“棺材仔”宋慈被村民视为不祥人，靠打更维生，好友查小灿送来红鸡蛋贺他三十岁生日，宋慈感动。翌日宋慈要求村长按乡例三十男丁分田两亩给他，材长指族谱上没有他的名字，不能分田。宋慈忿然告官，好友薛丹来作证人，可惜他非宋家族人且比宋慈年轻三年而无效，县官判宋慈败诉。米店老板宋诚之子宋翊会回桃园镇出任知县，村长乘机讨好，并挖去宋慈母坟建迎官亭，宋慈怒找村长理论。二人纠缠间，小偷唐思来到找寻遗失的白玉兔，宋诚夫妇刚巧经过，误以为宋慈与唐思一起殴打村长。其后村长被发现伏尸溪边，宋慈与唐思被控谋杀判斩首，二人押往大牢途中，宋慈被雷电击中身亡，送往义庄安葬。打理义庄的马贵发现。宋慈未死，遂救醒他，又说村长并非被打死，宋慈请他帮忙，马贵拒绝并赶他走。突然马贵连声惨叫，宋慈见他头胪肿胀，马贵他去执药救治。马贵见宋慈救了自己一命，答应收留他，二人从村长脚上发现有个钉孔伤口，估计村长中毒而死，此时村长夫人来到，说要取回尸体。

村长夫人领回村长尸体安葬。薛丹和小灿到义庄拜祭宋慈，赫然发现他仍在生，欣喜若狂。宋慈悄悄割下村长脚底伤口皮肤，马贵指村长中了破伤风毒致死，薛丹提议待宋翊履任时拦途申冤。宋翊接到状词，询问捕头聂人龙意见，人龙指出疑点，二人遂跟踪薛丹到义庄，知宋慈未死。宋慈建议再验尸，宋翊接纳。宋翊到狱中向唐思问话，又说会为她翻案，唐思大喜。宋慈与人龙合作扮鬼吓村长夫人，差点被聂枫搞砸。聂枫重遇儿时玩伴宋翊，但宋翊却似不认得她。宋翊往找村长夫人，夫人一听到宋慈名字即答应开棺验尸。聂枫在亡母坟前诉说因百变飞狐被格去女捕头一职，只好回来找父人龙。她途经义庄时见宋慈，揭穿他扮鬼，押他回衙门。众人在村长坟前见到宋慈，均吓一跳，村长夫人恍然被宋慈及宋翊整蛊，反对开棺，宋翊坚持开棺，但看到村长尸体即一愕，原来村长尸体已化成白骨，无从验尸。宋慈再被收押候刑，唐思指宋翊骗她。聂枫自知害了宋慈，亲自送来最后晚餐，宋慈吃后双唇肿胀，马贵见状说若把村长骸骨蒸煮，可为宋慈翻案。

宋慈与唐思在狱中互诉辛酸身世，宋慈同情地说要娶她为妻，好让她在阴间有人照护，唐思心头一暖，与他就地拜堂。大刀快斩下的一刻，村长夫人大叫刀下留人，同意煮村长骸骨，以确定是否中毒，最后宋慈、唐思沉冤得雪。宋慈的更夫工作丢了，惟有义务帮马贵工作，从中学习验尸。唐思与宋慈互相躲避对方，原来怕对方提起狱中拜堂一事，最后双方协议拜堂一事作废。唐思被赌场打手追债，连本带利共二百多两，唐思无计可施下偷了小灿妻宋玲身上银两，小灿追捕被她逃脱。马贵有感宋慈对验尸有天分，婉拒宋翊邀请他当仵作后推荐宋慈担任，宋翊一怔。宋慈见工失败，沮丧不已，小灿安慰他。宋诚当上新村长，大派烧肉。宋翊见宋慈垂头经过，即当众宣布他是宋家子孙，可分烧肉及田地，又聘请他当仵作，宋慈感激不已。小灿到唐思家追讨银，发现她身上有一白玉兔，直指她是失散二十年的亲妹查小恩。此时赌场打手追来，唐思将错就错跟小灿回家。宋慈与老仵作进行验尸，老仵作指死者吊颈自杀并无可疑，宋慈不认同。

宋慈跟马贵研究尸体并认为死者并非自杀，宋翊即展开调查，聂枫助父人龙缉捕疑犯归案，死者沉冤终得昭雪。宋慈不忍唐思与小灿被贵利追斩，不惜用自己刚分得的土地替她还债。宋慈不知钱袋被人偷去，虽得唐思替他夺回，却被她揶揄一番。村中首富蓝涛有女蓝彩蝶美貌出众但刁蛮任性，却深深吸引宋慈。彩蝶的丫环到酒家买酒时，突感不适倒地死去，仵作验尸后认定她死于风寒，宋慈却发现她有被鼠咬过的伤痕，认为她可能死于鼠疫，宋慈马上教村民消毒方法，更在蓝家发现蓝夫人可能已染鼠疫，及时救她一命。经鼠疫一事后村民对宋慈的态度大变，令宋慈初尝被人爱戴的滋味。聂枫怕宋翊把自己被革职一事告诉人龙，为恳求宋翊帮助她，不惜归还儿时曾夺宋翊的玩物，令他啼笑皆非，更令人龙误会二人关系。彩蝶误以为宋慈是同性恋者，与表妹阿君打赌能令宋慈向她提亲，以证明自己美貌过人。彩蝶主动约会宋慈又表现出对他有意，令他信以为真，更提出要宋慈辞职，好让其父答允他的提亲。

宋翊买蟹回家，宋诚两夫妇感奇怪，因宋诚对蟹敏感，宋翊即表示蟹是送给聂枫的。薛丹、唐思及小灿均不同意宋慈为彩蝶而辞职，但他一意孤行向宋翊辞职。薛丹等人发现彩蝶说谎，正打算告诉宋慈时，他已当众向蓝涛提亲，彩蝶奸计得逞后，诈作不认识宋慈，还当众奚落他。彩蝶与阿君到树林散步，面人出现把阿君杀死又把彩蝶掳去，宋翊要宋慈复职替阿君验尸，但抵达凶案现场时，很多环境证据被村民搞乱了，宋翊便立例以后要把凶案现场封锁，以便查案，蓝涛认定宋慈求爱不遂而下毒手，幸得小灿和薛丹力证宋慈一直和他们一起，宋慈才避过嫌疑。宋慈发现阿君应该是被柴刀劈死，便集中调查樵夫，不单没有发现，且令村民质疑宋翊查案能力。面人勒索蓝家三万，并要丫环小娟负责交赎金。宋慈再仔细验尸又做实验，知道凶手是武功高强的江湖人士。　面人杀了小娟并取得赎金后，正想杀彩蝶灭口，宋翊等人及时到来相救。人龙催促聂枫回郑州并在酒家替她饯行，聂枫有口难言，宋翊请她为捕头，聂枫感激不已。