陆家庄来了一道姑李莫愁，将陆家的下人们杀得横屍遍地，众人大惊不知如何是好。李莫愁自我介绍说是陆展元的旧识，因为陆展元另有新欢而使李莫愁怀恨在心，欲将陆家上下赶尽杀绝。陆展元、何沅君自知大难临头，让女儿陆无双逃亡。武三通疯癫异常与李莫愁过招，李莫愁杀陆展元、何沅君二人，更以冰魄神针伤了杨过，随后侠持陆无双逃逸无踪。 失去记忆的欧阳锋误将杨过当自己的儿子，四下找不到杨过，就留在陆家暗道里等候杨过，无意间看见一只蛤蟆，进而回忆起蛤蟆神功。 杨过身受李莫愁的针毒不省人事，遇上郭靖和黄蓉相救，黄蓉对一个当日仇人面容相似的杨过，深感纳闷，又遇上陆家庄遭到李莫愁的纵火，郭靖、黄蓉赶到现场寻找蛛丝马迹。郭靖、黄蓉回客栈，咋见店小二无礼待杨过。 细问之下得知杨过是杨康之子，为之惊诧。郭靖、黄蓉念及杨过是穆念慈与杨康的儿子，决定带杨过返回桃花岛疗伤，郭靖、黄蓉对杨过各持己见，郭靖视杨过为儿子，黄蓉却处处防患与未然。

郭靖黄蓉带杨过回到桃花岛，三人养伤之余，黄蓉也收杨过为徒弟。黄蓉恐怕养虎为患，刻意不教杨过习武，乃以修身养性为由，终日逼杨过读书。郭靖与黄蓉的女儿郭芙脾气怪、自幼任性，将杨过当作眼中钉，经常同师兄弟武敦儒、武修文联手作弄整治杨过。杨过论武功、精明均不及郭芙，加上血气方刚、粗手重脚，引起诸多事端。 一日，杨过遭郭芙等人捉弄，狗急跳墙推倒山上巨石，差点酿成大祸，误伤郭芙的性命。杨过深感闯了大祸，惊慌逃逸，竟与找上岛来的欧阳锋相遇，二人重逢喜不自胜。欧阳锋疯癫视杨过为子，杨过见欧阳锋与自己同病相怜，与欧阳锋惺惺相惜。杨过恐郭靖与黄蓉发现欧阳锋，会对欧阳锋不利，乃与郭靖返回郭家，趁夜背著众人替欧阳锋送饭菜，欧阳锋见杨过身受毒害，乃相传给杨过独创的蛤蟆功，逼毒出体。 郭靖黄蓉无意间发现杨过身毒无治而愈，不名所以，黄蓉更因而对杨过起了疑心。这日，杨过禁不住郭芙、武敦儒、武修文一再的挑唆，与三人再度动手，情急之下杨过使出蛤蟆功，众人惊愕，黄蓉更加是大发雷霆，被迫杨过供出欧阳锋的去处。杨过不从投海自尽。杨过、黄蓉从此势同水火，不得已之下，郭靖终于同意将杨过送离桃花岛。

郭靖带著杨过前往全真教途中，杨过问及身世，郭靖恐怕杨过发现杀父仇人是黄蓉，故意有所隐瞒，杨过苦苦相逼，郭靖为人老实，意识惊慌将全真教的石碑毁损，被全真教弟子误以为恶徒来袭，将郭靖和杨过团团围住。双方激战，郭靖以非凡的武功击败全真弟子。 郭靖说明来意，尹志平、赵志敬不信其当下出手与郭靖对上，混战之中，赵志敬侠持杨过离去，并对杨过加以淩辱，这时,重阳宫内大队番僧来袭击。丘处机、马等人势单力薄，分身抵抗。番僧大肆破坏，火光冲天，郭靖见状赶至助阵打退众番僧，尹志平、赵志敬见状大感惊异。郭靖、马钰久别重逢欣喜若狂，赵志敬侠持杨过却因缚人反被人缚，自此对杨过记恨在心。 霍都、达而巴率兵前往古墓，全真教众人赶至阻挡，告诉小龙女，小龙女不知好人心当场下逐客令，众人无趣，坐等小龙女尝到苦果后求救，不料小龙女以玉蜂退敌，众人当下佩服小龙女的能力。 一场风波终于告平静，郭靖将杨过托给丘处机，丘处机闻郭靖先前所述，就有意教赵志敬收之为徒，杨过不从。杨过知道赵志敬怀恨在心，必定以恶相报，不拜赵志敬为师，丘处机置之不理，逼迫杨过屈服，更故意公报私仇，整治杨过。一日比武，故意让不会武功的杨过下场较量，结果激起杨过体内蛤蟆内功，打伤对手，众人震怒，杨过逃逸出重阳宫。

孙婆婆恼小龙女无情，负气带上杨过离去，前往全真教送蜂毒解药，全真教徒欲擒杨过处置，婆婆出面与众人起冲突，岂料，危急中尹志平错手重创了孙婆婆，孙婆婆临终要小龙女收杨过为徒弟，并嘱咐一生要照顾杨过。小龙女答应。小龙女带著杨过回古墓，杨过拜小龙女为师，小龙女也信守偌言授杨过武功。两人之间的情谊从师徒关系开始展开。

两年过去，小龙女将武功尽传给杨过后，欲赶杨过出古墓。没想到，杨过对小龙女不离不弃，让小龙女大为感动，岂料心情一受波动，竟伤及内功经脉。小龙女这才告诉杨过，尚有一套《玉女心经》没有传授于他。为了化解小龙女的伤，杨过决定跟小龙女一起修炼玉女心经。 玉女心经修炼必须在空旷处敞开衣物，小龙女、杨过练功疗伤之际，尹志平、赵志敬意外闯入。赵至敬污衊小龙女藉口练功，实对杨过动邪念。小龙女激怒异常，却因内功大损无力抵抗。遂命令杨过杀尹志平、赵志敬灭口。尹志平见事于此，竟挥剑自断尾指，发誓日后一定保密。 杨过偕小龙女回古墓，但小龙女已气若游丝，杨过心急如焚。但屋漏偏逢连夜雨，小龙女重伤之际，李莫愁又至。小龙女、杨过威迫在即。小龙女说自己命在旦夕，愿与李莫愁同归于尽，但求杨过出古墓，遂以断龙石阻断出路。岂料杨过依言出古墓，却又折回。四人同困古墓之中、面对死亡。没想到，石棺下竟另有一条出路，小龙女因杨过愿为己赴死，感动不已，待二人重获新生后，决心雨杨过共闯江湖