新一季的剧情在巴拿马索纳监狱(SONA)展开，这里关押的尽是穷凶极恶之徒，法律没有效力，Lechero，一个狡猾的毒贩是这些恶徒们的首领。初来乍到，自然要拜过山头，迈克尔和马宏以及一干新进人犯被带去见             Lechero，他早就对迈克尔的所作所为有所耳闻，并对他表现出极大敌意。马宏对迈克尔示好，并提出要求一同逃出监狱，但却被迈克尔拒绝，同时，他们俩也见到了老伙伴--T-Bag，各路“好汉”再次聚首。 同样被投入监狱的前狱警贝利克则过着残不忍睹的生活，没有食物，衣不遮体，还要被迫打扫厕所。但在那里他见到了一个神秘人物韦斯勒(Whistler)，他要求贝利克为他做一件事情，并许以食物相换。 监狱里的争端有一个特定的方法解决--“鸡爪子”，即双方生死相搏，迈克尔被陷害，与一黑大汉相斗。        这时，贝利克出现，并把韦斯勒给他的2张字条塞给搏斗的两人。在马宏的帮助下，迈克尔赢得了生死之斗，而黑大汉的死尸被抬出监狱，等候在那里的女子索菲亚(Sofia)打开字条，上面赫然写着一串数字和词语。 监狱外，林肯一方面竭力寻找办法救迈克尔出来，一方面也寻找莎拉和儿子LJ。偶然间，他竟接到LJ的电话，告知自己也到了巴拿马，并且要见林肯。林肯赶到相约地点，见到的却是一个陌生女子，并且得知莎拉和LJ被绑架，只有把一个叫做韦斯勒的男子弄出索纳监狱，才可以拯救莎拉，LJ和迈克尔。林肯与迈克尔见面，并且把这个事情告诉了他。

索纳监狱自从上次暴动后，水资源就一直很紧缺，莱切罗(罗伯特-维斯顿饰演)的权威也因此受到了挑战。迈克尔从贝利克那里得知：韦斯勒(克里斯-文斯)正躲在下水道里面。迈克尔赶去告诉他自己被关在这里就是为了把他弄出去。 监狱外面，神秘女子苏珊和林肯再次见面，要求林肯在一周内，想办法把韦斯勒弄出监狱，并且随时向她报告越狱的进程。痴情男子苏克雷终于登场，他和贝利克碰面，并且用枪威胁他，最终得知其实贝利克根本没有抓住玛丽克鲁兹。 另外一方面，监狱中另外的几个美国人也发现了韦斯勒的存在，马洪从麦迪那里得知了韦斯勒的所在，而贝利克和T-Bag则把这个消息出卖给了莱切罗。于是，三方人马在地下水道剑拔弩张，迈克尔，马洪，还有莱切罗的人马，韦斯勒最终被马洪抓住。监狱内终于发生暴动，但麦克想办法打通了监狱的水道，拯救了韦斯勒，也拯救了莱切罗的权威。 林肯由字条上的线索(维拉银行，马德里，1989)跟踪到韦斯勒的女友，并抢到了一本鸟类指南。

等待来电林肯把撒拉和LJ的照片交给了迈克尔，迈克尔让林肯告诉苏珊，他必须要和撒拉通话，并策划让林肯去把撒拉和LJ救出来。为了和撒拉通话迈克尔威胁T-BAG“借”来了莱切罗的手提电话，莱切罗虽然不知道是迈克尔和T-BAG偷了电话，但最后还是发现了电话被人动过。撒拉在电话中暗示了迈克尔他所处的位置。林肯赶去找到了他们，但最后撒拉和LJ还是被绑匪带走。 “断药”很久的马宏开始越来越不安，他甚至让他的律师给他搞药，但被拒绝了。        韦斯勒这个神秘人物找到了马宏，向他打听迈克尔的情况。然后维斯勒向迈克尔透露了他入狱前的遭遇。他以前结识过一个类似自然学家的人，从那以后就不断的有人让维斯勒带他们去这个自然学家去过的地方，其中甚至包括政府官员。林肯拯救撒拉和LJ失败以后，绝望的迈克尔开始认真策划越狱计划，他似乎发现了点线索。已经等不及要离开的马宏又要求和迈克尔合作，被拒绝以后他威胁要杀死维斯勒。这一段对话被贝利克听到了。 莱切罗发现最近自己身边的人有点不对劲，他怀疑有人搞鬼想夺取他在监狱的统治权。监狱里的二把手很看不惯阿谀奉承的T-BAG，处处对他表现出敌意，而T-BAG也开始计划向他反击。 拯救撒拉和LJ失败的林肯回到公寓，在门口看到了决定离开玛丽克鲁兹之后就开始一直要求和他一起找回那笔钱的苏克雷，之后接到苏珊的电话，并且找到了一个带血的箱子……

牢不可破(Good Fences) 林肯整个人都处在了破碎的边缘，纸盒子中放的不是别的，而是萨拉的脑袋，而苏珊更是威胁，如果还有花招，那么LJ的性命也是不保。林肯被逼无奈，再次与迈克尔见面，但是他不敢把萨拉的事情告知迈克尔。而迈克尔则是一心筹划越狱计划，他借来麦迪的十字架，让马洪去寻找一支黑色钢笔，而林肯则必须找到那个掘墓人帮忙。迈克尔用十字架成功制造了停电的假象，并且乘机提出要求更换牢房，而他也成功得逞。        贝里克偷听到迈克尔的计划，想要乘机入伙，结果被拒绝，他又想出卖这个秘密，结果更是偷鸡不成蚀把米。监狱外面，林肯把计划报告给苏珊，并且前去买通那个掘墓人，结果谁知掘墓人出尔反尔，最后苏珊为了保密，射杀了掘墓人。得知了兄弟俩的计划之后，索菲亚找到林肯，要求一起行动，而苏克雷也因此得知苏拉的死讯，他最后决定出手，替代掘墓人，参与进了越狱计划。苏珊从林肯手里面拿到了真正的鸟类手册，并且寄给了韦斯勒，里面赫然夹着一张纸条：“你时间不多了！”

干扰越狱的一切准备活动都在紧锣密鼓的准备当中，迈克尔想办法得到了微波炉，手表和望远镜。他试图通过观察守卫的日常特点来找出越狱的机会。第二天球赛进行的时候，就是越狱进行之时。正在迈克尔，韦斯勒和马洪忙得火热的时候，越狱里的内外条件却有了新的变化，一个神秘的新囚犯出现了，他似乎认识韦斯勒，也开始观察他们的日常举动。而在监狱外，扮作新掘墓人的苏克雷被人利诱送一些东西到监狱里面去，而监狱里面拾取这物品的正是监狱老大莱切罗的马仔之一。        迈克尔发现狱警之一是个体育迷，在值班时候有时还看电视，他想利用微波炉的EMP脉冲来干扰狱警的视线，但是却弄巧成拙被发现。狱警蜂拥而入发现迈克尔等人的望远镜，危急之时，韦斯勒巧妙的用鸟类指南做证据，逃过了一劫。虽然危难暂时过去，但是他们的计划却别打乱，时间却越来越少。正在众人烦恼之时，马洪却从丢弃的纸杯找出了越狱的新契机。