李时珍一直都想弃文从医，惜父亲却要时珍考取功名，但时珍却暗中学习医术。某日，言闻为患肺病的村民诊治时，被时珍在旁偷听，令他深感古老民间偏方可医此病，于是决定上山找寻药材。时珍在上山的途中，巧见老妇因久患便秘却没钱求医而求拜“药仙”。时珍听后决定夜访为老妇诊治，却见一神秘女子出现并放下药包，时珍以为遇见“药仙”，大喜追出向她讨教，神秘女子告之药方后便消失踪影。翌日，时珍未经言闻准许便以该药方救人，令言闻大怒，但却发现病人真的痊愈。时珍在路上惊见一具棺材溢出血水，时珍觉事有可疑，与冬青施计吓走送殡队伍，将尸体带回家中，最后经言闻诊后证实，该“尸体”仍未死去，两父子决定救人。这时，官兵与群众突然来到家中要捉拿时珍……

言闻要时珍投考科举而弄得不欢而散；及后时珍从时果口中得悉，言闻为保护时珍，竟不惜向荆王下跪道歉，于是决心投考科举答谢言闻心意。言闻即安排他于阳明书院跟名儒顾日岩学习，顾日岩甚欣赏时珍不肯行贿考官的气节。时珍入住阳明学院后，不单无心向学，还串通顾日岩终日四处游玩。一日在渡头巧遇欲投河自尽的渔夫金水，原来金水因感染食肉菌而令脚部溃烂，而城中大夫均要他切足保命，时珍决隐瞒言闻找冬青救人。而冬青深感身为女儿身难以成名，决心要医治奇难杂症打响名堂，决定接手医治金水怪病。不过冬青与时珍对药理了解大相迳庭，决分头寻找药方。最后，时珍从庞宪手上的《集验坊》得到灵感，最终能对症下药，救回金水双脚。慕蓉为在朝会中抢得状元笔，而巧遇庞宪，庞宪甫见慕榕便惊为天人，最终状元笔落入农夫丰收手上，慕榕为得状元笔，竟答应替丰收犁田，终中暑晕倒，幸得时珍路过救回。而时珍对冬青已萌生爱意，对慕榕却只感无以为报。

慕榕为时珍求笔染病，时珍无以为报，决定上山捉蛤蚧替慕榕解暑，却巧遇冬青，二人渐生情愫，令有婚约在身的时珍心烦。及后果珍巧遇冬青，果珍即对冬青萌生爱意。当晚，果珍谈及意中人，茫不知正是时珍爱上的“药仙姐姐”。时珍鼓励果珍争取意中人，果珍依言向冬青大献恩勤，冬青亦从果珍之口证实时珍心意，视果珍的恩勤为时珍所指示，芳心大喜。适逢考期将至，时珍要到武昌应考，冬青立即送上冬青叶表明心迹，时珍也决定考取功名后，与荆王退婚迎娶冬青。恰巧，果珍误会冬青鼓励他表白，向时珍请教，时珍将玉佩送给果珍，要果珍用作为订情信物，但却被冬青误会时珍着果珍提亲，大喜下答应。但冬青赶到渡头送别时珍时，却又交诸交臂。时珍到武昌应考，途见女婢小花被冤枉与人通奸成孕；时珍诊断后发现小花肚内生虫，而小花主人正是考官陈大人。陈大人公报私仇，反将揭发严世藩作弊的时珍赶离考场，时珍又被赶出客栈，冬青赶到武昌却在街上惊见病倒街头的时珍。

慕榕瞒着家人到武昌找时珍，途中却误上贼车，幸得庞宪所救。另一方面，冬青衣不解带照料时珍，但时珍病情未见好转，决定上街寻父亲小地藏往救时珍，却巧遇小地藏卷入“救人变杀人”的案件中。小地藏与冬青回到客栈，竟发现时珍经已离开，大急之下四处寻找。原来慕榕终寻获时珍，由于时珍病得不省人事，决定带他出城寻找大夫，病重的时珍眼看慕蓉细心照顾，大表感动。及后，时珍愈病愈重，慕榕立即带时珍回乡找言闻医治，终治好顽疾。而众家人终得知时珍在考场的待遇，气愤下联想到荆王将藉此解除婚约，令众人大感苦恼，而时珍亦因此多了一番心事，深感辜负了父亲的期望之余，亦不知如何回应慕榕的爱意。时珍病愈，果珍即带他往见“未来大嫂”，却让时珍发现“未来阿嫂”正是冬青，心灰若死决定让爱。荆王终要求解除婚约，慕榕听后大受打击，决定落发为尼，时珍追至听到慕榕的一番情深说话，竟冲口而出说要迎娶她……

时珍在庵堂中当众答应迎娶慕榕，遭荆王激烈反对，但慕榕却表示出非时珍不嫁的决心，令荆王一怒而去。最终慕榕叛出家门，只身嫁进李家；但在新婚翌日，冬青到来找寻时珍，发觉时珍竟迎娶他人，一切皆是误会，冬青一怒而去。时珍成家立室，众家人即要时珍为前途作打算，时珍决定行医救人，但又恐遭言闻反对，结果时珍以小草明志，向言闻游说他不以功名衡量成就，但言闻始终觉得行医绝对吃力不讨好的工作，坚决反对。幸得慕榕从旁开解。结果，言闻决定退休将医芦交予时珍。另一方面，张娇对新媳妇展开“教导”，不停吩咐慕榕处理家务，可惜慕榕自幼娇生惯养，在处理家事上错漏百出，让李家上下都叫苦连天。林知县抱恙派下人来找言闻，言闻即引荐时珍，时珍唯有代父应诊；林知县服药后突然病危，时珍即被捕下狱。后来经时珍后发现是由荆王管理的惠民药局的药物出现问题，最终无罪释放，时珍回家后，竟发现慕榕面上出现黑斑……