本作品男主角，原是知名的关东高中生侦探工藤新一，因被黑暗组织的琴酒灌下毒药而缩小身体，化名为江户川柯南寄住在毛利家中并暗中调查黑暗组织。

被黑衣组织灌下药物后身体缩小，自称江户川柯南。以前曾作为高中生侦探活跃着，展现出了不输给大人的推理。变为柯南后，有时也会使用暂时恢复原状的药，以工藤新一的身份登场。

新一的青梅竹马，帝丹高中2年级B班，空手道部女主将，都大会中有头号实力的文武双全的女生。一直喜欢着新一，在他突然消失后等待着他的归来。有时柯南的名推理会与新一的身影重叠，她开始像母亲一般温柔地照顾着柯南和少年侦探团。此外，和铃木园子是青梅竹马的挚友，从以前开始便无话不谈。

小兰的父亲，前警视厅搜查一科刑警，与目暮警部是故交。现在在毛利侦探事务所营业，多亏了柯南的名推理，以“沉睡的小五郎”闻名。经过小兰的拼命努力，经常与分居中的妻子——妃英理见面，有好色的一面妨碍着，很难坦率地重修旧好。

联邦调查局探员赤井秀一拥有卓越的推理能力，同时也是优秀的狙击手。 追踪着黑衣组织，曾一度陷入命悬一线的危机，但在柯南的帮助下，完全欺骗了组织而活了下来。此后为了让组织认为他已死，作为冲矢昴这个架空的人物生活着。