天才外科医生朝田龙太郎(坂口宪二饰演)4年前曾经率领万人医疗队在世界最高级别的医疗小组“Team Medical Dragon”简称“医龙”中工作。由于没有听从所属北日本医学院附属医院院长的命令回国，在服务期满后仍继续留在战地工作，龙太郎被北日本医学院附属医院解雇，其他医院也都因为这一事件拒绝聘用他。于是，龙太郎在一所偏僻的海边小诊所替人治病疗伤。一天，明真大学附属医院胸外科的副教授加藤晶(稻森泉饰演)突然造访龙太郎。原来加藤晶为了登上教授的宝座，希望龙太郎能够加入到自己研发新式心脏外科手术的队伍中。加藤晶所研究的新式心脏外科手术是胸外科手术中最新的技术，龙太郎虽然吃惊，仍欣然答应。这边，明真大学附属医院的实习医生伊集院登(小池彻平饰演)正对着一名植物人患者诉说着自己的烦恼。原来，在这所医院中，一名医生要想出人头地，靠的不是实际的医术，而是要懂得看上司的脸色行事，要学会与医药厂商搞好关系。对于这样的医风，阿登感到十分困惑。和阿登不同，另一位实习医生木原毅彦(池田铁洋饰演)更关心的是如何泡妞交女朋友。就这样，龙太郎来到明真医院的日剧医龙第一部分集介绍 第一天就无意中听到了两位年轻的实习医生的心事。加藤晶出席胸外科医生行会。席间，北日本大学医学院附属医院的胸外科医生雾岛军司(北村一辉饰演)也有出席，作为北日本大学医学院附属医院胸外科教授的首席候选，北村在业界小有名气，而且，北村和加藤晶还是情侣关系，二人曾共同发誓要一统日本胸外科医学界。加藤晶询问北村认不认识龙太郎，北村摇头否认。而事实上，北村与龙太郎是当年同期进入北日本大学医学院附属医院的实习医生，北村为什么要说谎呢?此刻，明真医院突然接到了由于交通事故而胸部受到强烈撞击的急诊病患……

因为医院方面对龙太郎仍存有偏见，加藤晶被迫安排龙太郎和阿登一起值夜班。且院方规定龙太郎不得单独进行手术。一天深夜，突然有一名患急性阑尾炎的女病患被送到了明真医院。龙太郎和阿登一起前往手术室。龙太郎要阿登主刀，阿登说自己经验不足，到目前为止只做过4例手术，不敢主刀。龙太郎斥责阿登：“如果在国际医疗队的话，你这个年纪的医生早就动过上百次手术了!”阿登不得不拿起手术刀。然而，阿登并没有在书本所记载的位置找到这名病患的阑尾，在龙太郎的指导下，阿登终于有惊无险地完成了手术。龙太郎告诉阿登，要想成为一名优秀的外科医生，一定要在实践中不断学习。当二人走出手术室，在医院走廊里听到了一名女病患痛苦的呻吟。询问护士后得知，这名女病患到了肺癌晚期，因为服用抗癌剂，所以引发了一些副作用，非常痛苦。龙太郎询问抗癌剂的药名后得知，这是一种新药，目前尚处于临床试用阶段。龙太郎不顾阿登的反对，调出了这名女病患的资料，在看过病人病历后，龙太郎要求主治医师和院方马上停止给这名病患服用抗癌剂。然而，医院方面根本不把龙太郎的话当回事。院方把对龙太郎的不满迁怒于加藤晶，命令她写出深刻地检讨。加藤晶的恋人雾岛劝解加藤晶，看着龙太郎在医院里惹出这么多麻烦，干嘛还非要他加入全新心脏手术的研究小组。一天夜里，突然有一名发生交通意外的病患被送到了明真医院。阿登要对病患实施抢救时却接到急诊部的通知，告诫阿登不要擅作主张。原来，这是一名不明国籍和身份的外籍男子……

内科医生藤吉的女儿患心脏病住在明真大学医院，藤吉坚持用内科方法治疗自己女儿的病。野口教授收到朝田几次未经允许擅接病人的报告，但他又想利用他做成 Batista手术，于是命令他为藤吉的女儿做心脏手术，他可以亲眼证实一下朝田的医术。藤吉知道后极力反对，因为他不愿让女儿冒风险，宁愿辞职也要保护女儿的安全。因为他不相信朝田，在医院的施压下，藤吉辞职准备带女儿离开，就在那时，他自己却突发心脏病昏死在街头，朝田与伊集院见状用随身携带的心脏起博器(本来是要送往另一家医院的，却派上了用场)为藤吉在街头做了一次惊心动魄的抢救手术，干净、漂亮的医术让伊集院佩服不已。苏醒后的藤吉相信了朝田，决定让他为女儿做手术，但是当朝田看完病历后却得出了相同的结论：小女孩并不用做手术，随着年龄增长，病会自愈。朝田又一次得罪了野口教授，而藤吉却主动加入了Batista手术小组。

伊集院依然在为是否进入Batista手术小组而内心激烈斗争着，另一方面，原本定为朝田实施的弓部大动脉手术因为抢救藤吉而被北日本大学的教授雾岛军司所执行，野口教授看在眼里，心里极为不爽。同时，急救部的鬼头医生又看中了朝田，承诺以2000万年薪把他招入急救部，朝田并未答应鬼头的请求，但他却依然喜欢战斗在紧张的抢救现场。这天，急诊中心送来了三名病人，他们都是因为心脏病突发而晕倒，经过诊断，朝田发现了一个奇怪的事实，即这三人所使用的心脏起博器都是由米拉公司生产的SP200型，他又翻查了一年内的纪录，发现所有使用此心脏起博器的病人病名都是心不全，主治医生都是冲。朝田仔细做了实验，发现这种心脏起博器存在着质量缺陷，也就是劣质产品，它在遇到微小电磁波干扰时会突然失灵导致病人病发。朝田要求收回SP200的所有产品，但是冲却极力反对，因为这个产品正是野口教授推荐使用的，如果收回不正是摆明了要和野口作对吗?野口知道后阴险的把朝田调入富士山温泉医院而指名冲担当稻垣(就是三个病人中年龄最小的病患)的主治医生，正当冲要把劣质心脏起博器再次植入稻垣体内时，伊集院勇敢的阻止了冲的行为，虽然他吓得双腿发抖。千钧一发之际，朝田再次出现在手术室，他把劣质产品狠狠踩碎，在藤吉和美纪的帮助下，朝田帮稻垣植入了功能良好的心脏起博器。阴险的野口知道了这件事情后，利用权力嫁祸冲把他赶到乡下医院，而把朝田留了下来，以此来维持自己的“权威”和“名誉”。通过这次事件，伊集院终于决定加入Batista手术小组，而朝田又开始寻找优秀的麻醉师。

Batista手术越来越近，明真医院确定了两例病患需从中选择一名来做这次尚无前例的高难度手术，两名病患分别是16岁的高中女学生村野里奈和55岁的前明真医院心胸外科护士长奈良桥文代。两份病历捏在加藤医生手中，她正考虑最后选择哪个做Batista手术，显而易见的是，加藤做为功利性强，有着强烈的往上爬的欲望的医生，她自然是选择了整体状况较好的16岁女学生，这样手术的成功率就会大大提高，因为她的论文是不允许任何失败的数据出现的。朝田却持着相反的意见，他认为论文和患者是无任何关系的，应该选择最需要手术的病人做为手术对象。患者奈良桥文代其实在加藤心中占着重要地位，正是她从她最初踏上医学道路时一路陪伴，耐心倾听她的心声，帮助她渡过事业的难关，是无法轻易忘记的深厚感情，只是不知从何时起，发誓要改革腐败大学医院的自己也变得和大多数的一群一样，只为了名利不择手段往上爬。加藤看着病床上已生命垂危的奈良桥，一幕幕往事象放电影般在脑海中流过，奈良桥并不知情，她依然把加藤当成最好的医生，并说如果由她来做手术，就算死了也甘心了。加藤在母亲般的老护士长面前掉下泪来，她的防线终于崩溃，她最终改变了主意，选择了奈良桥文代做为手术对象，朝田从心底赞赏，但是加藤依然坚持手术、论文同等重要。同时，伊集院也通过了加藤的考验，做为日剧医龙第一部分集介绍 第二助手出现在Batista手术小组中间，令人瞩目的Batista手术即将开始了。