Nikita被Amanda诬陷为刺杀美国总统的凶手，不得不踏上亡命天涯的道路。来自新闻频道ENN的记者Dale对当晚所发生的事情产生质疑，发誓要查清真相。Nikita将Dale当作自己洗刷罪名的救命稻草，于是跨越边境重返美国，希望和Dale好好谈一次。怎料她竟一头撞进了Amanda精心设下的陷阱！Michael等人收到了警告，Michael决定立即找到Nikita，避免她落入Amanda之手。Michael等人的临时总部设在一架自由飞行的高科技飞机上（和《神盾局特工》类似），Birkhoff和Ryan都用各自的方式向Michael伸出了援手。与此同时，Alex密切监视一个人口贩卖集团，她发现「The Shop」组织与之有关。当Owen/Sam出现在现场后，情况迅速向坏的方向发展。

   Nikita与Michael、Birkhoff和Ryan团聚，并且登上了他们作为临时指挥中心的飞机。Michael拒绝与Nikita讨论他们之间的关系，但要求Nikita留在这个团队中，让他们帮助她洗清罪名。Ryan发现Amanda在「The Shop」组织的帮助下用替身来替换一些重要人物，而Nikita发现其中一名替身就是中情局副局长(Alex Carter)。在不暴露自己的情况下，Nikita很难杀死他。与此同时，Alex用枪逼Sam交还偷走的东西。然而当一群暴徒对两人发动袭击的时候，他们为逃命被迫共同御敌。

   AMANDA提供的假情报显示巴基斯坦雇佣NIKITA来刺杀美国总统，美国和巴基斯坦的关系持续紧张。RYAN对BIRKHOFF越来越古怪的行为产生怀疑，他向NIKITA和MICHAEL表示AMANDA有可能绑架了BIRKHOFF并将他转变为双重间谍。与此同时，中情局抓住了ALEX，逼她说出她与NIKITA的关系。

   JONES排挤了AMANDA，重新在组织内取得统治权。他随后与NIKITA取得联系，向她和她的团队提出一个条件：如果他们从此不再插手他的任务，他承诺帮助他们伪造死亡，改换身份，从此获得自由。NIKITA和她的团队将飞机停在一处与世隔绝的巴基斯坦简易跑道上，但当地的缉毒官员带着他的人包围了飞机，要求他们支付千万美元的「过路费」，NIKITA只好求ALEX提供这比钱。ALEX从一个保险箱内提取出一批钻石来帮助NIKITA解困，SAM意识到这是一个弥补自己损失的好机会……他计划抢走这批钻石！与此同时，MICHAEL再次面对老对手RAMON（SIMON KASSIANIDES），但RAMON说出了令MICHAEL难以接受的黑暗真相。此时BIRKHOFF从父亲手中偷偷得知了父亲所在地，也就是AMANDA的老巢······

   清晨NIKITA从一间明亮的房间醒来，走出房间眼前是一面宁静而和谐的景象，MICHAEL在她身后出现，二人感叹终于赢得与AMANDA之间的战争，此时一辆军车到来，来接他们去见政府最高领导层，对之前的种种事件予以解释。NIKITA和MICHAEL、BIRKHOFF、SONGYA、RYAN决定对政府坦白一切，在一对一的审讯室里面，他们从一开始的DIVISION一直到和AMANDA的战争一一详尽道来，监控室外的所有议员对他们的所言无不为之震惊。迪拜，ALEX用电脑追踪SAM的去向，让她惊讶的是SAM竟然按照和她的约定到达了巴黎。ALEX按照NIKITA的建议，打电话给SAM，结果通话中SAM被债主强行掳走。ALEX追踪到SAM被绑架的酒吧，以突袭的方式和SAM二人将对手解决。国会议员希望NIKITA来充当英雄给全民一个交代和解释，NIKITA在MICHAEL的鼓励下接受议员的请求，同时向议员提出要给每一个人赦免权，以及共同表彰BIRKHOFF的要求，并间接得知RYAN不同于大家的想法······