北京，风雨如盘。崇祯三年八月十六日，袁崇焕被凌迟处死于北京…袁崇焕府。火光冲天照亮黑夜。众多锦衣卫在某太监带领下冲进袁府，袁家满门惨遭灭顶之灾。袁崇焕旧部孙仲寿、朱国安等及时赶到，拼死救护袁崇焕的儿子——年仅8岁的袁承志。经过与锦衣卫高手安剑清的壮烈激战，死伤多名好手，终于把袁承志成功救出……十二年后。崇祯十五年。李自成起义军迅速壮大，席卷北中国，已经形成同崇祯政府军分庭抗礼的局面。双方战斗激烈，相持不下。而满清屯兵关外，虎视眈眈，伺机而动。

袁承志跌落山崖，因祸得福，发现了金蛇郎君夏雪宜藏身的山洞。金蛇郎君已经死去多年，袁承志得到金蛇剑、金蛇锥、武功秘籍和藏宝图。袁承志一边学习修练，一边养伤恢复体力。安小惠和崔希敏运送闯王的军饷——二千两黄金。途中遇到龙游帮的抢劫。不料温青青半路杀出，抢走黄金。半个月后，袁承志已经熟悉了金蛇郎君的武功。和山宗等人的南京约期将至，下山。途中遇到搜山的锦衣卫，以及寻宝的棋仙派门人张春九和汪秃头。袁承志被下三滥的迷香放倒，但是金蛇郎君安放的铁盒毒箭和书页毒药却替袁承志杀死了敌人。袁承志乘船渡江，偶遇女扮男装的青青，袁承志阅世不深，并未识破。龙游帮帮主荣彩亲自出马，前来阻截青青要分黄金。袁承志帮助青青战胜荣彩，保住了黄金。青青感激袁承志，不由分说就把黄金给了他一半，迅速消失。

温家五老本来就站在官府一边，现在发现袁承志使用了他们大仇人金蛇郎君的武功，更加不肯归还黄金。袁承志的大师兄黄真赶到，与袁承志并肩作战。袁承志把自己如何学到金蛇郎君武功的事情告诉了黄真。黄真告诫袁承志，金蛇郎君是邪派高手，为人和武功都不是正路，最好敬而远之。青青的母亲温仪和堂兄温正，回忆温家和金蛇郎君夏雪宜的恩怨——当年温家八老中的温方禄奸杀夏雪宜的姐姐，并杀害了他全家。夏雪宜侥幸逃生学成武艺回来报仇，温家八老被杀得剩下五老。但是夏雪宜和温仪却因为偶然的机会相见、相爱。金蛇郎君本想化解恩怨，但是温家却利用单纯无知的温仪，给夏雪宜下了毒。夏雪宜被挑断手脚筋脉，成为废人，最后终于逃脱，下落不明。而青青的父亲就是夏雪宜。

袁承志单挑五行阵，陷入危机……袁承志退回，相约第二天再闯五行阵。袁承志和黄真等撤回。袁承志想起金蛇郎君曾经在“秘籍”中设计过破解的方法，和黄真参详，苦练。温仪却因为向外人泄漏秘密，而被软禁起来。青青也被温家视为外人。安小惠对袁承志照顾有加。袁承志心在青青，对安小惠只有兄妹情谊。但是崔希敏并不明白，大为吃醋。青青来找袁承志，劝他离开，因为五行阵实在太厉害，她担心袁承志的安全。袁承志劝青青离开温家，青青坚持要和母亲在一起，忍痛而别。袁承志用金蛇郎君以不变应万变的方法，大破五行阵，又点了温家四老的穴道。袁承志大破五行阵，不但夺回了黄金，还让温家五老发放仓粮，把得来的不义之财都还给了老百姓。温仪看到夏雪宜给自己留下的遗言，无所留恋，自杀身亡，临死时把青青托付给袁承志。

张吉龙带袁承志和青青到秦淮河散心，偶遇凤阳总督马士英的侄子马公子。马公子腐败邪恶，好色贪财。袁承志正欲教训，却和阿九偶然相遇。阿九美丽的外貌和气质，令袁承志惊艳不已，但仅仅是惊鸿一瞥，阿九教训了马公子，便飘然而去。马公子不知死活继续纠缠袁承志和青青，被青青下手杀死。阿九上岸，大批锦衣卫将其围住，并下跪行礼——原来阿九就是崇祯的女儿——九公主！阿九不喜欢受宫里的束缚，宁愿和名义上的爷爷、青竹帮帮主程青竹四处游荡。袁承志和青青发现梅剑和与孙敏君用华山派武功欺负弱小。袁承志怀疑，跟踪二人，得知他们是前来为仙都派闵子华助拳。梅剑和与孙敏君的师父神拳无敌归辛树，就是袁承志的二师兄。袁承志和青青混入闵子华等人聚会的大功坊旧宅，发现一场浩大的江湖纠纷已经一触即发 ——闵子华从太白双英那里获悉，兄长闵子叶多年前遇害，凶手就是南京金龙帮帮主焦公礼。于是闵子华约来众多武林高手，想要为兄报仇。焦公礼的弟子罗立如出人意料地登门递送帖子，却被孙敏君痛下杀手，砍掉一只胳膊。程青竹是焦公礼好友。他听到风声，前来为焦公礼助拳。但是焦公礼知道敌手众多，程青竹来了也是杯水车薪无济于事。焦公礼不想让程青竹白搭上性命，所以撒谎说自己和闵子华的误会已经解除，让程青竹回去。焦公礼演戏逼真，程青竹这个老江湖也被骗过，放心离开。阿九听说程青竹要离开南京，大喜。阿九巧妙地甩掉锦衣卫，跟随程青竹一同游荡江湖而去…