美国政府得到情报：恐怖分子控制了一枚核弹，就在洛杉矶，预定今天内要爆炸。 所以…介于此特殊情况，休假中的总统被召回，各部门都被调动起来，连离开ctu一年的杰克.鲍尔也被要求返回总部。 总统亲自致电，杰克克服了之前失去妻子所受的伤痛，重新回到这支队伍中来，因为他要保护更多的美国市民。唯一让他放心不下的便是自己的独生女儿琴，琴自从自己的妈妈死后一直不肯原谅爸爸，在一户人家当保姆。 恐怖分子正在准备炸弹，这将是不平凡的一天的开端。

一切准备就绪，炸弹被装上军车，恐怖分子出发并开始转移核弹了。 在上一季中杰克当卧底要把坏人绳之以法，安全局猜测这次的事与他当卧底时联系的人物乔有关，所以杰克杀死对乔不利的人证，拿他的头回去，以使乔再次相信他。有惊无险的，那群人相信了他。 ctu并没有履行诺言，他们还没有帮杰克去找琴，而琴已经处于危险当中，事情原来是这样的：她当保姆的那家人中男主人有家庭暴力倾向，琴在帮助小女孩逃出她爸爸魔掌的过程中受到威胁。 这时杰克上了那帮人的车，他们带着三枚炸弹。目标竟然是ctu（反恐部）总部。

杰克的女儿琴带着小女孩，也不知道接下来该怎么办，便打电话给杰克，但他正在执行任务，根本不能帮她，她便带着小女孩搭公车去ctu总部。 而这时的ctu总部并非安全之地，身处当中的人却全然不知。虽然杰克已经提前半小时打电话通知了总统身边的人，但由于他们的失职，ctu在炸弹爆炸前5分钟才收到通知打算撤离，这时已经来不及了，滚滚的浓烟升起，ctu大楼内一片狼藉。

总统开始追查是谁缓报了杰克的情报，导致ctu伤亡惨重，死亡20人，失踪7人。而ctu的负责人因为追查到组装核弹的地方，被钸辐射，严重危及生命，可能只有一天的寿命了。 杰克杀死乔的手下，追查到乔的下落。他赶到那里，打算逼问出是谁指使乔轰炸ctu大楼，杰克力陈当中的利害关系。最终说服了乔打开门，他在给了杰克一些照片之后吞枪自杀了。杰克翻看着手上的照片，表情惊讶。

妮娜.麦尔——照片上的女人，反恐小组的奸细。就是因为她，ctu才被炸成现在的样子。而也是因为她，杰克的太太才会被杀害。 杰克想亲自审问妮娜，所以当他发现上司已被放射物辐射的事实之后，以不宣扬这件事为条件，使上司答应他亲自审问杀妻仇人妮娜。 据了解，这批恐怖分子称为“第二波”，美国总统直接联系了恐怖分子所在国家的大使，大使要求与美国共享恐怖分子的资料，并承诺全力支持调查。不料几分钟后，大使所乘的直升机便坠毁了，机上人员无一生还。 看来问题现在才刚刚开始。杰克的审问也刚要开始。