时间进入21世纪，中国警方经过缜密侦察，获取制毒贩毒集团在大陆开辟的黄金通道《刑警本色2》剧照——云南经广州、深圳至虹港。在内线侦察员银狐和火狐的配合下，展开了立体打击行动，进行全方位清剿，彻底摧毁了贩毒网络。但贩毒集团头目九子龙诡计多端，并没有在毒品交易中露面，警方决定继续开展行动，将此贩毒集团彻底铲除。银狐潜入贩毒集团内部，以求获取更多情报，但银狐的身份被识破，被阿昆残忍杀害，为继续保持与贩毒集团的内线接触，警方命令在虹港的另一名侦察员火狐开始行动。亲眼见到战友惨死的火狐(文武)火狐决心报仇，亲手抓住九子龙。九子龙集团在遭受重大打击后，将毒品交易的跳板城市由虹港改为大陆沿海城市龙海，同时，集团中的得力干将曹东方也刑满出狱，九子龙希望曹东方承担在大陆进行毒品交易的工作，曹东方却阴奉阳违，表面上对九子龙谦卑恭敬，却暗中谋划，打算取而代之。龙海缉毒大队大队长王小波从线人口中得知一笔大交易的情报，立刻组织行动，但当警察冲入珍珠岛度假村时，发现毒贩麻三以及几名收货者都被人用药迷晕，当场只缴获大量毒品，而将近千万美元的毒资不翼而飞。王小波对度假村的内部人员进行了详细调查，发现度假村餐饮部经理刘亮有重大嫌疑，而刘亮现在已经不知去向。刘亮在曹东方的指使下来到虹港，与银通公司的文武进行接触，希望能通过文武进行洗钱活动。而与此同时，九子龙因交易失败也怀疑到了刘亮，派阿昆和曹东方一起去虹港追回毒资并除掉刘亮，阿昆带人到了虹港，开始跟踪刘亮，文武发现之后，将刘亮安排到一处安全之地，阿昆等人的行动失败。

阿昆发现文武与刘亮接触，怀疑文武与毒资有关，对文武暗中跟踪，文武发现后开始处处小心，文武的女朋友韩雨同时也发现文武近日行动的异常，让她感觉到自己不再了解文武，为此，韩雨分别向文武以及文武的上司费华提出两人一起去欧洲休假，但均被两人以工作繁忙为由拒绝，令韩雨感到失望。龙海警方也调查到刘亮逃至虹港，决定以刘亮为诱饵，放长线钓大鱼，以此作为侦破九子龙集团的突破口，同时派遣王小波赴虹港调查。九子龙一伙同时知道此事，王小波一直被他们视为在龙海进行毒品交易的最大障碍，九子龙决定让阿昆等人暂时不要理刘亮，先除掉王小波以免后患。 王小波通过监听文武与刘亮的手机通话，知道两人将在浅水滩会面，王小波与搭档方向跟踪而至。文武发现两人，将自己的衣服披在刘亮身上，掩护其逃跑。阿昆与手下也出现在浅水滩，见到刘亮与王小波都在，打算将两方一网打尽，王小波与方向猝不及防，双双中枪，幸亏文武相救。文武将王小波送至医院，两人血型恰好相同，文武为其献血，使王小波脱离危险。刘亮在曹东方接应下逃脱，他私吞毒资也全是受曹东方指使，九子龙已经开始怀疑曹东方，但曹东方巧妙应对，暂时打消了九子龙对他的怀疑，同时曹东方与阿丽频繁接触，渐渐赢得阿丽的芳心。但是一直追求阿丽的另一重要成员，制毒高手阿西却怒火中烧，但是碍与九子龙的面子，他也毫无办法。王小波很感激文武的救命之恩，但对于文武相助刘亮一事，仍然有很多怀疑，他警告文武不要因刘亮而毁掉自己的前程事业，文武巧妙应对，让王小波和虹港警方都抓不住他的把柄。韩雨因文武搅入枪击案而忧心忡忡，希望文武能避开这个漩涡，并提醒文武别忘记自己的出身和养父的教诲，文武答应韩雨，总有一天会让她知道答案，韩雨并不相信文武的话，对他态度冷淡。王小波跟踪文武来到刘亮藏身处，文武提早发现，击晕王小波后带刘亮离开，王小波气急败坏。刘亮因多次遭遇危险而惊慌失措，文武给他出主意去找九子龙，交出钱买回性命，刘亮希望文武帮助自己谈妥此事，并坦诚自己在九子龙身边有兄弟，文武不置可否。

火狐密报邓刚，希望撤回王小波，以避免全盘计划失败，王小波和方向无奈离开虹港。与此同时，九子龙派曹东方和阿丽来到虹港寻找刘亮，曹东方向阿丽讲述自己幼时的苦难与雄心壮志，阿丽对曹东方倾心。阿昆等人找不到刘亮，打电话威胁文武，文武不屑一顾，阿昆气急败坏，绑架了韩雨。文武让刘亮同他一起去救韩雨，刘亮同意。刘亮身上绑满雷管同阿昆等人交换韩雨，阿昆被刘亮震慑，文武趁机缴了阿昆等人的枪，这时阿昆才发现刘亮身上绑的全是假雷管，文武阻止刘亮杀阿昆，反而将其放走，赢得了阿昆的尊重。韩雨却因为此事对文武误会更深，认为文武卷入了黑道的仇杀之中，对文武十分失望。曹东方向阿丽倾诉心事，暗示只有自己当上老大，才能和阿丽过上幸福的日子，阿丽虽然深爱曹东方，但她却不容许任何人背叛九子龙，曹东方立刻以自己是在开玩笑掩饰。见文武已经开始为刘亮洗钱，曹东方偷偷潜回九子龙的老巢，准备杀死九子龙自立门户，独吞巨资。不想却中了老谋深算的九子龙的埋伏。幸好曹东方早有准备，解释说自己是要杀掉刘亮的仇人阿西。阿西要杀掉曹东方，心中已经把曹东方当成自己的真爱的阿丽听说消息，急忙赶回，阿丽相信了曹东方的话，向九子龙求情。九子龙正好资金匮乏便顺水推舟要曹东方戴罪立功，拿回巨款。曹东方不得已又回到了虹港。严浩，邓刚一致认为九子龙集团很可能把新的跳板地点选在龙海市，并把工作重点也放在龙海，邓刚通过王海点醒王小波要服从大局，听从指挥，避免贸然行事，但王小波不知内情，很有情绪。文武请出费华向韩雨证实自己确实与黑道无关，刘亮被追杀完全是由于自己的原因，而与那笔钱无关，韩雨这才相信。

曹东方到达虹港，与刘亮联系，文武警告刘亮，曹东方已经《刑警本色2》剧照被九子龙识破，他现在来找刘亮，一定会杀他灭口。 刘亮与曹东方见面，文武则在暗中接应，曹东方拿到钱后，立刻开枪击中刘亮，文武驱走曹东方，救走刘亮，刘亮在临死之前，将巨额毒资的银行账户密码交给文武。曹东方发现自己拿到的钱全是假钞，毒资的银行本票密码也是假的，于是立刻联系文武，要求与他见面。九子龙得知刘亮被杀，明白是曹东方借自己名义私吞了那笔钱，命令阿昆立刻追杀曹东方。王小波再次赶到虹港，向文武调查刘亮被杀一事，文武利用费华证实自己并不在场，王小波拿他也没有办法。曹东方与文武会面，提出两人合作，要文武拿出钱来供两人在内地投资，以后文武来为他洗钱，文武否认钱在自己手中。阿丽对曹东方始终不能忘情，不但对阿西极为冷淡，而且把自己养的小狗起名为东方，阿西向九子龙抱怨，反被九子龙斥骂。此时，九子龙的只是如何盘算着拿回巨款，东山再起。王小波在虹港一无所获，仅仅猜测九子龙集团出现内讧，为防止九子龙将制毒交易重心转向龙海，王小波和方向动身返回龙海

阿昆带人暗杀曹东方，被曹东方巧妙化解。阿丽偷偷与曹东方联系，让曹东方交出钱来换取九子龙的谅解，曹东方称自己并没有拿到钱，钱在文武手上，阿丽很失望，但仍然舍不下曹东方。 九子龙得知此事，认为曹东方已无可救药，早晚会成为自己的心腹大患，决心背着阿丽除掉曹东方。文武既不同意与曹东方合作，更否认钱在自己手中，反而要求曹东方拿出刘亮的钱，因为刘亮已经将这笔钱交给银通公司处理，银通现在才是这笔钱的合法主人。 曹东方意识到自己陷入两面受敌的不利境界，为摆脱困境，返回喀布，向九子龙当面说清。邓刚等人为了彻底清除九子龙集团，指示火狐文武盯住曹东方，伺机打入九子龙集团内部。