宣祖惩治反贼郑汝立1605年，“惩毖录”作者柳成龙带病书写历史，当年的抗倭名将李将军带领战士们浴血奋战以少胜多。柳成龙写完一部份内容已是体力不支，虚弱的身体令柳成龙忍不住轻咳几声。时间回到1589年，宣祖顺利成为新任皇帝，登位之时宣祖准备举行大典，柳成龙对宣祖举行大典的方式颇有微词，一个官员跟柳成龙产生争执，两人 当着宣祖的面互不相让，另外一个官员主动提出新的建议供宣祖参考，宣祖觉得提出新建议的官员的想法不错，当场同意采纳官员的新建议。柳成龙见宣祖采用其它新建议，心中升起失落退朝离去。郑汝立造反，宣祖派出手下人捉拿郑汝立，郑汝立不久之后被宣祖派出的人杀害，其它跟郑汝立关系好的朋友都被宣祖调查，一些身居要职的官员曾经跟郑汝立计划一起造反，宣祖彻查了许多身居要职的官员。

郑澈利用郑汝立事件大肆抓捕拷问东人党官员，郑彦信郑彦智等人落马。东人领袖李山海准备辞职退隐来躲避灾祸。柳成龙穿着白衣跪席恳求宣祖为了国家和百姓平息党争。宣祖感受到柳成龙的忠诚，承诺不再扩大打击东人官员。然而西人党却趁势掌握了朝廷实权。不久，宣祖在校场察看了鸟铳和弓箭两种武器的优劣。柳成龙献上了朝鲜自主发明的武器飞击震天雷。另一方面，宗义智回到日本后，向丰臣秀吉转达了朝鲜派遣通信使的条件。因对朝意见的不同，小西行长与加藤清正发生了争执。丰臣秀吉表示只要朝鲜协助日本攻打明朝，就不会侵略朝鲜。此时，丰臣秀吉的侧室夫人淀殿为秀吉生下了儿子鹤松。丰臣秀吉非常高兴。在庆祝儿子诞生的时候，秀吉过去的敌人柴田胜家的余党突然刺杀秀吉，但被加藤清正阻止。而在朝鲜，宗义智把朝鲜叛徒沙火同交给了朝鲜朝廷，希望朝鲜能尽快派遣通信使赴日。而一同来朝的日本间谍却打探到了飞击震天雷这种武器的情报。

沙火同交待了日本细作潜伏朝鲜的情报。柳成龙凭借此情报，派出申砬将军去捉拿间谍。柳成龙和申砬识破了金蝉脱壳之计，终于在济物浦击毙了日本细作，夺回了飞击震天雷的设计图。宣祖因此决定向日本派出通信使。与此同时，日本小田原城的大名北条氏政叛乱，丰臣秀吉调动兵马平叛。秀吉表达了日后利用小西行长侵略朝鲜的想法。因为通信使问题，西人党利用日本细作的事件，发起公论企图将柳成龙赶下台。宣祖被朝臣党争气得病倒，引起了王子临海君的不满。不料宣祖却偷偷派人将西人党的谋士宋翼弼抓获，并斥责了郑澈发动党争的行为。而柳成龙却在此时明白，当初利用郑汝立事件打击东人党的幕后黑手竟是宣祖本人。

柳成龙质问宣祖为何要利用郑汝立事件杀害那么多无辜的官员和儒生，宣祖表达了他想维护王权反对臣权的想法。因为对权力问题看法不同，柳成龙和李山海发生了矛盾。然而，关在牢内的宋翼弼向郑澈献计，企图拥立世子夺取宣祖的王权。尹斗寿认为应该拥立光海君为世子。另一方面，抵达日本的朝鲜通信使黄允吉金诚一被告知无法面见日本国王，只能面见关白丰臣秀吉。而丰臣秀吉也击败了北条氏直，回到京都接见朝鲜通信使。小西行长和宗义智买通译官，企图调和接见使臣的沟通问题。丰臣秀吉在接见时戏弄了通信使，引起了金诚一的极度不满。东人党与西人党决定和解。双方首脑在妓院商讨时，宣祖竟然微服私访至此。

宣祖警告李山海郑澈等人不许再搞党争，这反而坚定了西人党要拥立世子的想法。宋翼弼认为要拥立世子必须得到东人党的协助。而为了平衡两党势力，宣祖任命柳成龙兼职吏曹判书。另一方面，去日本的朝鲜通信使被滞留在大坂。丰臣秀吉准备了一封傲慢的国书交给了朝鲜使臣，遭到了金诚一的激烈反对。小西行长对国书略作修改并歪曲原意糊弄通信使，终将他们送回朝鲜。黄允吉散播了日本可能侵略朝鲜的消息，引起了朝鲜国内的恐慌。西人党想利用这个机会奏请宣祖册封世子，并要东人党共同上书。李山海假意答应郑澈，却背地找宋翼弼识破了他的计谋。之后李山海通过金公谅让金贵人去阻止宣祖建储。朝堂上，郑澈带着柳成龙正式奏请宣祖册封世子。