原始森林，一群全副武装的特警队学员正在对装扮成歹徒的特警队员猴子实施抓捕。不料却被猴子一一制服。特警大队遵照总部首长的指示，为了更加有效的处置突发事件，在大队长杨智的率领下，根据新的训练大纲展开了新一轮的训练任务。通缉犯黄宗强被公安干警一路追捕，逃至一居民小区楼内。枪战中黄宗强腿部受伤，并以人质冯梅和炸楼相威胁，逼迫公安答应他的条件。据准确情报，罪犯手中的炸药足以摧毁整栋居民楼。特警大队接到协同处置的命令，杨智率领他的精锐小分队，向罪犯实施战术抓捕。电视台记者冯丽得知妹妹冯梅被绑架，焦急的赶到现场。黄宗强疯狂的与公安和武警对抗，杨智和他的小分队接到了在一秒钟内击毙罪犯的命令。特警各小组重调整战术部署，准备对罪犯实施最后的攻击。

特警队员猴子从天而降，杨智破门而入，将黄宗强击毙。罪犯炸药的引爆装置连续启动，杨智终于将危险排除。杨智的老同学刘班长在电视中看到了处突现场的实况转播，并在于总面前大肆介绍杨智。于总指派金阳华用一千万购买祖母绿玉马。对黄宗强案件的成功处置，使特警队受到了上级的嘉奖。但是他们并没有沉浸在成功的喜悦中，艰苦的日常训练很快又充满了他们的生活。居民小区内的爆炸声，再一次把特警队从营区带到了现场。患有精神病的罪犯丁大头持枪伤人后，紧锁院门，连续将土炸药隔墙抛向街道。市局刑警队的陈队长与杨智通报了案情，二人通力合作共同指挥，运用巧妙的战术将丁大头活捉。金阳华终于将祖母绿玉马放到于总面前。守护于总藏宝密室的阿四向于总道出了金阳华私吞五百万的真相。

女记者冯丽深入特警营区采访的计划得到了批准，在训练场上冯丽与杨智正式相识。训练之余，特警队员雪峰和德全发生口角，二人的搏击对抗赛变成了私人之间的斗殴。金阳华的背叛令于总非常恼火，在高尔夫球场于总将金阳华的手指打掉。针对雪峰、德全的事件，杨智利用冯丽的摄像机，巧妙的化解了二人的矛盾，并借机在全队当中展开了一场三个代表和内部团结的教育，杨智的处理方法和引深的话题深深的打动了在场的冯丽。参谋长充分肯定了杨智的作法，而杨智袒护部下的企图也被参谋长机智的道破。沙漠中狂风大作，七名劳改犯伺机袭击了看押的武警战士，抢夺了枪支弹药，逃往沙漠深入，武警部队奉命围捕。参谋长向杨智详细的交待了任务，杨智表示有把握不辱使命。

杨智受命率领特警队深入沙漠，追捕逃犯。罪犯被逼往一处荒野村落，又一次杀人夺马犯下血债。特警队与逃犯短兵相接，枪战中击毙了几名歹徒，其余逃犯趁机跑到一处废弃的化工厂。特警队在公安的紧密配合下，包围了化工厂，并动用了新型装甲车，对逃犯实施坚决的打击。交战中一名特警队员被歹徒持枪胁迫，乔一飞的飞刀再一次起了作用。杨智带领着队员们经过艰苦的战斗，最终将顽固的老大击毙，胜利的完成了任务。金阳华被于总解雇了，刘班长也爱莫能助。金阳华孤注一掷，只身来到于总的藏宝密室，打伤了看宝的阿四，抢走了祖母绿玉马。当他准备逃离现场的时候，却被于总带人堵住。金阳华被打了个半死，于总授意刘班长将金阳华抛进海里。刘班长带人将金阳华装在麻袋中来到海边，但是，刘班长却悄悄的松开了麻袋的绑绳。

特警队结束了一天的训练，各中队在夜色中整齐的排列在操场上，进行着当天的讲评，而雪峰和德全却迟到了。二人在杨智的办公室讲述着合好的过程，并承认迟到的错误，意在掩饰醉态，而杨智却啼笑皆非。第二天营区操场上一片欢腾，男女作战队正在进行紧张的拔河比赛，参谋长也来凑热闹，并明显的偏袒了女队，训练场上一派欢乐融洽的气氛。王勇春、陆水平、乔一飞、陈明雷等队员结束了兄弟总队的骨干培训任务，乘火车回营，而火车上发生了众歹徒持械抢劫旅客财物的恶性案件，乔一飞也被封堵在出事的车厢内。王勇春带领队员们飞跃车顶，制服歹徒。而隐藏在旅客中的匪首却乘乱劫持一名儿童，企图救出同伙。陈明雷拆下车窗上铁管，用牙签制成吹箭将歹徒制服。