烟波岛上，发生了渔民失踪事件。晚上值班的渔民老林遇到了黑色黏液，从渔船消失。伴随老林的消失，一名神秘女孩进入了小镇。第二天，岛上的学生付君浩、张宇轩和游尚杰，偶遇了在地上挣扎的女孩，付君浩关心女孩，女孩却跑开了。付君浩三人追着女孩来到枯井边，女孩不见踪影，却发现井里有怪声。随后目睹了一条沾满黑色粘液的鱼从井中蹦出。地理课上，沙拉正在讲关于环境保护的内容，付君浩提出一起去渔船。晚上，付君浩等三人来到渔船，三人发现了神秘女孩躲在船上。付君浩出于好心，将女孩带回家中，只得将女孩收留在家中，女孩一个人在房间的时候，突然表情变得很奇异。此时，游尚杰在独自回家途中，遭遇“黑色黏液”袭击，消失的无影无踪。

渔船上出现了一伙神秘人，称有变异生物并报告发现了博士的衣服碎片，杜先生变得严肃。夜晚，留宿付君浩家的女孩噩梦惊醒。付君浩将自己的随身听给女孩，安慰女孩睡下。翌日，付、张二人来到学校，被告知游尚杰失踪。码头上，居民沙建质问老林的下落，和渔船公司老板的儿子苏民绪发生冲突。沙建离开，而暗中已有神秘人盯上了沙建。此时，杜先生在一个铁门前，手下在洞中发现了“试剂样本。” 付、张两人放学来到游尚杰家询问，碰到游尚杰离异父母争吵。两人离开，来到游尚杰失踪地点探查，付君浩的球鞋踩到了黑色粘液。此时，留在付君浩家中的女孩，整理了房间。付君浩奶奶回家，听到声音，上楼查看。二楼女孩表情变得奇异，付奶奶似乎有危险。

杜先生的手下将试剂送出。付、张二人回家，发现空无一人。奶奶买了吃的给女孩，以为是付君浩惹事。付君浩解释后，再次寻找阿杰，结果被女孩看到鞋上黏液对其很感兴趣。沙建在外，遇到妹妹沙拉被问是否打架。沙建否认离开。随后，遭到神秘人的埋伏。翌日，付、张二人带女孩来到踩黏液处，女孩发现元件，开始找阿杰。沙建醒来认为被苏民绪暗算，找其报复，两人打架时，沙拉阻止了冲突。苏民绪回去后气愤不已，说要报复，被父亲苏万三阻止。沙拉家，二人争执，沙拉希望哥哥别惹事，沙建认为自己伸张正义。二人和好后，沙建离开。晚上，三人寻找无果，张宇轩看到女孩的奇异表情。沙建路过了枯井，当他上前查看，井口冒出“黑色黏液”，沙建消失。

付、张二人商量去学校实验室，研究黏液。女孩也提出同去。杜先生来到基地，科研人员陈博士，说之前带出来的试剂有问题。杜先生对着墙上女孩的照片恼怒，指派手下在小镇寻找。翌日，付君浩给女孩取名“林小舟”，带女孩去学校。在学校，遇到张宇轩反对女孩参与。此时三人遇到了请假去找哥哥的沙老师，差点露馅而后被付君浩搪塞过去了。阿杰父亲游大海，因为把阿杰骂出了家，十分自责。在查看阿杰书桌时发现了日记，日记中提到以前的幸福时光，日记里提到会去海边，游大海赶往海边寻找。在学校实验室里，付、张二人看不出黑色黏液，但小舟对这些器物十分熟悉，开始娴熟的操作，画出了黑色黏液的细胞图。看着细胞图，她想起了什么，突然一阵头疼。

小舟听着付君浩的随身听渐渐平复。在码头，苏民绪遇到问题，小陈说发现赤潮影响了环境和产量。他不知所措时，发现有可疑人在卸货，为首的是杜先生。随后，付君浩等人来到图书馆。码头上，可疑人搬货，和渔民冲突，苏民绪出现，却被撞击。苏民绪骑着摩托车追上，遇到沙拉，沙拉跟上苏民绪。苏民绪追击却被甩，又被沙拉拦住。苏民绪被问说是否找沙建麻烦时，杜先生再次撞击，在苏民绪快要被撞时，沙拉救了苏民绪，沙拉看见了刀疤男，怀疑与哥哥有关，骑上摩托追击。沙拉追击到一半，摩托车坏了，沙拉打动了苏民绪。苏民绪讨好沙拉，结果被沙拉指责。图书馆，小舟发现镜下细胞图和赤潮藻相似又有区别。随后，小舟将一本书偷走，正好被张宇轩看见。