一架与地面失去通讯联络且没有任何生命迹象的波音777客机降落在肯尼迪国际机场(JFK),疾控中心生化威胁调查专家,疾控中心纽约金丝雀小组(Canary Team)负责人Ephraim Goodweather医生(Corey Stoll)奉命赶到现场进行调查.他发现机上所有乘客都死了,但机上还有一种奇怪的新生物——一种古老而邪恶的吸血鬼病毒的病原体。

四名幸存者开始显现出奇怪的症状,Eph和Nora试图将他们隔离,但「反对假信息运动」导致他们的计划受阻.与此同时在监狱中,Setrakian见到了一个出乎意料的老熟人……一个非常「古老」的熟人。

Eph和Nora为拯救Redfern的性命而拼尽全力,随后他们将面对吸血鬼病毒的可怕影响.城中突然爆发鼠患和大规模老鼠袭人事件,这预示着城市下方深处正在发生一些神秘的事情.Setrakian获释后开始用一套冷酷无情的方案来组织吸血鬼疾病的传播。

一次秘密解剖实验证实神秘的病毒正在发生诡异的变化,Jim不得不承认一个惊人的事实.Eph和Nora必须尽快找到飞机灾难事件中最年轻的受害人的父亲,但某个不速之客抢先了一步.受到疾病控制的Ansel决定采用极端手段来保护自己的家人。

Nora不在的情况下,Eph很不情愿地与Setrakian进行合作,他们希望能收集足够的证据来实施一次全城隔离.Fet在地铁隧道里遭遇意想不到的情况.一场医疗紧急事故威胁到Palmer的总体计划。