在涉谷的人车分离十字路口出现了一片森林，也发生在街上行走的人们突然变成树木的不可思议现象。过程中，初中生麻奈在半信半疑的状态下写信放到了妖怪信箱后，随着叮呤咣啷的木屐响声，咯咯咯鬼太郎真的来了！鬼太郎和眼球老爹听完麻奈所说的事情后，确认了这是应该在几百年前被封印的妖怪的所作所为。为了探明原因而来到了城市地下设施的鬼太郎他们，在那里等待着他们的是……！？

在人气偶像组合·电池组所举办的演唱会上，数万人的来场者居然一瞬间消失了！在事件的背后，这与鼠男所设立的演艺事务所·vivivi广告公司有关。就在鬼太郎和猫女准备进入会场的时候，麻奈也碰巧地来到了现场。鬼太郎以“别和妖怪扯上关系”为由劝麻奈离开，但是麻奈反驳道“因为朋友失踪了”。就在鬼太郎他们潜入会场后，他们看见了一个因为吸收了所有来场者而变得异常庞大的妖怪……！

听说了儿童失踪事件在各地频发着这个传闻的麻奈，与鬼太郎取得了联络后干劲十足地想一起查明事件的真相，但是鬼太郎却拒绝道“妖怪和人类是无法成为朋友的”。而后鬼太郎查明了这是曾经被封印的妖怪为了建立妖怪城而诱拐了各地的孩童，但是居然连麻奈都被抓走了。鬼太郎和撒沙婆婆、子泣爷爷等一起展开了拯救麻奈的行动！

小学生裕太从住在隔壁家的麻奈那里听闻了鬼太郎的故事后，来到了咯咯咯森林。时隔数百年，人类又再一次进入了咯咯咯森林。虽然鬼太郎劝告裕太快点回去，但是听了撒沙婆婆和眼球老爹的话后，很不情愿地与猫女一起带着他在森林里转转。非常熟悉妖怪的裕太在森林里看见了各种妖怪而感到高兴。然而，森林却突然改变！接连着对鬼太郎他们发起了袭击。眼球老爹说道，原因可能是裕太……！？

最近感觉到不再被人类所惧怕的妖怪·雷神，怀念着以前那段人们会因为“私房钱要被拿走了”而仓皇逃跑的时光，鼠男却从中找到了商机。鼠男带着奇怪的集团成立了“哔哔哔电力公司”。将雷神生产的电作为商品出售，因此鼠男也得到了大笔的钱财。但是，雷神渐渐地失去了控制，最后终于……！？