高宗亲政3年，开化派和守旧派的对立愈演愈烈的朝鲜，支持高宗的开化政策的开化派书生们逐个倒在可疑枪手的新式枪下。官兵在书生玄岩集会人群的周围设伏，天上突降大雨，枪手的举动引起军官的注意，从高处射来的子弹命中演讲台上的玄岩。枪手正准备离开时被朴震汉发现，他身中一箭负伤逃走，草丛中枪手和朴震汉对峙，见大队官兵来时枪手逃走。松下、节甘、玄岩在一个月内都死于神秘枪手之下，高宗震怒，众官员被指责，高宗怀疑有幕后主使，书生乌镜和李南柱不知去向，高宗命朴震汉查找。官军四处搜索关于枪手的线索，都城里人心惶惶，左辅厅的捕校韩正勋在城中制止了一场骚乱。守旧派首脑金佑英劝众人不要着急，他有了另立新君的想法，只是重新驯服有些麻烦。朝鲜的火绳枪因射程太近不是新型枪的对手，枪手回到藏身地之后治疗伤口，他们接下来要对付朴震汉，然后杀死乌镜。朴震汉骑马回家，女儿荷莲出门相迎，神秘枪手偷袭未成逃走，朴震汉骑马追赶，枪手无路可逃，躲藏起来之后避开追捕，没想到被朴震汉的儿子朴允江堵住，双方交战，枪手仓促应战。枪手多伤没能命中朴允江，他趁机逃走时又被骑马的朴震汉带人拦戴，枪手很快消失在夜色之中，朴震汉命人包围一处宅院，进入搜查时才知道是商团接手家，主人命人打开所有房门和箱子让官兵检查，朴震汉怀疑枪手可能躲藏在宅子里，仔细搜查后一无所获，无奈只得离开。朴震汉看出枪手的目标是他，他命人对进出城的道路严加盘查。枪手被那处宅院的主人警告，等官兵走后他才离开。朴震汉感觉家中危险，朴允江不想离开，考虑到妹妹他才同意换地方住，他们一起来到译官郑怀令家中。郑怀令和朴震汉是生死之交，朴允江见到郑怀令之女郑秀仁时认出她就是之前撞上的书生，她曾女扮男装在街上和朴允江两次见面，朴允江被安排住下。朴允江来到别馆，他看到很多新奇的东西，对于之前的事情向郑秀仁表示歉意。荷莲担心父亲安危，朴允江过去安慰她。郑秀仁再次扮成书生出门，她要将那本书交给乌镜先生，多次寻找他都没来，但是得到消息说有人在泮村见过他，郑秀仁听完后匆忙赶过去。分集剧情网原创，郑秀仁看到乌镜后跟踪过去，乌镜发现被跟踪，两人见面后郑秀仁说明她的真实身份-玄岩的弟子，摘下帽子后取得乌镜的信任，她将那本书留在家中。乌镜要参加秘密集会，他让秀仁第二天去山沟村找他，两人就此别过。金佑英命人先不要对付朴震汉，直接去杀乌镜，然后找到玄岩死前写的那本书稿，而书稿他们还不知道藏处，玄岩只剩下郑秀仁一个弟子，郑秀仁要按师傅遗愿将书稿交给乌镜。朴允江看到郑秀仁穿着书生装扮出门，他想起当时街上的情形，于是快步追赶过去。朴震汉得知乌镜消息后士兵前往，乌镜身旁只有一名士兵保护，那名士兵被枪手杀害。朴允江拦住郑秀仁，还拨刀相向，郑秀仁从怀里掏出那把小手枪，朴允江要抓她归案，郑秀仁解释原因。枪手已将枪口对准乌镜，朴允江举刀向前时郑秀仁向空中放了一枪。

秀仁拿着枪也没有勇气按下扳机，允江也就是因为这点断定她并不是暗杀者。朴震汗抓获了暗杀凶手，但在即将审问出幕后主使者的时候，犯人突然中毒暴毙，最后一刻也只说出其背后有更厉害的枪手，而没有说出姓名。朴震汗因此成了保守派的眼中钉，陷于危险之境遇。玝璟先生给秀仁送来密信，因为要马上离开朝鲜，约定在麻浦渡口转交玄岩先生的书，允江要与她同去。允江无意透露玝璟先生的下落，却遭来保守派的追杀。玝璟先生遭暗杀，允江急忙带着秀仁逃命。二人夜宿荒山，却意外遇到了黑衣人，虽然秀仁交出玄岩先生的书，但杀手依然举起了枪。

允江秀仁遇到危难之际，父亲及时出现救下了他们，可父亲却为了追捕逃犯，跳下了悬崖。在追捕嫌犯的时候，朴震汉手臂受伤。朴震汉认出了秀仁，警告她和允江不要再参与这件事了，非常危险。玄岩先生的书被保守派首领得到，并被烧毁。秀仁回到家里总是忍不住回想起跟允江在一起的点点滴滴，为了报答允江的救命之恩，秀仁邀请他一起看烟火。允江秀仁一行人到山间放烟火，莲荷却意外被黑衣人拐走，只留下允江送给她的猫头鹰。朴震汗收到威胁信后震怒，把允江投入了大牢，孤身一人前往救其女。允江哀求其父手下放他出去帮助父亲，被释放后速前往华开山。枪手狡诈多疑，临时更改会面地点，父子二人只能孤军奋战，经过重重艰险，终于救出莲荷。

朴震汉与允江一起营救莲荷，虽然成功救下莲荷，但是朴震汗没有放弃，依然执着追杀枪手。允江想要与朴震汉同去，但被拒绝，允江被打晕，朴震汉一人去追赶枪手。朴震汉终不敌枪手，被杀死，允江赶到痛苦欲绝。朴震汉被保守派栽赃，被参有谋反之心，允江与父亲被判谋逆罪，莲荷被抓到义禁府为奴。官兵来家里抓人，好在当时允江外出，免于一难，但莲荷被抓走。在秀仁的帮助下，允江登上了前往忠州的小船，不料枪手再次出现，允江中弹沉入江中。秀仁目睹这一幕，但无能为 力。后来允江被几个人救起，而正是秀仁的小指南针救了允江一命，挡住了子弹。三年后允江作为左右日本关西地方商业圈山本的得力手下——长谷川半藏，再度回到朝鲜，掀起一场腥风血雨。

允江以日商身份归国，在码头用枪解决了混乱。崔元臣邀请他成为贸易伙伴，却被允江给了一个下马威。秀仁去黑市买照相机，却遭到捕校追捕，并在逃跑途中撞到允江，不慎将照相机遗落，归家后以寻找照相机的名义四处打听允江的下落。夜里，允江化身黑衣神枪手突袭知情人孙泽寿家中，并定下十五日之约，希望为父报仇。秀仁找到允江住处希望取回照相机却遭允江避而不见。崔元臣再次找到允江，并终于开始洽谈合作。惠媛以找回照相机为交换，请秀仁当火药技师救急，在合作的商谈处，秀仁与允江终于再次相见。