电影剧情

在TV版的大结局里，盖亚和阿古茹联手用终极必杀光线消灭了根源破灭天使佐格。之后，失去了光的我梦回到了城南大学继续念书，由于频频被别人认出自己是盖亚奥特曼而苦恼不已。一天，同伴借着观看他的奥特曼动作的名义将一个女孩介绍给了他。我梦虽然很无奈，但还是只能按照女孩的要求来做动作。但是我梦发现快要上课只能扔下女孩跑回了教室。

由于在教室上使用电脑与PAL对话而被老师以为是走神，正当场面气氛变得很尴尬的时候，Team Flacon的队长米田乘着Fighter来到了学校，接走了我梦。

米田队长解释说是石室指挥官紧急召集我梦去协助Team Marlin进行海洋调查。原来XIG之前探测到了在太平洋的8000米水下传来的神秘讯号，由于没法解读讯号，XIG才派出了Team Marlin进行调查，但是石室指挥官预料到事情不会那么简单，所以特意叫上了我梦协助调查。

另一方面，远在美国的藤宫博也却遭到了多国的通缉，原因是之前安静了好一会的地底怪兽突然间再次出现惊吓到了人类，多国的G.U..A.R.D部队力主消灭怪兽，但是藤宫执意保护怪兽不被消灭，因此被多国G.U.A.R.D部队视作是危险人物而对他进行通缉。

在日本KCB做节目的吉井玲子却坚信藤宫没有做错，极力为他辩护。看完新闻的藤宫走到窗口却以为看到了幻象，大量的破灭飞鱼巴依库赫横空飞过，藤宫惊呼难道还没有完？但是幻象很快消失了。

藤宫挣扎着走到了岸边，拿出了蓝宝镯，只是早已失去了光。这时，幻象再次出现，藤宫看到了自己在海水中，藤宫忽然感到很难受，再加上之前受的伤，因此松开了蓝宝镯，看着它掉落下去。

但是，他突然听到有人说阿古茹之光，已经消失了。藤宫转过身去发现是一个小女孩，还没来得及问太多，藤宫就因为受伤而晕倒了。另一方面，美国G.U.A.R.D部队搜寻藤宫家附近没找到他，而美国队员斯诺扎比刚想离去，就听到了后面有股奇怪的声音。

那斯诺扎比转过身去，发现蓝宝镯已经由光环着升了起来，而斯诺扎比拿到了蓝宝镯，相信藤宫就在这附近。

我梦和Team Marlin乘着探测潜艇Seiren号不断下沉，在海沟上方，横谷队长说要向XIG报告情况，因为继续下沉的话他们会与地面暂时失去联络，直到再次返回可联络范围内。在屏幕上，我梦又见到了许久不见的石室指挥官和敦子，Georgie他们。

我梦说自己是打算继续量子实验的，但话还没说完就被石室指挥官给打断了，但石室指挥官的话语激起了他的斗志。

通话结束后，Seiren号开始前往海沟，而堤队长报告说还是没有找到藤宫，石室指挥官说怪兽频繁活动和海底讯号联系起来绝对不会那么简单，可能是新的危机。

在下沉过程中，我梦他们意外见到了一阵抓痕，疑似什么巨大生物制造的，但是大家并没有继续理会，然而很快，副手报告说外压下降，有什么巨大的力量在开始运动。横谷队长坚持使用火炮进行攻击，我梦试图阻止却没有效果。

但是，火炮还没有准备好，大批破灭飞鱼巴依库赫就冲了上来，触碰到了Seiren号，并且破坏到了APC活动控制器。眼见横谷队长匆忙赶去修理控制器，我梦想起了自己带着的PAL，接入到了Seiren号主电脑里，这才稳定了下来。Seiren号也继续下沉观察。

藤宫醒来了见到了那个小女孩，小女孩说人类是不会改正的，地球还是会遭遇灭亡的，但是藤宫坚持说他相信人类凭着自己的勇气，能保住地球。藤宫的话语触动到了小女孩，她用自己的力量治好了藤宫的伤势。而他们又回到了现实中。

这个时候，斯诺扎比带着几个队员突然出现，试图拘捕藤宫。但是，破灭飞鱼巴依库赫冲破了水面，覆盖了天空。地球，再次陷入了黑暗。小女孩看到这一幕，将自己的力量给予了蓝宝镯，阿古茹之光再次回来。而小女孩自己也消失了，但在消失前她对藤宫他们说要去保护地球。斯诺扎比将蓝宝镯还给了藤宫，随后离去。藤宫说纵使人类这么愚蠢，地球也要将光交给他吗？蓝宝镯感应到了他的决心，再次展开双翼。藤宫也变成了阿古茹飞上了天空开始与破灭飞鱼战斗。

在XIG内，石室指挥官和堤队长得知了危险真的来袭了，而阿古茹也出现了，便命令Team Lightning（队长梶尾，队员北田、大河原）出击。在空中，Team Lightning费了些力气才消灭了一个飞鱼怪，但是又一个飞鱼怪出现，并且快要攻击到了梶尾队长的战机，这个时候，阿古茹出现救了梶尾，而梶尾也默默说自己欠了他一个人情。

在海底，我梦他们通过PAL的引导发现了一个刚刚好适合Seiren号通过的洞穴，而通过那个洞穴，我梦他们发现了一些生活在海底的发光生物，而那个女孩其实就是这些发光小生物的化身。

但是当Seiren号继续前行时，我梦他们发现了异常，一股黑暗正在侵蚀这些发光生物的领地。而那股黑暗就是根源破灭海神伽库佐姆。横谷队长下令攻击，但没想到不但没伤到伽库佐姆，反倒激怒了它。伽库佐姆对Seiren号发动了攻击，而Seiren号因为躲避不及从而中了招。我梦他们都因为船体的激烈震动而昏迷过去。但是，伽库佐姆带着黑暗从海底消失，在东京湾上空出现，开始肆意攻击东京地区。