擅长玩弄机械的高中生·高槻手纲，过着奔跑于修理委托的日常。一天，因大学部的准教授·槇原长政的委托，去访问他的研究室。那里有一个在床上一直沉睡的少女。如同被什么引导一般触碰到她的指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音。

手纲在异质的世界──金字形神塔中，第一次经历了Handshaker的战斗。身旁则有着与手纲握手之后苏醒过来的芥川小代理的身影。据说只要手纲放手她便会死去。手纲突如其来遇上种种事件，难掩不知所措的模样。而槙原则告诉那样的他惊人的事实。

手纲跟小代理在槙原的研究室做完定期健检。手纲问了接下来的行程，表示有想尝试的事，小代理对此露出不可思议的表情。另一方面此时三津寺千鹤与东飒，为了做引进店铺的说明，造访了某个地方。那里正是手纲就读的学校——。

千鹤与飒，他们是Handshaker。愿望是一切皆平等。在Dagger Shadow、Blade Shadow他们的连带攻击之下，手纲只能一味防守。不过他为了保护小代理，找出了一条活路。把Single Gear插进地上狂奔的手纲他们，要去的地方是――。

手纲跟小代理受千鹤她们所邀，造访了双色玉米的新世代概念店。手纲为各式各样崭新的机械感到兴奋。而在离开店里之后，手纲也依然在思索着许多事情。但他突然发觉，单手向来有着的触感消失了。手纲跟小代理居然走散了……！