武德九年夏，李世民正欲行登基大典，传来了镇守要塞泾州的隐太子建成死党罗艺起兵叛乱的消息，他派兵围攻，却不知北方草原统治者颉利正秘密率兵南下谋取中原。颉利他得悉罗艺叛乱，决定绕道陇西小道偷袭长安。众部族首领各有所图，颉利的号令难以贯彻，无奈之下，他忍痛下令杀死违令夺取罗艺军粮的堂叔哥伦，震慑住了众人。李世民赶到泾州，见敌人城防坚固，正准备让李靖避开坚城，先派人夺取罗艺粮仓以打乱敌人军心，却从俘虏口中得知颉利部将已经夺取了罗艺的存粮，李世民敏锐地判断出颉利诱使自己与罗艺相争，实际上却已间道南下，果断决定与罗艺讲和，回援长安。回到长安，李世民遇到长孙无忌要杀魏征等建成遗党，他下令开释魏征，并采纳魏征改礼葬建成的劝谏，对太子遗党宽大处理。李世民还对魏征委以重任，魏征深为李世民的大度折服，决定改变为建成殉葬的初衷，留下来辅佐李世民。

颉利占领武功后，与他不睦的二汗突利和部族首领契必何力等却迟迟没有到达，颉利出于对他们的戒备，没有立即攻取长安，他派心腹执矢思力为使劝李世民出降，试探对方虚实。李世民识破了颉利的图谋，一反惯例扣下了来使。李世民与群臣商议应对危局之策，仆射封德彝认为应迁都暂避颉利锋芒，李世民却拒绝了他的建议，坚持守城待援。出于对局势的忧虑，杜如晦劝李世民速立太子。李世民派人召儿子李承乾和李恪回京，李承乾在路上遭遇建成遗党追杀，多亏长史范兴和侍卫常胜拚死将他救下。岑文本护送李恪回京，李恪之母杨妃对岑文本的才识十分赏识。罗艺得知颉利南下，撕毁与李世民的协议，形势更加危急，封德彝自告奋勇去劝说罗艺，罗艺说自己不信任李世民，封德彝暗示罗艺可以把李承乾要到军中做人质。罗艺答应了封德彝，再次与李世民讲和，真实目的却是想让李世民放心地与颉利决战，自己好渔翁得利。

生性懦弱的李承乾求舅舅长孙无忌到父亲面前帮自己说话不要去罗艺营中做人质，长孙无忌却逼李承乾主动向李世民请缨。长孙无忌向李世民建议重用放马奴出身的范兴出任兵部侍郎抵御颉利，遭到封德彝等世家大族出身的大臣们的反对。李世民当众训斥了长孙无忌，事后，李世民向他和范兴道出心中苦衷，长孙无忌深为所动。颉利大军对长安形成合围，唐军援兵尚未到达，李世民决定冒险把城中主力交给侯君集设伏于一翼，其他几路广布疑兵，摆出一副与敌决战的架式，虚虚实实，打乱颉利部署，为主力回援赢得时间。侯君集提出把自己的精锐部队飞虎军留下来保护李世民，遭到李世民拒绝。李世民心知情况十分危急，部署完兵力，他秘将一包毒药交给太医孙和，叮嘱他颉利军如果攻进长安，就立即让自己最宠爱的妃子淑妃服下。谈话被长孙皇后听到，她十分难过，认为到了这样的紧急关头，李世民宁可杀死也不愿落入敌手的女人应该是自己。

颉利兵临城下，为了迷惑对手，拖延时间，李世民带六骑与颉利二十万铁骑对峙于渭水便桥。李世民的从容不迫让生性多疑的颉利一时不敢轻取妄动。侯君集伏击颉利右翼得手，而左翼的突利等又不肯出力，李靖等率唐军主力回援，颉利决定暂时退出战场。侯君集的飞虎军只剩下十一人，李世民庄重地检阅了这十一个残兵。长安城中流传着颉利已经破城的谣言，长孙皇后指挥宦官的侍卫守城，稳住了局面。孙和却误信了敌军入城的传言，毒死了淑妃，这让李世民十分悲痛。由于颉利兵指长安，许多建成遗党纷纷起事，李世民左支右绌，范兴向李世民建议倾国库之财买退颉利。李世民召来史官岑文本，希望他不要把这一笔记下来，遭到岑文本的拒绝，其才识让李世民十分欣赏。颉利决定接受李世民的财宝退兵，他告诉心腹执矢思力自己草原各部族刚刚统一，人心不齐，难成气候，必须把人心凝聚起来，才能和李世民再争高下。

颉利退后，罗艺引兵东撤，与李世民部下程知节发生冲突，封德彝以为李承乾必死无疑，不料长孙无忌早买通了罗艺部将杨岌，杀死了罗艺，将李承乾救回。李世民对长子的表现十分感动，决定立其为太子，大失所望的封德彝被气得病倒。一向自视颇高的李恪十分气恼，遭到杨妃的训斥。李世民应范兴之请将其贬往绥州，嘱他谋划北伐击破颉利之策。送行时，遇到逃离家园的百姓，李世民心情十分沉痛，下决心要建设强大国家。为了解决流民问题，李世民召魏征回京商议对策。魏征与封德彝发生了争论，魏征认为天下可以大治，治流民要从治本开始，封德彝持悲观话调，认为大乱后不可能大治。李世民因势利导，在朝廷里掀起了一场大争论，初步形成了人人敢言的政治风气。最后又采纳魏征主张，决定抚民以静，求天下大治，开始了历史上著名的贞观之治。