明朝嘉靖年间，贪污风行，上至朝中大臣，下至地方小吏无人不食，以至民怨滔天。朝中大权为太师严嵩所握，严嵩不单挟天子而令诸侯，更暗中偷运国库黄金。一次偷运途中，以仇千为首运金等人偶遇马贼打劫，马贼虽被尽诛，但不料遗下一块黄金落入民间。严嵩之子严世藩得知锦衣卫首领李显偶过市集发现库金并予以追究，遂派人暗杀，回京途中被来京会试的海瑞拦马救童。 海瑞见京城物价因贪官滥收税务而高涨，有人为求高中，不惜买卖试题，公开请人代考。海瑞深恶痛疾，誓要高中从而改变现状。然他不耻贿赂考官，而名落孙山。海瑞深感不忿，毅然告发，竟换来毒打与羞辱。海瑞在避雨亭中奋笔疾书，痛斥贪官，巧遇严嵩，严嵩见海瑞诗文满含怨愤问其究竟，海瑞慷慨陈词与其一番唇枪舌战，彼此留有深刻印象。

偷运库金一事，严嵩、严世藩父子恐败露，遂派人追杀仇千等运金人及其家人，仇千、古航侥幸逃生，但深知严家父子不会放过自己，遂决定各自逃生保存性命，以查明事情真相。 刑部侍郎杨继盛因当朝列举诸多重大罪状弹劾严嵩，而反被严嵩设计冠以盗金库的罪名。皇帝世宗虽有心除严嵩，却因怕打草惊蛇，且严嵩党羽众多、势力庞大，而有心无力。皇帝世宗得知国库遭盗甚感焦虑，遂命越轼为八府巡案，限其三个月破案。 海瑞巧遇严嵩之后，继续赶路回乡，途经当日劫金案现场，遇誓替父洗冤的杨继盛之女杨小冬。途中被因官府重税所逼行劫的王坤所伤，幸得越轼、李显二人所救，并再遇杨小冬。

小冬将王坤送官查办，海瑞因知其并非本恶，遂求众人放过小坤，并施以银两，小冬对海瑞初有好感。越轼为海瑞正义之心所动，推荐海瑞前往南平县做小吏，并订下两年不贪之约，海瑞因想凭自己实力考取功名，将其婉言谢绝，但仍与越轼结成君子交。 越轼与李显追查盗金案，暗觉与朝中重臣有关。越轼担心小冬安全，于是阻挠小冬追查，小冬唯有找其父好友炳叔帮忙追查此案。古航因终日为严嵩手下追杀，以至过分紧张，并逃至南平县。 海瑞深感贪官横行，终为越轼提议所动，满腔热诚前往南平县上任，因不耻与当地官吏同流合污，倍受排斥。海瑞被派重新整理户籍，不想竟被贪官利用，南平百姓误认海瑞与贪官勾结。

南平县小吏为正因告发捕头向南包庇盐枭被其失手杀害，酒醉的古航巧过，被向南抓顶罪，后被严家亲信南平县令严天暗中转押。李显追踪仇千，望其能协助查案，惜仇千不愿合作，两人交手之际严嵩手下杀至，李显险落山崖，幸被仇千所救。 海瑞深觉为正的死有疑，质问捕头向南古航去向，再次遇到小冬。小冬、炳叔二人言语相激试探海瑞，二人认识更深，谈话中小冬向海瑞如实说出来意，三人发觉古航被转押，海瑞因质问严天古航去向，被严天调往不见天日的档案处，初见王常。 得知严世藩即将赶至南平县转移古航，海瑞等人暗觉古航与盗金案有关，迫不得已伪造刑部公文，逼严天公审古航。岂料严世藩不顾公文，海瑞阻拦未果并被严世藩打伤，海瑞等人更觉事态严重，遂途中劫车，打斗中古航逃脱。严世藩气急，限严天三日找到古航。 仇千逃亡之际甚思怀胎之妻，携妻逃亡途中再次遇到杀手，幸被李显所救。 严世藩斥责严天等人办事不力，遂用海瑞顶罪。

王常作假证，海瑞被判示众三日后问斩。刑场上，刽子手正要落刀之际，在小冬的帮助下，越轼及时赶至救下海瑞，并以钦差之名重审此案，海瑞被无罪释放。世藩视海瑞为眼中钉，调其去边关上任。李显将倩蓉关在塔中，逼使仇千救妻露面，倩蓉临盆在际，李显敬重仇千为人，放仇千先照顾倩蓉母子，并约定七日后决斗。仇千与李显成为知己，但仇千不愿与李显回京指证严嵩。倩蓉母子被严家杀手围困，李显将他们救出。