宁急忙上前解释。原来，来人是东延氏的少主九莲。就在此时，人群一阵喧哗，大师兄邋遢道人到了。邋遢道人似乎对纪宁有些不满，径直邀请纪宁与自己论道，幸好余薇出面解围，带两人离开。纪宁、纪农、九莲到五疯师尊处办理住宿，再次遭到简白等人的嘲笑，纪农心中越发不满。三人由五疯师尊领着看宿舍，九莲财大气粗直接定下了最好的宿舍，而纪宁与纪农却身无分文，只好去住藏经阁地下室，还要负责打扫藏经阁。众人来到地下室，地下室却突然发生了小爆炸。

纪农飞身上台，其余众弟子却不服，尤其简白更是寸步不让。简白与纪农比试，纪农依旧不敌，但就在此时，纪农却变得有些不对劲，功法大涨险些将简白打伤。纪农被废除比赛资格，纪宁想要安慰，纪农却径直离开。论道大会继续，纪宁与饮血问剑过招，将饮血问剑击败。但饮血问剑却十分不服，直言自己是败给余薇而不是纪宁。余薇为给纪宁解围，只好上台将纪宁击败，一旁的九莲却不解余薇的好意。台上的师尊们，心中也都有了收徒的人选。论道大会结束，议事厅中长青剑仙询问纪农为何会使出邪术，纪农对黑白学宫已有怨怼，因而再三狡辩，不愿承认。长青剑仙无奈，只得放他离开。