天雷碟（DISK）是一种用来抓捕罪犯的“正义装置”。在它的发明者晓月望（Akatsuki）博士的两个儿子——阿奇拉（Akira）和小光（Hikaru）——以及其他来宾的注视下，天雷碟的完成揭幕仪式即将在纽约举行。正当复仇者联盟以及其他英雄参加派对的时候，邪恶的洛基也现身了。他取得了那些本该在开发者手中的天雷碟，并将里面关押的罪犯都放了出来。超级英雄与恶棍之间的激烈战斗就此拉开序幕。

要将天雷碟中关押的人释放出来，必须要有一种名为生物编码的特殊程序。蜘蛛侠从那些试图夺取生物编码的恶棍手上救下了阿奇拉和小光。与此同时，复仇者联盟在与罪犯的战斗中渐渐占据上风。正在此时，洛基将小辣椒挟为人质。复仇者们无法反抗，只能与在场的其他英雄一起挨个被关进天雷碟中。难道正义将要败给邪恶了吗？

洛基和他的邪恶团队发起攻势，钢铁侠最终也被关入天雷碟。阿奇拉的体内植入有生物编码，他以此将钢铁侠释放出来。在后来的战斗中，阿奇拉与洛基的对决引起了一场神秘的空间震荡，导致所有的天雷碟飞散到世界各地。洛基和他的手下追着天雷碟而去。而钢铁侠也在此回到了天雷碟中。这个生物编码到底是如何发挥作用的呢？

钢铁侠以全息影像的形式从天雷碟中出现。正当他和神盾局的尼克·弗瑞局长争论由谁来照顾这些孩子们的时候，美国议员罗伯特·温特斯带来了尼克与洛基串通的证据。神盾局行动被无限期冻结。就在一片混乱之中，阿奇拉释放了钢铁侠并离开了天空母舰，加入到蜘蛛侠与蜥蜴人的战斗中。然而，钢铁侠的激活时间也快到极限了。

就在钢铁侠回到天雷碟中时，一个新出现的恶棍袭击了阿奇拉。小光与神盾局探员鹰眼一起急忙赶去救自己的弟弟，可是却没有能力保护他。眼看着光在苦苦挣扎，蜘蛛侠将储存了雷神的天雷碟交给了小光。小光释放了雷神索尔，而雷神则轻松击败了恶棍。蜘蛛侠就此出发去寻找更多的盟友。