大明年间，在京城有一家太和医馆，医馆馆主陈慕禅表面上是一个大夫，其实他是西厂的特务。这一天他脸戴面具身穿黑衣来到西厂总部，却被厂公识破，挑了他的面具并射了他一箭。陈慕禅驾着马车带着夫人逃过了一拨又一拨杀手的追杀，最后夫妻二人被杀手逼到悬崖边，二人无路可逃只好跳下悬崖。陈慕禅夫妻俩的死讯传到医馆，他们的女儿陈安安伤心的哭死过去了。大徒弟朱一品觉得师傅和师娘的死并不是意外，一定另有隐情。这时来了一个蒙着面的孕妇要朱一品给她接生，朱一品没接生过孩子，他赶忙翻看医书，等他想到了办法却发现孕妇不见了，桌子上却留下了一个卷轴。他打开卷轴一看，里面记载着很多杀手的名字及其所用的武器。朱一品看完卷轴就晕了过去，卷轴也自燃化成了灰烬。朱一品刚出房间就被西厂特务柳若馨打晕了，他被带到西厂总部。西厂厂公汪公公让朱一品把卷轴的内容写下来，朱一品说自己忘记了。柳若馨把朱一品带到湖上的亭台内，她抽出长剑逼朱一品说出卷轴的下落。朱一品却认出了柳若馨的长剑就是卷轴中记载的武器龙鳞决。这时，有人在暗处用飞镖攻击二人，柳若馨用长剑把飞镖打落，朱一品认出钉在墙上的飞镖是卷轴上记载的杀手春三娘的武器。

柳若馨被飞镖击中她拉着朱一品跳进水中，两人来到岸上升起篝火烘烤衣服。柳若馨让朱一品趁早说出卷轴的内容，朱一品说他真的不记得卷轴的内容，只是有时在电光火石的一刹那间他会记起一些内容。柳若馨向汪公公也就是自己的义父汇报朱一品的确是看到了卷轴，不过卷轴的内容他已经想不起来了，但是朱一品认出了用飞镖袭击自己的人是春三娘。柳若馨不明白春三娘为什么要杀朱一品，汪公公说春三娘是同舟会的人，陈慕禅就是西厂派到同舟会的卧底。同舟会是民间的一个神秘组织，卷轴的内容和同舟会息息相关，春三娘杀朱一品是为了灭口。汪公公让柳若馨尽快找到春三娘，临走柳若馨告诉汪公公自己的剑有名字了叫龙鳞决，汪公公听后脸上露了奇怪的表情。柳若馨正在洗澡时受到东厂特务杨宇轩的袭击，杨宇轩把朱一品带走了。二人来到紫气东来酒店，进到厨房朱一品发现这里的厨师个个都是高手，杨宇轩告诉他这里就是东厂总部。厨师模样的东厂厂公也让朱一品交出卷轴。第二天，杨宇轩、柳若馨和朱一品三人来到王员外的生日宴会上，朱一品告诉杨、柳二人春三娘使用的暗器是一个簪子。陈安安不想柳若馨和朱一品单独相处，她也混进王员外府，正当朱一品看见一个头带暗器簪子的婢女在人丛中穿过，陈安安却和他捣起乱来。

三个人抓到了这个侍女，可这个侍女用的暗器是小刀并不是簪子。原来这个侍女是王万金的老相好，因为王万金抛弃了她，她才起了杀心。这时候宴会上音乐响起，朱一品发现一个琴师非常可疑，他突然想到自己可能被误导了，春三娘不一定就是个女人。说时迟那时快琴师向王万金射出了飞镖，朱一品眼疾手快拿起身边一个花盆砸向飞镖，飞镖偏移了方向射中了管家，管家当场死亡。王万金吓得赶快和夫人坐上马车准备离开，可王万金发现他没有带自己从小枕到大的枕头，又回到府中拿枕头。夫人等了半天也不见王万金出来，她隔着门缝一看，王万金竟然死在了里面。官府金捕头闻讯赶到王员外家办理此案。杨宇轩和朱一品来到太平间想看看王员外的尸体，没想到金捕头也在那里。朱一品查验了王万金的尸体，他确认王万金没有中毒的确是被吓死的。当天晚上当铺的钱老板也被人杀死了，他的死状和王员外一模一样。金捕头查出朱一品三人并不是六扇门的人，柳若馨只好向他表明了三人的身份。对于王万金和钱老板的死，柳若馨和杨宇轩各执一词，二人互相猜忌，谁都不服谁。

大家最终觉得春三娘的嫌疑最大。朱一品说在王员外家他用一盆荨麻草砸伤了春三娘，春三娘的手现在一定是奇痒无比，如果耽误了治疗还会有性命之忧。朱一品决定贴出专治此病的广告引出春三娘。天和医馆对面又新开了一家名叫“济世堂”的医馆，装修十分豪华。这天济世堂的苟老板跑到天和医馆挑事儿，他说陈慕禅生前仗着自己医术好处处压迫自己，现在陈慕禅死了自己终于可以扬眉吐气，他扬言要收了天和医馆还要娶陈安安为妻。柳若馨出手把苟老板吓走了。烟云楼的翠娥姑娘送了赵布祝一个香囊，这个香囊和案发现场留下的香囊一模一样。三人来到烟云楼寻找翠娥姑娘，却发现面前的翠娥又胖又丑，老鹁说真的翠娥早已暴病身亡，翠娥生前喜欢和一只白狐做伴。晚上朱一品准备去睡觉，他一掀被子却发现王万金的尸体在他的床上，朱一品被吓得魂不附体。金捕头带着手下把王万金的尸体抬走了。为了驱走医馆的邪气陈安安请来了天龙道长为医馆做法，道长做完法事让他们带上红手链就可保个人平安。

朱一品三人夜晚挖开翠娥的墓穴想开棺验尸。他们打开棺木一看里面竟然没有尸体只有一只白狐。朱一品请求金捕头允许自己把白狐的尸体带回去研究，金捕头只给了他一天的时间。回到驿馆朱一品告诉赵布祝自己带回来的这只狐狸就是翠娥，祝英台听后吓晕了过去。第二天赵布祝送给安安一件避邪衣却遭到陈安安的嫌弃。庄田田的妈妈说自己亲眼看到天龙道人做法杀死了雪山白狐，自己已经在高利贷那里借了2０0两银子交给了天龙道人，让天龙道人教自己法术。天龙道人召集众信徒到神堂，他要为众信徒解难避祸。他让信徒们把自己遇到的问题写在纸上，投入到一个密封的盒子里，然而他却准确地说出了每个人的问题，并赠送相应的避祸符给信徒。轮到朱一品了，天龙道人说他招惹了亡魂，死到临头但无解决之法。等众人都走了之后朱一品三人悄悄潜入神堂，他们发现天龙道人所谓的各种奇幻之术都是骗人的。御剑之术是用一根极细的钢丝拉着长剑飞来飞去，在夜晚人们根本看不到那根细细的钢丝；悬浮之术则是用了一根杠杆撬起了木板。第二天朱一品当着众信徒的面揭穿了天龙道人的把戏，杨宇轩和天龙道人交起手来。