一艘小型飞船迫降在开普勒-22b号行星上。这是个荒凉的星球，地表早已没有生物，只有一个个深不见底的巨型蛇坑证明这里也曾是个生机勃勃的世界。飞船在惯性作用下，急速滑行，堪堪停在蛇坑边缘。在飞船坠入蛇坑前，一对夫妇拎着装备，从容冷静的走了出来。他们并非人类，而是仿生机器人，一个叫“父亲”，一个叫“母亲”。在地球已被无神论者和密特拉教派的战争摧残得不再适宜居住时，创造者把他们送到这里，为的是建造一个新的无神论国度。父亲和母亲带来了必要的装备和六个人类胚胎，在半球型居住舱里，母亲用自身能量培育着营养液中的胚胎。作为服务型机器人，父亲尽心照顾母亲的同时，还在居住舱外种植当地碳水果，建造谷仓储存收成，为将来的生活做准备。九个月后，胚胎已成形，父亲兴奋的将他们一个个从培养器中取出，放入养育箱。最后一个取出时没有气息，按流程应当分解成营养液养育其他婴儿。母亲心中不忍，含泪将他抱入怀中，用特有的低吟为孩子送别。也许是感受到了母爱，第六个婴儿开始啼哭。这简直是个奇迹，父亲和母亲决定用“坎皮恩”为他命名，意为冠军。斗转星移，居住舱已安置不下所有人。父亲便倚着山石修建房屋，种植更多碳水果。生活很艰辛，父亲母亲从不抱怨，确保孩子们过得开心快乐，直到不幸失去第一个孩子。未来无法预见，连机器人也不行。自从塔莉在蛇坑附近失踪后，父亲母亲就编造出巨蟒这种生物，不许孩子们远离住所。可孩子们仍相继生病夭折，仅坎皮恩活了下来。每当看到小伙伴逝去，坎皮恩就觉得心痛难忍，需要某种信念安慰心灵，那却正是笃信科学的母亲不允许的。科技没能拯救孩子们的生命，父亲失望的望向夜空。在那里，一架方舟飞船绕着开普勒-22b的近地轨道飞行。那是密特拉教派的方舟，因为教义中禁止机器人抚养人类，所以他们只能驾驶着载有休眠舱的飞船，比父亲母亲晚了12年才抵达这个距离地球最近的宜居行星。多年的风吹日晒，机器人也难以承受，母亲出现了故障征兆。一旦无人照顾，坎皮恩能不能生存下去，这是父亲最担心的。为了保护坎皮恩，父亲决定不惜任何代价，即便求助的对象是敌人。方舟里是仅存的人类，坎皮恩可以假装皈依他们的宗教，与同类一起开发这片星球。父亲瞒着母亲，想开启蛇坑里小型飞船的定位信号。可母亲还是察觉到了，转瞬之间，母亲就像变了个人，不再是和善温柔的服务机器人。她变得极具攻击型，把父亲打倒在地，硬生生从体内拔出处理器。而坎皮恩不相信所谓父亲停止运转，电池释放出辐射，被丢进蛇坑的鬼话，可年仅十二岁的他，又能如何。父亲不见了踪影，母亲变得越来越不稳定。坎皮恩按照父亲的方法，顺着绳子爬进蛇坑，钻进卡在洞壁上的小型飞船。他不懂得该怎样操作，胡乱按了几下，随后飞船引擎发动。幸好及时跳出，坎皮恩才没跟飞船一起坠入漆黑的深坑。星球的夜晚变得越来越冷，坎皮恩依偎在一动不动的母亲身旁，等待着命运的来临。突然，母亲接收到一段无线电讯号，立刻清醒。方舟的登陆船着陆，一群胸口佩戴着象征太阳神索尔标志的人走了过来。为首的队长马库斯很有礼貌，希望母亲能提供一些食物。方舟上的食物所剩无几，他们已经饿了好几天。看着他们狼吞虎咽的样子，坎皮恩好心提醒他们，把碳水果的种子挑出来，味道会更好。来自方舟的人里有位牧师，马库斯和另一人是曾参加过战争的士兵，还有一个是不吃不喝的仿生机器人。方舟已确认了赤道另一边有块不错的土地，有意在那建立殖民地。只是那里有片磁场，阻止方舟降落。这也是几个月来，方舟都在轨道上运行的原因。母亲当然不希望方舟降落在这边，巴不得他们赶快吃完走人。但天色已黑，外面温度降至零度以下，母亲只好安排他们住进半球形居住舱。就在这一晚，马库斯和其他人商量出了结论，必须把坎皮恩带回方舟抚养。如果那个女机器人阻止，那就由我方的战斗机器人解决。然而，马库斯很快就知道自己错了。母亲不是一具有故障的服务型机器人，之前时常出现的过载，是因为体内“死灵”代码在觉醒。死灵机器人是由密特拉教派制造出来，用于对抗无神论者的大杀器，却失去了控制。她们飞翔于半空，眼睛扫过之处，都会成为高频炮的攻击目标。从她们口中发出的高频音波，就像飘荡在空中的死神，将地球表面毁坏得体无完肤。抢走坎皮恩，是马库斯人生中犯得最大的战略错误。其他人被杀，马库斯被死灵丢出登陆船。母亲变化成马库斯的模样，经登陆船返回方舟，大开杀戒。在控制室下达坠毁指令时，系统显示方舟中心有养育室。母性让死灵变回了母亲，为了不伤害孩子们，她摘下双眼，确保自己没有杀伤力。然后，五个孩子乘坐着登陆船回到地面。巨大有如城市的方舟划过天空，坠毁在山中，能量泄露爆发出的光晕，久久不散。

2145年的波士顿，无神论战士卡莱布和玛丽从坠毁的直升机中救出一个医疗机器人。从机器人存储的资料来看，此前曾为一家密特拉教派的军官和家人做过医疗检查，那是被选中登上方舟的人必须经历的步骤。目前地球被死灵机器人占据，实施无差别攻击。卡莱布和玛丽便利用医疗机器人的整容功能，让自己顶替了原先的队长马库斯和他的妻子苏。寻找通行证秘钥时，二人才知道马库斯和苏还有个儿子保罗。因奉行教义，保罗自幼被送进神学院由牧师照顾。父母与儿子之间从无交流，连一句话都没说过。在方舟前往开普勒-22b的十余年里，身体处于休眠状态，意识却保持清醒。每个人，甚至是宠物都能通过模拟系统，在虚拟世界中交流。保罗渐渐接受了这对似乎有了很大改变的父母，卡莱布和玛丽也融入到密特拉教派中，随口就能说几句信仰之辞，从此成为马库斯和苏。只是没想到，时隔十二年，又会遇上死灵机器人。有了新增的五个孩子，建立无神国度的事业也就有了希望。母亲把“死灵”双目藏在居住舱下，配戴上战斗机械人的双眼，这样才能保证不会在无意中伤害孩子。战斗机器人体内的处理器被接到父亲体内，她需要父亲的协助。在她看来，父亲违背了任务目标才需要被关闭。如今形势不同，父亲会成为完成任务的重要支柱。父亲出于纯理性分析认可了母亲的观点，坎皮恩见到父亲归来更是欣喜不已，但内心对母亲的畏惧正转化为愤怒，要暗中想办法解除母亲的武装。来自方舟的五个孩子薇塔、霍莉、坦佩斯特、保罗、亨特，面对和蔼可亲的母亲同样是小心谨慎，表面恭顺，背后不满，尤其是母亲还收走了他们的太阳神坠饰。亨特是年纪最大的孩子，父亲又是密特拉教派的高级神官，对其他孩子有着无形的控制权。他强行命令保罗把心爱的宠物小白鼠送给坎皮恩，有意拉拢。毫无心机的坎皮恩无法了解人类之间的复杂关系，亨特利用这种单纯的好感影响着坎皮恩，让坎皮恩相信是母亲的死灵本性杀死了他的兄弟姐妹。母亲不喜欢坎皮恩的做法，小白鼠还是还给了保罗。在之后的生活中，亨特处处显得高人一等，不事劳作。而没有了密特拉教派的特权，众人开始对亨特的指手画脚产生反感。不再视其为理所当然的领导人，反而更倾向于天真无邪的坎皮恩。母亲看出坦佩斯特怀有身孕，特地将她安排在居住舱单独居住，也不用农田劳作，只需要打扫房间即可。但坦佩斯特并不喜欢被母亲视为礼物的腹中胎儿，那是在休眠舱中，被某个神职人员玷污的结果。母亲的大肆杀戮，无意中帮坦佩斯特雪耻。所以从某个方面来说，坦佩斯特很感激母亲，对母亲的抵触也是最少的。她听取了母亲的建议，不再去伤害腹内无辜的孩子。就在方舟坠毁后没几天，原本宁静的夜晚突然多出几声嘶吼。形似食尸鬼的生物袭击营地，母亲想取出“死灵”双眼，却发现被人取走。父亲一愣，立刻知道是坎皮恩所为。他一反平时温和的态度，怒目圆睁，抓着坎皮恩的双臂喝问双目下落。“死灵”双目从坎皮恩口袋中掉了出来，父亲抓在手里丢给母亲。母亲变换成“死灵”飞上半空，一只只食尸鬼在她的吼声中化为肉浆。营地暂时安全了，可母亲和父亲都想不明白，这些凶残的生物为何会在十二年后出现。

昨晚袭击营地的食尸鬼已被炸成肉末，亨特和坎皮恩根本不相信营地外有其他生物，他们更愿意相信又是母亲编造出来的谎言，目的就是防止他们逃跑。就像是为了证实他们的想法，坦佩斯特出现了咳嗽、吐血症状。当年，初代孩子们也是先咳嗽，然后变得越来越虚弱，直至死亡。连母亲自己都开始怀疑自己，或许真的是“死灵”在无意识间杀害孩子，除了她最疼爱的坎皮恩。与此同时，被母亲丢在荒野的托马斯靠着蛇坑从地心冒出的热量，勉强挨过了寒冷的夜晚。次日，昏迷的托马斯被搜救队找到，带回了方舟坠毁地。方舟仅剩残骸，幸存者在神官的指挥下，收集剩余物质，并搜寻更多幸存者。托马斯一睁眼就看到了苏，心中一宽，可马上又想到了保罗。所幸方舟孩子们的身上都植有定位器，苏知道他们被恶灵机器人关在了某地，只是生死未知。神官并不认为无神论者有能力修改“死灵”的代码，让她变成一个看护型机器人。可不久前发生的事实，又无法解释。出于个人的考虑，神官拒绝了托马斯带队营救孩子的请求，仍把重点放在休整上。托马斯无奈，把目光转向了方舟坠毁的山谷。出于多年当兵经验，他带人调查山上的裂缝。方舟撞击造成山体开裂，才出现这条仅可供一人通过的裂缝。托马斯深入洞中，里面没有东西，但有股恶臭。应当是有生物穴居于此，山体开裂后从裂缝逃走。还没等再深入探查，天空中又传来“死灵”恐怖的低吼。托马斯不及多想，命所有人钻入裂缝躲避。慌乱中，最前方人员一脚踏空跌入蛇坑。裂缝地洞尽头是深不见底的蛇坑，被困在地洞中的神官面色如土，令身边的服务机器人出去引开“死灵”。虽说徒劳无功，但两只多功能维生素从母亲的小袋中掉落。待死灵离开后，苏捡起多功能维生素，确认孩子们仍活着。母亲来到方舟残骸，是想寻此药品救治坦佩斯特。但当她回到营地，却见谷仓门大开，孩子们不见了踪影。原来就在刚才，坎皮恩趁母亲离开，把父亲骗进谷仓困住，伙同亨特带领其他孩子们逃向方舟坠毁地点。父亲撞开谷仓门，跑进登陆船。船上的仪器显示出了孩子们方位，父亲立刻摘了些碳水果放进燃料舱。登陆船自动对加入的物质进行分析，然后分解成为能量。可父亲惊讶的发现，仪器显示碳水果的种子有微量辐射。难怪每次吃饭都不厌其烦挑出种子的坎皮恩能存活下来，这是有原因的，原因却不在母亲身上。知道原由后，母亲欣喜之余更加担心孩子们的安危。仪器显示，保罗与其他孩子们不在一起。母亲叫父亲驾驶登陆船去接孩子们，她自己去找保罗。在深山中又饿又累的孩子们被接回了营地，坎皮恩亲自检测碳水果，果然如父亲所说。他此刻真想对母亲说声抱歉，可头顶传来嘶吼声，又一只食尸鬼趴在登陆船上，恶狠狠盯着坎皮恩。母亲没有撒谎，外面真的有危险。坎皮恩当场愣住，不知所措。父亲勇敢的扑过来，拦腰抱起食尸鬼不放。父子二人合力将食尸鬼关进谷仓，这下，终于可以向亨特证明，母亲和父亲没有说谎。而保罗为了寻找跑丢的小白鼠，在森林中落了单。他呼喊着同伴的名字，在昏暗的森林中摸索前进。突然，他听到一阵笑声，山石上一个人影一闪而过。从身形上看，像是薇塔，保罗不顾一切的跑了过去，却觉得脚下一空，掉进了陷阱之中。

森林里散落着从方舟掉落的零件，一台休眠舱坠落在此，里面神官的尸体像是被什么动物啃食过。休眠舱后面的模拟器仍在运作，母亲还没细看，就听到不远处传来呼救声。保罗正急速坠落，几乎能感觉到蛇坑下岩浆的炙热。母亲从天而降，将他抱入怀中。只说了一句“睡觉吧”，保罗像接受了母亲的指令，安然睡去。母亲抱着保罗回到营地，进入孩子们的房间前，还不忘警告他们闭上双眼，不要直视处于武器化的自己。这一次可以说有惊无险，但母亲首先惊讶于自己更多能力在觉醒，其次不满于父亲没有尽到照顾孩子的责任。保罗的小白鼠落入了蛇坑，坎皮恩还是第一次听说人死后会与进入天堂永生，动物的死亡则是永恒。他不禁想到了曾经的小伙伴，他们又会在哪。心情沉重的走出石屋，看到父亲正用刀削尖木棍。父亲在制作长矛，准备杀死谷仓的食尸鬼。这样就能获取肉，让不能食用碳水果，饿了几天的其他孩子们补充营养和蛋白质。动物死亡是永恒的，这句话深深影响了坎皮恩。他请求父亲不要杀死食尸鬼，可以试着寻找别的食物。在坎皮恩的坚持下，父亲和他到距离营地更远的地方搜索。绝大多植物都被父亲初步鉴定为不可食用，好不容易从树上摘到营养丰富的果实，可通过登陆舱的精确检测，含有微量氰化物。最后的努力也失败了，那头曾要捕食坎皮恩的食尸鬼命运已注定。父亲与坎皮恩外出寻找食物的时候，母亲在被改造成实验室的居住舱内，熔化了孩子们的太阳神坠饰，制成手术刀。让孩子们熟睡后，母亲从他们的脚跟处取出定位器，再用自身能量帮助伤口快速愈合。随后，母亲飞上半空，将五枚定位器远远丢进深山峡谷。回到营地后，母亲还有一项工作，修复子宫袋。最初，飞船里有十二个胚胎。初代孩子诞生后，母亲将重心放在抚养孩子身上，孵化工作暂停。谁知两个淘气的孩子打开了保存在居住舱内的孵化箱，坎皮恩安慰他们那只是融化的雪球，还替他们在母亲面前承担了责任。从那时开始，母亲便知道，坎皮恩是个特殊的孩子。坦佩斯特希望用子宫袋代孕，母亲有感于她内心的矛盾与痛苦，答应尝试修复合成子宫袋。寻找替代食物失败的父亲回来，反对母亲干扰自然规律的行为。只是在这件事上，他没有决定权，他能做出决定的就是让坎皮恩亲手杀死食尸鬼，以适应将来的生活。否则，不适当的同情心，只会害死他自己和同伴。所有孩子被叫到谷仓前，饥饿折磨着他们，信仰又在困扰着他们。母亲不便干涉父亲的决定，索性外出搜寻零件。军人家庭出身的霍莉最先拿起长矛，只刺了一下，就被食尸鬼的惨叫和四溅的血液吓得落荒而逃。其他孩子们一哄而散，丢下恼怒的父亲。此时，距离营地几百公里临时驻扎地内，马库斯在劝说神官有所作为。马库斯不信奉太阳神，也不熟悉经文。但这并不妨碍他利用信仰，强迫神官同意营救被死灵机器人抚养的密特拉孩子们。一行人走出深山，踏入沙漠。神官趾高气扬坐在四人抬的轿子上，旁边跟随着他的守护机器人，后边跟着神职牧师们，最后是负责搬运物资的士兵们。身为久经沙场的战士，马库斯却要抬着神官前行，心里是一万个不乐意，可又不能表现出抵触这份荣耀的神情。一块巨大的五角立方体石块出现在面前，外形均匀对称，如小山般大小，很明显是文明遗迹。神官大喜，从轿上下来，轻抚着巨石。先知预言中提到过，这是圣地神殿，太阳神索尔将密特拉神秘教义的答案藏于此地。双手能感受到巨石发出温热，更让一行人坚信这是太阳神散发出的力量。苏偷偷拍了拍马库斯，示意他要像其他人一样跪拜，这一幕落在了神官的眼中。巨石除了一个半尺宽的孔洞，没有其他可供人进出的入口。神官下令打开巨石，取得教义后才能离开。马库斯被迫与其他士兵一起，手工挖掘巨石。同时，神官让队里唯一的医官苏查看一下他受伤的手臂。他嘴里念叨着祈祷样的词语，苏不解其意，只当是经文随口敷衍了几句。几小时过去了，凿石进度几乎为零。太阳落下，温度急剧下降，众人只能裹上毯子，靠在在巨石上取暖。马库斯突然感觉头痛欲裂，脑袋里嗡嗡作响，难以忍受。神官想都没想，就认定马库斯的心智已被死灵污染，举枪要射杀。幸亏有士兵从马库斯的太阳穴位置找到一只蠼螋，是地球上的寄生虫。清醒后的马库斯明白，是神官在搞鬼。神官的计划失败，苏则紧盯着神官的守护机器人。见她拔出枪，立刻还击。子弹射穿了守护机器人的脑袋，一枚蠼螋传送器从她手中掉了出来。天亮后，马库斯从机器人体内回收电池，这是他在战争中学到的技巧之一。苏也从其他士兵那里打听到，昨天神官念叨的词语不是经文，而是密特拉教的儿歌，所有密特拉的儿童都熟悉。马库斯和苏恍然大悟，他们二人时常对抗神官的命令招致怀疑。神官用一首儿歌确认苏和马库斯是内奸，碍于需要苏的医术，便只对马库斯下手。看来必须除掉神官，但如何达到目的又不曝露身份，是个很棘手的问题。又是徒劳无功的一天，夜晚的温度比昨晚更低，而巨石却不再发出热量。平时养尊处优的神官哪受得这种苦，竟下令用炸药炸开被视为圣殿的巨石。马库斯严辞拒绝，并喝斥神官背叛信仰，在太阳神的考验面前退缩。

不管怎么说，起码这几天的口粮有了。面对桌上那盘肉，亨特最先尝了一口，感觉很像猪肉。其他孩子放下顾虑，纷纷大嚼特嚼，只有坦佩斯特无法完全接受这盘曾经孕育过另一条生命的食物。在母亲看来，坦佩斯特昨晚能活下来，全靠侥幸。她责怪父亲擅离职守，险些危及坦佩斯特和她腹中的孩子。父亲无法解释昨晚看到的东西，但更不喜欢被母亲说成能力不足。为了体现出在家庭中的重要性，父亲开始教授孩子们使用投石索。外出狩猎时，大家分开一定距离搜寻。保罗和坎皮恩最先听到蛇坑内有低吼，探头看到一只食尸鬼攀爬在光滑阴暗的洞壁上，采食从岩石裂缝中长出的苔藓菌丝。保罗甩出一块石头，正中食尸鬼。食尸鬼逃走，坎皮恩则注意到它食用的菌丝。在保罗的帮助下，坎皮恩冒险从洞壁上采了点。二人约定，绝不能说出去，不能让母亲再责怪父亲看护不利。白天没见到一只食尸鬼，父亲觉得食尸鬼可能是昼伏夜出的生物。母亲化身死灵飞上半空，巡视周边是否有食尸鬼活动迹象。飞入树林后，她也听到笑声，塔莉正仰头微笑。母亲落到地面，循声追过去。在笑声消失的地方，有台休眠舱，舱里放着塔莉最爱的玩具，树枝人。对女儿的思念，让母亲毅然躺进舱内，接上模拟器，开启了一段被深藏的记忆。那是地球战场，一个死灵机器人被击落。击落它的人叫坎皮恩，家境富裕，受过良好教育。可他抨击腐败的密特拉教，凭借所学知识成为最厉害的黑客，为无神论者提供信息。当时，战争造成大量放射性尘埃，含氧量降低，已不适宜人类居住。有钱人都乘坐方舟离开地球，坎皮恩却留了下来，改造死灵机器人。坎皮恩是密特拉教头号通缉犯，失去双眼的死灵就算手脚被缚，也挣扎着要执行杀死指令。坎皮恩修改代码，死灵的敌意逐渐减弱。只是听到某些特定词汇，比如“无神论者”时，仍会下意识的出手。坎皮恩开发出情感系统，死灵有了母爱变成了母亲，同时也对自己的创造者坎皮恩产生眷恋。坎皮恩将双眼还给母亲时，就是最后一次测试。母亲没有杀死坎皮恩，但听到将离开坎皮恩，与另一个服务型机器人乘坐小型飞船前往开普勒-22b行星建造无神论国度时，她不知为什么，感觉到无法形容的痛楚。坎皮恩把这段记忆藏到了最深处，母亲这才平静的登上飞船。多年后，飞船着陆，“坎皮恩”这个熟悉又陌生的名字仍牢牢镶嵌在她的脑海中。一种莫名危机感把母亲从模拟器中唤醒，母亲马上飞回营地，果然发现倒在居住舱里的坦佩斯特。坦佩斯特忍受不了内心的煎熬，服下有毒果实自尽。母亲急忙催吐，但是身体能救治，又如何去拯救已死去的心灵。沙漠中，一场权力争夺战正在进行。按密特拉教的规矩，上级神官去世，应由下一级的神职人员继任。可士兵们对马库斯佩服得五体投地，率先单膝下跪效忠。另外几名牧师无奈，只得将领导权交出。马库斯要做的第一件事就是营救保罗等人，苏定位到孩子们的方位距此地有两天的路程。沿着定位器指示的方向，一行人走了一天。翻过一处沙丘，见到山丘下又有一处残骸，是方舟下甲板的坠落地。士兵们排成搜索队形进入甲板残骸，马库斯主要是寻找推进系统的主电池。有了它，就能对付死灵机器人。主电池很顺利的找到，待要深入搜索，马库斯忽然听到外面传来殴打声。他急忙跑出去，看到保护牧师的士兵们对躺在地上的一个人拳打脚踢，恨不能置其于死地。马库斯上前喝止，问过牧师才知道地上这是名囚犯。这名前牧师在其他人休眠期间强奸多名女性，审判时，他辩称听到了太阳神索尔的声音，命他繁衍子嗣。尽管如此，他仍被判死刑。抵达开普勒-22b行星后，当众执行。在行刑前，他的整个脑袋都罩在水桶般的头盔内，由枷锁机器人看管。任何轻举妄动，脑袋都会被挤碎。没想到方舟坠毁死了那么多人，这个人渣却能幸存，一直被枷锁关押在这里。士兵们当然有充分的理由替天行道，不过马库斯有个更好的理由让囚犯活下来，当遇到死灵机器人时，可由囚犯举着主电池当炮灰。夜晚，甲板舱里有足够的房间可供休息，不会被寒冷侵袭。可囚犯喃喃自语，向太阳神索尔祷告，让马库斯难以入睡。在圣地神殿前，他也听到了一个声音，命他杀死神官。马库斯照办了，神官也死了。但这到底是索尔的旨意，还是自己的杀戮之心？那个声音以后会不会再要自己杀人，万一要杀的人是苏呢？有那么一瞬间，马库斯仿佛看到自己戴着水桶头盔，成为阶下囚。第二天，马库斯率队，带上囚犯继续进发。旅程的尽头是间依傍巨蟒蛇骨建造的石屋，信号正是来自那里。囚犯举着主电池走在最前面，其他人跟随在后鱼贯而入。屋里设置了几个简单的机关，除此之外，没有其他威胁。五枚信号发射器就挂在房梁上，苏不明白，谁会这么做。