南宋学子宋慈，自小着迷于断案释疑，在睡梦中解开一个骷髅之迷，醒来豪言，此生必得成就刑狱伟业。翌日，京榜题名的宋慈与同科好友孟良臣相邀酒肆，举杯畅饮。席间，孟良臣告诉义兄他已请命受任梅城知县。宋慈深知梅城县地处边远，人事艰险，前任知县上任仅半年就不明不白地遇难身亡，宋慈对好友此去甚感忧虑。梅城县已故知县竹梅亭之女竹英姑怀疑父亲死的蹊跷，来到京城找到曾在衙门当过捕头并有着“捕头王”之称的远房兄长商议，欲请当朝著名刑狱推官宋巩出马，查明父亲遇难真相。宋慈完婚之日，良辰已到，花轿临门，任嘉州推官的父亲却迟迟未归，只得先将新娘迎入府中。正当一对新人行三拜大礼之际，一辆马车冒雨而至，马车载回的竟是宋父遗体……

宋慈从父亲的遗容上发现父亲是死于中毒，就向老家院追问。老家院只得呈上宋父的遗书：原来，四十年刑狱从无错案的宋巩，却是因误断命案而服毒自杀以死谢罪的。父亲的遗书给儿子留下一道“终身不得涉足刑狱”的遗命。从小立志子承父业的宋慈从此心灰意冷，整日以酒浇愁。宋老推官的猝然作古，使英姑和捕头王到嘉州之行落了空，而梅城县却又传来新任知县孟良臣在赴任途中死于客栈起火的恶讯，捕头王和英姑以此力请宋慈赴梅城破案，宋慈却碍于父命而去留两难。好友孟良臣的猝然遇难，使宋慈更加焦灼不安。在母亲的开导下，宋慈顿然领悟父亲临终遗书的良苦用心：老推官是以自己的过失和生命的代价，告诫儿子一个“人命大如天”的至理。解开了心头的郁结，宋慈毅然出征，带着捕头王和英姑，义无反顾地赶赴梅城……

梅城县果然水深难测、暗含杀机。以杨主簿为首的一班县吏早有防备，以至使宋慈到梅城后每每遇壁，处境艰难。英姑为缓解宋慈的烦乱心绪，端来脚水，为宋慈泡脚调理，宋慈心态放松，果然想起了父亲遗书中提到过的一着验法，遂往火烧现场验证孟良臣死因。用酽醋泼地，果然见卧尸之处，浮现出一大片血迹。正在宋慈验地之时，杨主簿率县吏们突然赶来。宋慈临危不乱，机智应变。在知州府，宋慈向卢知州道明了孟良臣死于谋杀的疑点，并问县衙是否有人出身忤作？卢知州告之杨主簿正是仵作出身。杨主簿在妓女“六月红”房里，受雇于他的杀手黑三突然闯入……

黑三要杨出五十两黄金换取沉默。杨主簿明里答应，暗施黑手，结果，就在英姑领宋慈到其父当年遇难的落马坡时，竟发现了坠落悬崖的黑三尸体。所幸与黑三同行的“六月红”被树枝挂住，保得一命。宋慈从黑三七孔的血色断定黑三死于谋杀，遂将“六月红”带回客栈，意欲从此女嘴里挖出梅城迷案的线索。英姑无意中说出一番话，揭穿了卢知州的一个谎言，宋慈巧设敲山震虎之计，对卢知州提出要对半年前遇难的竹知县开棺验尸。离开知州府，宋慈和捕头王就被一群黑衣人追杀。幸亏宋慈的岳父薛庭松受命钦差，及时赶到，暗施援手，才使宋慈摆脱追杀……

负伤醒来的“六月红”终于道出真相，梅城县两任知县谋杀案昭然若揭，宋慈向岳父请命收网。大堂上，卢怀德在宋慈无以辩驳的案情推理之下，却狂笑宋慈找不到谋杀孟知县的证据。谁料宋慈却用惊世骇俗的检验之法，将孟良臣被谋杀后又遭焚尸灭迹的证据从卧尸的地面上验了出来……宋慈初次出山，就建下奇功，令朝野震动，被破格擢升大理寺正六品主事……