明朝，嘉靖37年。江南淳安县儒生戴凤翔因被吏部侍郎公子赵西樵嫁祸杀人，而逃至老师海瑞所管学宫，赵府家仆通知县衙并与王班头相继来捉人，但被海瑞以未有朱票为由拒之不让。第二日，翰林张居正、礼部尚书徐阶及其女徐瑛便装视学，在学宫外遇到江之北县令，便一同进入。江之北原本想顺海瑞之前的请求，等视学结束后再办，但海瑞表现出来的强硬态度和推荐戴凤翔的策论之举，使江之北恼火。最终中断视学，戴凤翔被捕入狱。海瑞欲找县令评理，却被其妻锁在房内，母亲谢氏帮忙开门后表示海瑞大可按自己意愿行事而不必顾忌自己，教导忠孝不能两全时应以忠为先。海瑞与江之北争论之后，江之北允许海瑞到堂陪审。海瑞出房门时，看见赵西樵与家奴赵四在门前等候，谈话表明自己态度后离开。而赵西樵背后也表明在除掉戴凤翔的同时，也一并除掉海瑞。

衙门外，海瑞担心赵西樵见县令对凤翔不利，让江之南注意情况。江之北本想秉公处理，但在赵西樵的贿赂和逼迫下勉强答应。江之南劝哥哥应该公正，但江之北已决心升堂处置。张居正与徐阶讨论海瑞是否将来得以利用，并吩咐徐瑛去学宫取戴凤翔未读完的策论。江之南慌张地告诉老师哥哥已经升堂，海瑞得之其销尸灭迹又匆忙升堂必有问题，立即赶往县衙。门口遇到一清道长，请求帮忙把赵家的女尸留到道观。江之北虽然言语严厉逼迫，但戴凤翔不肯承认罪状。在欲用夹棍之时，海瑞击鼓才得以入堂。海瑞虽然与江之北以理力争，但仍被赶出公堂。堂内，戴凤翔最后只得屈打成招。江之北向徐阶与张居正递上案件呈文，并与赵西樵想帮忙拉近关系。但徐阶背后却很清楚自己与赵西樵之父赵文华今后的形势，选择张居正先去核实情况，最后帮海瑞一忙。江之南帮忙为女尸画像之后，与海瑞来到狱中。戴凤翔辨认得知女尸并非月红，并且画了一幅印象中的容貌。江之南与徐瑛拿着画像到妓院打探，果然发现了凤仙就是当初的月红。

江之南回到家中想劝诫哥哥却大吵了一架，江之北在批评之南的同时也说出了自己做官的转变和无奈。徐阶应邀与江之北到赵西樵家中喝茶，王班头来报张居正在审理戴凤翔一案，江之北欲去却被徐阶留下。席间徐阶提出要听琵琶曲，赵四只得把凤仙（月红）请来。徐瑛和江之南把同学带进来的同时，徐阶要求凤仙弹一曲《凤栖梧》，但凤仙把琴弦弹断，用自己手指的血在琴身上写下“戴公子冤”四字。张居正带着戴凤翔前来对质，一清道长也把女尸体抬来。江之北此时才知事情真相，开堂重审戴凤翔一案。公堂上赵西樵死不承认，被拖下去打板。赵四在徐阶的误导之下，说出了事情的来龙去脉。赵西樵被捕，戴凤翔释放。私下徐阶、张居正指点江之北对此案最终该如何处理。徐阶、张居正与海瑞闲聊当年海瑞的考试，张居正说明了海瑞落弟的真正原因。徐阶经过此事了解了海瑞，准备破格推荐，但告诫海瑞不要再插手此事。徐瑛邀江之南和戴凤翔一同进京，但戴凤翔表明了自己一定要考入京城。赵四因蒙受赵家多年厚待，自愿替赵西樵顶罪，而赵西樵坐着徐阶的马车离去。

海瑞想给母亲做寿，而谢氏表示只想要个孙子，数落了王氏一顿。海瑞得知案件最后判了赵四而不是赵西樵，又恰逢好友南京御史吴时中来淳安考察，便将此案告之。吴时中重审此案，单纯的江之南按老师海瑞的话如实作证，待物证茶叶拆封后才知里面装的是金条。江之北因此被罢，重病而故。赵文华与鄢懋卿到严嵩的府上请教赵西樵的案子应该如何处理，道出了此事麻烦的是背后的徐阶。严嵩只好顺势捧出徐阶，作为处理赵西樵一案的人情。

因为赵西樵案件的关系，徐阶进入内阁，张居正进入吏部。赵文华回府后见儿子竟然还在与胡为、鄢子云喝酒，狠狠将其打了一顿。海瑞接任了淳安县令的职位，在江之北的棺木前表明做清官的决定，开导心有悔恨的江之南。戴凤翔向准备离开的江之南转达海瑞需其留下帮忙的意愿，但江之南已决定带着哥哥的棺木回老家安葬不再回来。海瑞上任查账发现各种问题后，命令戴凤翔当任驿丞。戴凤翔在凤仙的面前说明了自己的情况，学术思想发生了转变。海瑞正因当县令后为母亲办寿困扰，戴凤翔提出关门庆寿的建议。但庆寿之时仍有乡绅赶来送礼，在海瑞和海瑞母的理教下平和拒收。胡为欲给赵西樵报仇，到淳安县驿站大闹一场，将戴凤翔殴打捆绑后离开，海瑞得知下令将胡为缉拿归案。