九条樱子是日本为数不多的组装骨骼标本的“标本士”。她接受博物馆、科研教良机构委拖，天天组装动物骨骼标本。樱子与保姆泽梅住在大宅子里，这天，博物馆的技术辅佐员馆胁正太郎上门造访。正太郎是奉馆长之命来跟樱子小姐打招呼的，但樱子对他视而不见，专心组装博物馆委托的骨头标本。正太郎被那些随便摆放的骨头吓住了，想要逃脱，而樱子却要求他带自己去发现这些骨头的地方。正太郎从同事志仓爱理那里打听到了发现骨头的地点，而研究员矶崎斋也指示正太郎到那里拍些珍贵花草的照片。就这样，正太郎开车载着樱子前往发现骨头的山中。到了地方后，樱子在山里东奔西走，在落叶和泥土里寻找着什么，结果找到了一具已成白骨的人类尸体，吓得正太郎直往后退。而此时樱子却露出对骨头着了迷的表情，说骨头太美丽了。接到正太郎报警后，刑警山路辉彦、近藤卓也及鉴定人员来到现场。他们认为因为遗体已经完全白骨化，所以无法详查其身份。但是这时樱子却将死者的死亡推定时间、年龄、性别、习惯用哪只手等情况娓娓道来，让众人大吃一惊。而且樱子告诉他们要注意遗体的牙齿。

正太郎应邀到九条樱子的大宅吃饭。吃完饭后，他在路过的便利店前看到一个小女孩。此时已是深夜，但是小女孩穿着睡衣光着脚呆在外边，不管正太郎问什么，她都似乎都不明白。正太郎找不到小孩的父母，派出所又太远，他只得联络山路警官，然后把女孩带到了樱子的大宅。山路和近藤姗姗来迟，而且从联谊会上赶来的山路一身酒气，让小女孩很厌恶。不过，小女孩倒是愿意亲近樱子。樱子检查发现女孩的左手骨折过，而且没有得到适当的处理。另外，她的后背也有好像是被人抓伤的痕迹。第二天，樱子、女孩和正太郎一起到博物馆上班，他请求矶崎、爱理等人同意在查明女孩的身世前让她住在这里。女孩观看了博物馆的骨骼展柜，当看到鲸鱼的标本时马上两眼放光。樱子向她说明鲸鱼的身体庞大，所以每根能起到技撑作用的骨头都很珍贵。女孩对此非常感兴趣。这时，近藤在查找女孩的身份。正太郎与樱子、爱理一起带这个名叫柚胡香的女孩到自己家去。正太郎想让孩子在那里等着山路，不过，樱子按响门铃，却没有人回答，门被从内侧锁上了。感到事情可疑的樱子转动门把手，门开了，房内发出一股奇怪的味道。樱子告诉惊慌失措的正太郎，这是血的味道。

樱子高中时代的恩师佐佐木猝死后，他的遗物托付给了樱子。作为生物老师，佐佐木的遗物中有许多标本，樱子决定把这些赠给自然森林博物馆，所以在九条家里开始进行挑选工作。馆长杉森命正太郎、矶崎斋和谷上一起参加。遗物中有珍稀的骨骼和植物标本，一看到这些，樱子和矶崎的眼睛都亮了。这时，爱理正带客人参观博物馆，有个古怪的男人从柱子后面盯着她。参观结束后，爱理回到办公室，便当店的工作人员送来大量盒饭，说是樱子订购的，但樱子根本不记得订过盒饭。从那以后，博物馆又收到针对樱子的投诉电话和邮件。另一方面，给樱子等人帮忙的正太郎发现了一个像小棺材似的箱子。箱子里面是人的骨头和一个叫“玲子”的人写的和歌。佐佐木一生独身，也被听说他有恋人。樱子反复琢磨恩师怎么会有这种骨头和女性写的信。刑警山路和近藤也前来调查此事。就在这时，爱理从博物馆打来电话，说她被古怪的男人抓住，对方一个劲叫樱子出来。那个男人名叫入山勇人，是个高中生。樱子赶到博物馆与勇人面对面。

矶崎接到过去的学生圆一重打来的可疑的电话后，赶往她家。发现虽然圆一重下落不明，但是，她的父母却没有报警。第二天，矶崎向馆长请了假。此后，正太郎与爱理正拜访樱子。他们请樱子代替矶崎确认爱理将于一周后召开的讨论会上发表的资料。看在爱理带来的礼物的面子上，樱子勉强答应帮忙。爱理提寸进尺，提出在研讨会期间住在九条家。这天晚上，正大郎在街上看到矶崎向年轻女性们打听一重的下落。他跟矶崎打招呼，矶崎看到他后有点慌张，什么也没说就走掉了。正太郎担心矶崎，思索如果是樱子会说什么，于是拜托樱子和他去矶崎家。面对找上门来的樱子和正太郎，矶崎说出了他当高中老师时的往事。当时，他是一重、二叶、三奈美三个女学生的班主任。某天，二叶失踪了，他和警方一起寻找，结果，二叶仍然不知所终。深感到负有责任的矶崎辞去了教师的工作。没想到过了五年，一重突然打来的电话令矶崎担心旧事又会重演。所以他拼尽全务寻找一重。听完矶崎的话，樱子要他带自己到三奈美家去。

矶崎接到过去的学生圆一重打来的可疑的电话后，赶往她家。发现虽然圆一重下落不明，但是，她的父母却没有报警。第二天，矶崎向馆长请了假。此后，正太郎与爱理正拜访樱子。他们请樱子代替矶崎确认爱理将于一周后召开的讨论会上发表的资料。看在爱理带来的礼物的面子上，樱子勉强答应帮忙。爱理提寸进尺，提出在研讨会期间住在九条家。这天晚上，正大郎在街上看到矶崎向年轻女性们打听一重的下落。他跟矶崎打招呼，矶崎看到他后有点慌张，什么也没说就走掉了。正太郎担心矶崎，思索如果是樱子会说什么，于是拜托樱子和他去矶崎家。面对找上门来的樱子和正太郎，矶崎说出了他当高中老师时的往事。当时，他是一重、二叶、三奈美三个女学生的班主任。某天，二叶失踪了，他和警方一起寻找，结果，二叶仍然不知所终。深感到负有责任的矶崎辞去了教师的工作。没想到过了五年，一重突然打来的电话令矶崎担心旧事又会重演。所以他拼尽全务寻找一重。听完矶崎的话，樱子要他带自己到三奈美家去。