在首集中，电影《复仇者联盟》的「纽约大战」刚刚过去不久，超级英雄和外星人的存在已经人尽皆知，全世界都在尝试适应新的现实。Phil Coulson特工死而复生，奉命调查一个名叫「涨潮」（The Rising Tide）的神秘组织。对手底细不明且难以追踪，为了完成任务，他决定从「神盾局」中挑选几名精英特工组建一个特别行动组。他们的第一项任务是调查一个拥有超自然力量的普通人——此人的力量可以用来救人，但也可以用来制造毁灭性的破坏。

Coulson和他的神盾局特工们前往秘鲁调查一种来源不明的神秘物件。除了知道这东西代号「0-8-4」之外，他们对它一无所知。在遇到漂亮性感的女指挥官Camilla Reyes（Leonor Varela）之后，Coulson立刻来了精神……可是在3万英尺的高空之上，飞出的可不仅仅是两人擦出的火花。

天才科学家Franklin Hall（Ian Hart）博士遭到绑架，Coulson特工和他的神盾局小组成员无法判断绑匪的身份，但他们必须与时间赛跑来确定他的位置。然而他们的计划出现严重问题，Skye是他们手中仅剩的一张王牌。难道要让没有经验的Skye只身深入虎穴？Coulson感觉自己被逼到了悬崖边上。

一个神秘的女人仅凭一己之力就犯下数起抢劫大案，Coulson特工和他的神盾局特别小组决定展开调查。可是当这个女人的真实身份曝光后，一个糟糕的秘密可能彻底毁掉Coulson。

Coulson和他的团队前往亚洲营救一个拥有危险能力的年轻人（他能制造火焰）。一个穿花裙子的神秘女人将年轻人带到一个实验室，tv.ebeta.org她似乎掌握着破解年轻人身上秘密的关键。与此同时，Skye隐瞒的一个秘密可能危及她和整个团队的关系。当大家最需要Skye的时候，Skye却很可能不能出手相助。