波士顿机场的一架飞机内的全部乘客离奇死亡，调查过程中FBI探员奥莉维亚·丹翰的男友约翰·斯科特也染上了这种病毒，奥莉维亚去寻找彼得·毕舍普请他把沃尔特·毕舍普博士从医院中带出来研制解药，成功的救活了约翰；然而奥莉维亚发现约翰和研制毒品的人有关联，全员逮捕约翰的时候发生车祸，约翰死前留下问题望奥莉维亚仔细思考。

联邦调查局接到一个离奇案子，上司菲利普·贝雷斯让奥莉维亚和毕舍普父子来调查；一个女子在医院刚刚产下一名婴儿并死亡，然而死前她否认自己怀孕而且产下的婴儿不久便老死；调查后发现此案和之前受害者中央内分泌腺被切除的案件有关，经过调查分析发现凶手是一个生长老化十分快速的人，因此需要中央内分泌腺来防止衰老，而且这凶手是沃尔特多年前一个实验的试验品，而凶手最后衰老死亡。

一辆公交车内的人因空气固化而窒息而死，经调查有人放置气体后下车；而一个叫Roy McComb一直能预见一些事故的画面，而这些画面都是之前发生的事故，部分还是没有对外公开的，在沃尔特·毕舍普博士的研究下发现Roy McComb是一个鬼网接收器，他们猜测使用者并不知道还有第三者可以收听，决定借助这个优势破坏对方行动，在全员努力下他们接获了一个硬币大小的东西；菲利普·贝雷斯偷偷的将此物交给Nina Sharp并警告妮娜离奥莉维亚远点。

一个神秘的圆柱体出现在纽约工地，从地下来钻出来，事发当时边上有一个奇怪的人；沃尔特·毕舍普等人在调查的时候有人想抢走此物，奥莉维亚从一个同行朋友处了解到20年前也出现过一个这样的东西而且最后在地面消失；奥莉维亚发现在20年前的事故现场出现的人在2个星期前也出现在医院，并把此事告诉上司菲利普，菲利普则告诉目前发现神秘男子出现在36个事故现场。沃尔特声称彼得能找到圆柱体，必须赶快过去保护圆柱体，最后圆柱体再次回到地下。沃尔特说真正拯救彼得的就是那个“观察者”；而奥莉维亚在家里看到了约翰。

一台电梯突然失控坠落，电梯内的乘客全部死亡；然而调查发现所有人都是在电梯跌落时被电死的，经过沃尔特·毕舍普一行人发现一名叫Joseph Meegar的嫌疑人，Joseph Meegar被科学家做了非法的人体试验从而拥有能力控制电力；最后他们对信鸽进行电磁追踪成功找到Joseph Meegar以及科学家Fischer。另一方面奥莉维亚再次看到约翰，沃尔特说这是之前那次心灵联通让他们之间建立了意识共享从而奥莉维亚有了约翰的记忆，最后通过这些记忆奥莉维亚找到了约翰的一个秘密调查室，里面有很多约翰自己调查的案子；菲利普·贝雷斯说调查虽然没有搞清约翰为谁工作，但是可以确定约翰认识科学家Fischer。