地球毁灭后，作为时钟机关之星再生已经过了1000年了。某天的区划·东京，是个机械宅且过着被时钟和齿轮包围的生活的见浦直人的家中，一个黑箱突然降了下来——！从中发现的，是美少女自动人形琉珠。虽然想尝试依靠“声音”来修理因故障而无法动弹的她，但…。

“1级技师行会”的天才技师玛丽·蓓儿·布列格为了调查京都大支柱的异常而被派遣，然而却察觉到了军队可疑的动作。另一方面，琉紫作为转学生来到了在直人的高中。对于不起眼的直人与美少女琉紫的组合全校发生了大骚动…！？

玛丽目击到了本该故障的琉紫动起来的姿态。得知了修理琉紫的人是直人，为了回避京都的崩落便提出协助。然后在去往大支柱时，玛丽注意到了想要陷害自己的黑幕的存在…。

听说琉紫的妹妹于地下沉睡着，直人决定去协助。最终决定潜入大支柱的深处，拼命前进，但是崩落的时间在一刻一刻地逼近。此时，直人被迫作出可能会失去琉紫的决断—！

直人和玛丽等人平安无事地阻止了京都崩落企划，但是琉紫的妹妹，昂克儿已经不在在那里了。回到日常的玛丽，在家里收到使用违法电磁技术的电波通信。新的阴谋被隐藏在，挑衅玛丽的那个内容里。