史蒂文在床上醒来后解开了束缚自己的绑带，看着一地莫名出现的沙子，和浑身像被巴士撞了一样的疼痛，史蒂文也不知道发生了什么。史蒂文喂过鱼后便乘坐巴士到了博物馆工作，史蒂文的原本想做讲解员，但现实让他当了一名商品售货员。史蒂文在工作时一名女同事主动找到史蒂文，让史蒂文履行和自己一起吃牛排的约定，但史蒂文是个素食主义者不会吃肉，并且也从未邀请过女同事一起吃饭，但史蒂文还是答应了。 史蒂文夜里下班回到家后，为了不让自己再睡着，躺在床上玩起了魔方，可最后还是忍不住困意睡了过去，再次醒来史蒂文来到了一处草地，遍体鳞伤，连下巴都脱了臼，一个声音突然让史蒂文把身体交给马克，史蒂文不知道什么人在说话，摸了摸口袋，发现了一只金色的圣甲虫，正当史蒂文反应这一切究竟是怎么回事时，一回头发现身后的建筑上有两个人，史蒂文向二人打了招呼，却得到了对方的枪击，史蒂文只能跑到山下的镇子上，躲进人群中。一个备受人们拥戴的男人从人群中走了出来，一个青年走到男人身边，男人握住了他的手，突然，男人胳膊上的天平纹身呈现出了绿色，男人表示这个青年是个好人，众人都在为其欢呼。随后一名老妇也走到了男人跟前，但这次天平没有再像对待青年那样呈现绿色，而是变成了红色，老妇突然变得像干尸一样，失去了生命。这时追杀史蒂文的两个人找到了男人，向男人说明了情况后，男人对着人们说了一句当地话，所有人都拜了下去，史蒂文听不懂所以慢了一步，被男人一眼认出，男人把史蒂文叫到身边，并表示自己叫亚瑟，希望史蒂文能把圣甲虫还给自己，史蒂文刚打算把圣甲虫交出去，但手脚不听自己指挥，竟然自己跑了起来，一堆人控制住了史蒂文，并抢走了圣甲虫，圣甲虫被抢走的一瞬间，史蒂文又一次失去了意识，在醒来时身边的人都已经被自己打倒。众人决定要把史蒂文抓住，意识到危险的史蒂文抢了一辆冰淇淋车逃跑，亚瑟的手下紧随其后。在路上每次史蒂文遇到危险时都会失去意识，再次醒来后又都化险为夷。车突然发生故障无法行驶，而追兵也已经赶了上来，并将枪口对准了史蒂文，史蒂文害怕的闭上了眼睛，但再睁开时却回到了自家的床上，史蒂文庆幸的以为自己刚刚经历的都是梦，直到发现自己原本残缺的金鱼突然变得完好，才意识到了事情的不对。史蒂文看向钟表，发现快到了和女同事约会的时间，于是赶忙到了餐厅，却被同事告知距离他们相约的约会时间已经过去了两天。不敢相信的史蒂文回到了家里，发现桌子有被移动的痕迹，史蒂文沿着痕迹将桌子摆了回去，在墙里发现了一部被藏起来的手机和钥匙，这时史蒂文接到了一个女人的电话，女人称呼史蒂文为马克，但史蒂文不知道谁是马克，史蒂文话还没等说完，女人救挂掉了电话。史蒂文隐约总能听见有人在叫自己，但到处找不到踪影，直到看见镜子，发现是镜子中的自己在说话，吓的史蒂文赶忙跑出了房间，走进了电梯，就在走出电梯的瞬间一回头，史蒂文看见了个巨大的人形怪物，惊魂未定的史蒂文再一回头发现自己竟然出现在巴士上。史蒂文来到了博物馆，发现亚瑟早已在博物馆等待着自己，史蒂文表示自己并没有拿亚瑟的圣甲虫，亚瑟告诉史蒂文，圣甲虫并不属于自己，而是属于埃及神阿米特，随后，亚瑟将手杖放在史蒂文身上，并握住了史蒂文的手，可这次亚瑟身上的天平没有显示绿色或红色，而是一直在摇晃，亚瑟发现史蒂文的内心充满了混乱，史蒂文则找到机会立马跑了开。 夜里，史蒂文上班时，展馆里的灯突然熄灭，史蒂文正打算去查看情况时突然冲出一只怪物，怪物追杀着史蒂文，史蒂文逃进了洗手间，这时镜子里另一个人格马克叫着史蒂文，让史蒂文将身体的控制权交给自己，史蒂文不知道发生了什么，但为了保命只能照做，马克化身月光骑士，不费吹灰之力便解决了怪物。

史蒂文在床上惊醒，看着镜子里的自己，质问身体里的另一个人格马克是否还在，但没得到任何回复。 史蒂文到博物馆上班，却发现博物馆封锁了洗手间，向同事了解到，洗手间遭到了损坏所以才被封锁，史蒂文到监控室查取监控，但监控里没有怪物，仅有史蒂文一个人在到处逃跑，并且损坏了洗手间。 史蒂文因为破坏公务而遭到了博物馆的辞退。失落的史蒂文回到家后，拿起了那把搜出来的钥匙，根据仓库管理员的指引来到了库房，在库房中的包裹内，史蒂文知道了自己另一人格的名字，并找到了大把钞票和那只圣甲虫，通过墙面的反光，史蒂文又一次和马克对上了话，马克让史蒂文安心到床上睡觉就好，剩下全权交给自己，在史蒂文的强烈反对下，马克说出了自己侍奉月神孔苏的事，史蒂文根本不敢相信自己吃个牛排的功夫就和埃及月神扯上关系了，随后拿上了马克的包裹，决定拿着这些东西去自首。 史蒂文刚刚走出仓库没几步，就遇到了马克口中的月神孔苏，恐怖的外形把史蒂文吓了一跳，随后用尽全身的力气逃跑，逃跑的途中不小心摔倒，并遇到了那个和自己打电话的莱拉，史蒂文带着莱拉回到了自己的住所，聊天时两人发现彼此有很多相同的兴趣爱好，史蒂文想要证明自己不是马克，打算把包裹里的东西给莱拉看，被马克及时制止并告诉史蒂文这样子会害死莱拉，但包裹还是被莱拉抢了过去，并发现了圣甲虫。 莱拉一眼便认出这时开启阿米特坟墓需要的，这时有两名警察敲响了门，闯了进来，莱拉顺着窗户逃出躲在了房檐，而史蒂文则被两名警察带走。 两名警察并没有将史蒂文带去警局，而是来到了一处社区，将史蒂文带到了亚瑟的面前。亚瑟解开了史蒂文的手铐，亚瑟知道史蒂文的苦闷，脑海里三个声音不停地交换，马克，孔苏和他自己，孔苏的声音告诉史蒂文，让他杀了亚瑟，亚瑟直到孔苏在想什么，并告诉史蒂文，如果史蒂文不配合孔苏什么都做不了，随后带他参观了社区，表示这个社区曾是犯罪率最高的社区，就是因为阿米特的存在。 亚瑟告诉自己曾经就是孔苏的使者并表示孔苏指挥惩罚已经发生的犯罪，而阿米特会在他们动手前解决他们，史蒂文同意这种仅仅有想法就置人于死地的做法，没有把圣甲虫在莱拉手上的消息说出来。亚瑟见史蒂文不配合，于是拿出手杖召唤了胡狼形状的怪物，这时莱拉拿着圣甲虫出现，带着史蒂文躲藏了起来。 两人躲进了一个房间，莱拉告诉史蒂文遇到危险喊召唤战服，这时胡狼打破了门，将史蒂文从楼上推下，在空中史蒂文召唤战服，但不同于马克的斗篷披风的战服，而是一副西装革履的战服。史蒂文不敌胡狼，莱拉拿起了身边的一瓶酒扔到了胡狼身上，胡狼也隐形变成了可视的状态，胡狼放下了史蒂文，将注意力转到了莱拉身上，开始攻击起了莱拉，幸好马克人格出现，将胡狼引到天台上，并把胡狼举起刺死在了房顶上，马克摸了摸身上的口袋，发现圣甲虫不见了，而亚瑟在一个流浪汉的手中拿到了圣甲虫，莱拉则目睹了这一切。 马克因为弄丢了圣甲虫懊恼不已，原来马克和孔苏之间有协议，如果马克任务失败，就会交换使者到他的妻子莱拉身上，马克的所作所为都是为了保护莱拉。

马克为了阻止亚瑟来到了埃及，莱拉也紧随其后。亚瑟根据圣甲虫的指引来到了阿米特的墓前。 马克跑到房顶上，几拳便撂倒了亚瑟的手下，随后掏出刀打算逼问出亚瑟的下落，但这时史蒂文人格突然苏醒，等马克再醒来时，已经坐上了去机场的车，马克急忙让司机停了下来，并又一次碰到了那几个阿米特的信徒，马克追上去很快就将几人制服，但还是被偷袭导致晕倒，等到马克再次醒来时，几个信徒已经被自己手刃，马克以为是史蒂文做的，但史蒂文表示并不是自己。马克因为断了寻找阿米特坟墓的线索，只能求助孔苏，孔苏召唤日式，从而引得众神的关注开展九柱神会议。 马克进入到金字塔内，九柱神的化身齐聚于此，会议开始，众神纷纷上了化身们的身，并开始了对孔苏的控诉，欧西里斯警告孔苏，如果再次操控天空就会永久囚禁孔苏，孔苏说明了自己的目的，以私自释放阿米特的罪名要求审判亚瑟，随后众神将亚瑟召唤到了金字塔内，亚瑟以孔苏的化身有精神分裂为由，表示孔苏的话不能令人相信，并说孔苏是个有污点的神，所做的一切都是因为嫉妒，亚瑟的倒打一耙让孔苏恼羞成怒，想要在法庭上对亚瑟大打出手，但被众神阻止。 众神赶走了孔苏，把马克叫了出来，众神质问马克是否被孔苏利用了，马克表示自己不是被告，而亚瑟才是，并表示如果不解决亚瑟日后会有大麻烦。众神因为孔苏没有证据证明亚瑟想要释放阿米特，便判了亚瑟无罪。庭审结束后，哈托尔的化身找到马克，表示还有办法找到阿米特的墓穴，拿到森夫的石棺就能找到阿米特的墓穴。 马克为了拿到石棺来到了开罗，在路途中遇到了莱拉，莱拉知道石棺的下落，就在曾经的盗墓对手莫加特手里，两人一同乘船到找了莫加特。在莫加特的带领下，两人终于见到了石棺，但石棺没有提到具体信息，需要破密才能够直到阿米特坟墓的位置，于是马克召唤了史蒂文人格，在史蒂文的帮助下破译这些谜语。 莫加特发现了马克的不对劲，于是持枪挟持了马克，这时亚瑟等人出现，劝说莫加特和自己一起加入寻找阿米特的坟墓，并炸毁了森夫的石棺，随后离开。马克召唤战服变身月光骑士，大战午夜人团伙，正打得如火如荼时，史蒂文人格出现，导致接连被长矛刺穿，直到马克再次夺回控制权，终于解决掉了所有喽啰。 马克和莱拉开车到了一处没有人的野外，拼凑起了被炸毁的线索，但马克做不了这种细活，只能召唤史蒂文，史蒂文很轻松就修复好了线索。线索是一张两千年前的星座图，必须要还原两千年前的天空才能够找到阿米特的坟墓，孔苏表示自己记得每一个夜晚，但单凭自己的一己之力不行，需要史蒂文和自己一起，并嘱咐史蒂文，如果自己被众神封印，一定要让马克来救自己，随后，孔苏让史蒂文变身骑士先生，两人合理调动了天空，还原了两千年前的天空，并精准的定位到了阿米特坟墓的位置，但因为孔苏再次改变天空，导致自己被众神封印，史蒂文也失去了月光之力。 亚瑟和欧西里斯的化身进入到了金字塔，亚瑟看着封印孔苏的雕像，告诉孔苏，自己曾经享受帮助孔苏散播痛苦，并且感激，如果不是孔苏，自己将永远不知道治愈的价值，并表示是孔苏的折磨造就了自己，而自己的成功将归功于孔苏。

史蒂文和莱拉按照指引找到了阿米特的坟墓，两人决定在进入坟墓之前到亚瑟一伙的帐篷里找寻一些物资。帐篷中，史蒂文和镜中的马克拌嘴时，马克得知了史蒂文爱上了自己的妻子莱拉，这让马克很是气愤。莱拉帮史蒂文穿戴道具时，史蒂文因为不满马克，所以说出了马克疏远莱拉是因为不想让莱拉步入自己的后尘，莱拉听后表示自己并不需要被马克保护，而是需要相互坦诚，聊过之后两人互生情愫亲吻到了一起，潜意识里的马克看到后快速的切换人格，给了史蒂文一拳。 莱拉和史蒂文下墓穴之后，莱拉看着墓穴中的雕塑，感慨道自己的父亲也曾是名考古学家，如果还在的话一定会很喜欢这里，史蒂文安慰莱拉，表示如果莱拉父亲还在的话一定会为自己的女儿骄傲。 两人深入坟墓，发现内部是个迷宫，并看到了一地的弹壳，莱拉认为亚瑟等人应该是在坟墓中遇到了什么。史蒂文总结出，整个坟墓的形状就是图腾荷鲁斯之眼，由此图找到了正确的路，而莱拉发现阿米特最后一任化身是个法老，代表了阿米特的嗅觉。 继续深入，出现了遍地的鲜血和尸块以及森森白骨。两人又迷了路，不知该往哪走，一番搜寻后，史蒂文在上面发现了出口，莱拉让史蒂文先探探路。这时不远处又传来了枪声，莱拉和史蒂文不知道亚瑟在对着什么东西开枪，两人只能暂时躲起来。一个人形怪物拖着亚瑟的队员放到了石台上，并解刨了他，将这名队员的内脏放入到了罐子中，莱拉想要趁机逃跑，却不成想史蒂文竟惊扰了怪物，莱拉为了救史蒂文只能吸引怪物的注意力，让史蒂文先逃跑，史蒂文表示等下会与莱拉汇合，莱拉为了躲避怪物跑到了一处无底洞旁，但怪物也追了上来，莱拉和怪物扭打在一起，将怪物甩下了无底洞，而亚瑟就在不远处看着。 莱拉看着亚瑟想要转身离开，但亚瑟说起了莱拉的父亲，这说到了莱拉的内心最脆弱的地方，随后亚瑟说起了莱拉的丈夫马克，表示自己利用天平看过马克，并表示莱拉父亲的死和马克有很大的关系，这句话深深动摇了莱拉。 史蒂文误打误撞来到了法老的墓室，并找到了亚历山大的棺椁。史蒂文打开了棺椁，并拿出了阿米特的人俑，这时莱拉找到了史蒂文，质问体内的马克自己的父亲是怎么死的，马克人格出现掌握身体，马克无奈表示莱拉的父亲并不是自己杀的，而是自己的合伙人起了歹心，杀了考察队所有人，自己没能成功阻止他，并为此一直感到愧疚，就在马克解释时，亚瑟带领手下走了进来，莱拉则被马克藏了起来。亚瑟想要劝说马克放弃，因为孔苏已经不在了，没有人再能控制马克，马克不肯，结果被亚瑟一枪击倒，莱拉在一旁看着自己的丈夫被人打死，只能惊讶的捂住嘴巴不敢吱声。 被打倒的马克并没有死，而是出现在了一家精神病院，莱拉是这家医院的护士，亚瑟则是马克的主治医师，这些东西无时无刻都在告诉马克是一名幻想自己是考古学家的精神病患者。马克在被亚瑟谈话时，突然想起了亚瑟朝自己开枪的事，于是挣脱了束缚跑了出去，逃到了一个房间，里面有一个棺椁，马克打开棺椁后发现竟是史蒂文，两人都没搞清楚究竟发生了什么，但目的只有一个，就是逃离这座医院，两人打开走廊的大门，迎面出现了一直巨大的人形并会说话的河马，吓了两人一大跳。

史蒂文认出了河马的身份，是妇孺的守护女神塔沃瑞特。塔沃瑞特找到史蒂文和马克就是为了告诉他们，他们已经死了，塔沃瑞特表示，冥界的形式都是按照死者的想象构造的，马克的内心认为自己是精神病，这就导致了冥界的风格也是精神病院。马克根本不愿相信自己已经死了这一事实，而是更愿意相信自己就是个精神病，而这一切都是自己的幻想，随后转身走出门去，却发现自己真的来到了冥界，并且就在冥界的接引船上，塔沃瑞特表示，船的终点就是芦苇原，是亡灵们的极乐之地，但前提是两人必须通过测试，说着，塔沃瑞特掏出了两人的心脏，将心脏放在了正义天平上，如果心脏的重量超过了真理之羽，那么两人就不能前往芦苇原，而是会被丢进冥界的沙漠海被石化。但心脏在天平上始终处于飘忽不定的状态，塔沃瑞特提醒两人，如果在到达芦苇原之前天平还不停下，那么两人的灵魂将会被毁灭。 史蒂文决定要找寻真相，于是两人进入到船舱中找寻记忆，突然史蒂文听到求救声，跟循着声音，史蒂文和马克来到了一间房间，里面满满的全是马克杀过的人，但在墙角，有一个小男孩，史蒂文留意到了他，但史蒂文刚刚离近，小男孩就立马跑了开，马克在后面一直大喊着想要阻止史蒂文接触小男孩，但史蒂文却把马克关在了门外。在回忆中史蒂文发现小男孩是自己的弟弟，但自己却从不知道自己还有个弟弟。史蒂文跟随者小时候的马克和弟弟，到了个山洞，年幼的马克明知道下雨了，却还是将弟弟带进了山洞，这导致了弟弟的溺水死亡，而母亲将弟弟的死都怪在了马克头上，乃至马克每年生日，母亲都不会参加，甚至对年幼的马克恶语相向，而马克也对于害死弟弟而感到很内疚，但在史蒂文的印象里母亲并不是这样的。 马克追到了史蒂文，两人穿越回忆到了马克与孔苏签订契约的那天，马克表示当时自己身为雇佣兵，自己的长官布什曼命令自己攻击一座古埃及坟墓，可布什曼在最后为了避免节外生枝杀害了包括莱拉父亲在内的所有人，马克为了阻止布什曼也身中数弹濒临死亡，马克在月神庙内决定饮弹自尽却被孔苏拦下，孔苏表示如果马克愿意成为自己的化身，消灭恶贯满盈的恶人，就会给马克第二次生命，马克同意了契约，自此马克便化身了月光骑士。 马克发现所省时间不多了，两人马上就要被沙漠海中恶灵拖入沙漠中，于是便求助塔沃瑞特，希望其能助自己回到人间，在马克和史蒂文的一再请求下，塔沃瑞特同意了请求，并告诫两人一定要尽快稳住天平，随后塔沃瑞特调转船头，将船往回驶，以此拖延时间。 马克和史蒂文再次回到船舱探寻真相，但马克不愿再回忆起从前的往事，正在马克崩溃时，结果又再次回到了亚瑟的诊室，马克已经分不清幻想和现实了。医生亚瑟劝马克要对史蒂文打开心扉，于是，马克和史蒂文又再次回到了回忆中。在回忆中史蒂文发现了，自己就是马克创造的用来逃避的替身，而自己史蒂文的名字就是来自《古墓奇兵》中的角色。马克母亲去世后，马克根本不敢参加母亲的葬礼，为了逃避这种情感，史蒂文的人格再次出现，自此，两种人格的人生交合了。 船驶到了欧利西斯的大门，但天平依旧没有停止晃动，沙漠海中的恶灵们要来带走马克和史蒂文了，数只恶灵纷纷爬上船，要将两人拉入沙漠，史蒂文解救了马克，但自己却掉入了沙漠，化成了石雕，天平停止了晃动，马克孤身一人来到了芦苇原。