一九四九年，解放军陈兵江北，蓄势待发，为保住国民党的的半壁江山，蒋介石集团不惜任何代价对异已人物，特别是军队中的进步将领实际了法西斯式的秘杀行动，在黑暗和光明的交替中，刀与枪、血与火、灵与肉、正义与进步、邪恶与忠诚全部喋血在一份绝密的名单里。以毛人凤为首的特务组织不断进行着暗杀，名单上的一些军官相继被杀死。高启平接到电话说一个可疑信号电台来自周立群处，蒋处长接到电话后赶到他的住处。上海中心局情报处长沈剑秋在图书馆里看到了一张图书卡。周立群在发报时听到了动静，他开枪还击后引爆了手雷。沈剑秋开枪打死三个杀手，他回去后翻译出了：保密局出炉一秘杀名单，涉及国军众多将领，动机内容不详，委员长待从室中校林怡协助此次行动，我似乎已被察觉，切勿联络。沈剑秋看后将卡片和信纸烧毁，他出去后知道了周立群处已经出事。前去和周立群接头的黄谷昌被他们发现，追的人问沈剑秋时，他说自己没看见什么人。严敬尧接到通报说周立群死了，党组织接到他未发完的电文后感觉情况不妙。徐志道来到上海找到严敬尧，他提起了那份秘杀名单的事儿。沈剑秋感觉连续被杀的国军将领绝非共产党人员所为，案子落在了他的身上。蒋处长命人展开第二轮暗杀，高启平的表现被提拔为中校副官，蒋处长命他将黑道上的事情处理好。林怡来到了上海站，她见到严敬尧，严敬尧送她一副字画，他说秘杀名单一份在自己手里，另一份在那副画中。

林怡将那副画挂在了床头，周立群牺牲后沈剑秋不知道该和谁联系，他的牺牲让剑侠成为大海里的一艘孤舟。组织上保护剑侠起动了渔夫计划，沈剑侠接到了保密局打来的电话，他打电话给了方处长，说要在老地方请他吃饭。上海地下党的同志知道了敌人制定的秘杀计划，但不清楚是哪些名单。独眼龙麻三的手下在蹲守时被沈剑秋打死，他赶快到的时候已经晚了。麻三说他见过那个穿军装的人，蒋处长让他抓紧找到了那个人的身份。黄谷昌被军统的人抓住，但他在监狱中面对严刑拷打什么也没说。沈剑秋问起方处长秘杀名单的事儿，他说自己只是略有耳闻，方处长提起了他的外甥女夏冰。仇贯三不小心把秘杀计划泄露，蒋处长让人立刻除去他，他想让林怡动手。林怡是林长续的女儿，她被调来肯定是执行秘密任务的。方处长将林怡的电话号码告诉了沈剑秋，沈剑秋让他帮自己请行动处的人吃个饭，最好能有林怡参加。沈剑秋不明白那个电话是谁打来的，如果是周立群打来的，他将暴露在敌人视线之内。林怡来到仇贯三家中，她说是的特别看望他的，趁他去倒水之机林怡将毒药放入他的药中，仇贯三发现了不对劲儿，林怡还是开枪打死了他。罗英回来后说陈大夫牺牲了，诊所被保密局的人摧毁。上海保密局长说局里的精兵强将早已被调走，这儿成了总统府的后勤处了。

林怡的父亲因不愿意做共产党的俘虏自杀，藤世杰见死不救。黄谷昌在保密局监狱中受审，他说了藤世杰的一些情况，审问他的人说眼下藤世杰都自身难保，他不明白梁秘书的情况。黄谷昌被迫交待了见面的事情，黄少雄审问完后向蒋处长汇报了情况，他说是藤世杰的秘书，蒋处长命他立刻去抓获藤世杰。林怡的舅舅将军统的情况告诉了林怡，她让他设法阻止，这也许是她复仇最后的机会。保密局的麻三去中心局查看沈剑秋的档案，局长知道了沈剑秋的档案被查，他感觉一定有不可告人的阴谋。和黄谷昌接头的人约定在远东饭店，那儿早已被设好了埋伏，梁秘书知道有埋伏后急忙逃走。埋伏的人没抓住梁秘书，梁秘书被告知黄谷昌已叛变。梁秘书建议救他的人跟他一起走，那人正是卢仲林，他是监狱的看完，当时审黄谷昌的时候他在场做记录。卢仲林也被下发了通辑令，林怡说卢仲林是他表舅，并说是自己让他营救梁秘书的，蒋处长知道后谅解了她，对于卢仲林的抓捕要重新布置。麻三回去后被安排到王宝和餐厅，麻三在吃饭的时候喝醉了。罗英无意中打了陶公，他们想通过陶公和剑侠取得联系，陶公认识沈剑秋，组织上要求地下党尽量保护这批国民党将领。赵副官将麻三拉到了荒郊野外，在赵副官的逼问下麻三交待了查沈剑秋是因为周立群的最后一个电话是打给他的，赵副官开枪杀了麻三。赵副官给林怡打电话，可没人接听。蒋处长接到独眼龙麻三不见后的消息后很生气。

蒋公绰将麻三的死告诉了局长，他已命人查找麻三的下落。沈剑秋知道了黄少雄带的消息，夏冰的方叔叔再次帮了他。蒋公绰召集人开会，他分三组去寻找麻三下落。中心局的人到了机房后发现保密局的人已经事先到达，他们就回去了。黄少雄对机房的记事员进行盘问，他知道了最后一个电话是打给沈剑秋的。林怡开枪打死了她以前的男朋友，她打电话叫保密局的人去收尸。保密局的人到后处理了尸首。黄少雄找到了麻三，现场发现了军方吉普车的轮胎印。麻在死让毛人凤决定将密杀计划暂停，蒋公绰对于麻三的做法很为恼火。黄少雄将众多疑点指向了沈剑秋，蒋公绰打算申请秘密调查上海中心局和沈剑秋。林怡在车站没接到要接的人，这位保密局中校谍报员叶梦辛化妆成老太太让他们没认出来，她和林怡交手后叶梦辛露出了真正的面容。叶梦辛是三四年被派到美国学习的，严副局长将保密局的人介绍给她认识。叶梦辛一到保密局就被安排了中校军衔，还专门配了车。蒋公绰发现上海中心局副局长李子贤的车最为怀疑，他们立即对李子贤展开调查。陶公亮给林怡打去电话，她说什么时候对他都方便。

蒋公绰将麻三的死告诉了局长，他已命人查找麻三的下落。沈剑秋知道了黄少雄带的消息，夏冰的方叔叔再次帮了他。蒋公绰召集人开会，他分三组去寻找麻三下落。中心局的人到了机房后发现保密局的人已经事先到达，他们就回去了。黄少雄对机房的记事员进行盘问，他知道了最后一个电话是打给沈剑秋的。林怡开枪打死了她以前的男朋友，她打电话叫保密局的人去收尸。保密局的人到后处理了尸首。黄少雄找到了麻三，现场发现了军方吉普车的轮胎印。麻在死让毛人凤决定将密杀计划暂停，蒋公绰对于麻三的做法很为恼火。黄少雄将众多疑点指向了沈剑秋，蒋公绰打算申请秘密调查上海中心局和沈剑秋。林怡在车站没接到要接的人，这位保密局中校谍报员叶梦辛化妆成老太太让他们没认出来，她和林怡交手后叶梦辛露出了真正的面容。叶梦辛是三四年被派到美国学习的，严副局长将保密局的人介绍给她认识。叶梦辛一到保密局就被安排了中校军衔，还专门配了车。蒋公绰发现上海中心局副局长李子贤的车最为怀疑，他们立即对李子贤展开调查。陶公亮给林怡打去电话，她说什么时候对他都方便。