封官

大约在20岁的时候，叶茂才县试及格，并得到官府供给的生活费用。他一面继续读书，一面在城中坐馆。当时投他门下就学的，不仅有本地的童生，还有来自毗陵(今武进县)、维扬(今扬州)、新安(今安徽歙县)等地的学生，在大江南北很有声望。

明万历十六年(1588)秋，叶茂才乡试中举。他所作的文章被选为时文范作。当中举的喜讯报来之后，他一不请客，二不赴宴，束身自好，继续苦读不辍，认真准备参加会试。次年(1589)二月，他与同乡高攀龙、陈幼学、毗陵薛敷教等一同赴京参加会试，同时得中。按当时的习俗，凡会试得中的人都要给主考官馈赠礼物。叶茂才很看不惯这样的风气，对同学们说：“我虽出身贫贱，但要固守读书人的志气，不想对于主司有所馈赠。”起初，有人以为他有些古怪，后来熟悉了，觉得他很有骨气，值得钦佩。

会试之后，得中者还要殿试。初次远离家门的叶茂才，在京城等待的日子一长，不免乡思情切。他思念早逝的母亲，痛惜她没有能等到自己儿子会试得中这一天。他又想到父亲正年逢花甲，生日将到，自己却在千里之外面无法回家祝寿。他对薛敷教说：“天啊！能否允许我叶茂才暂缓参加殿试，早日返乡呢？”薛敷教劝他道：“你我都不是贪恋一官半职的人。但殿试是皇上主持的选才大典，我们理应参加。考完以后，便即回去。叶茂才认为这话很有道理，便安下心来。

殿试完毕，时茂才列为二甲，与同乡高攀龙、陈幼学、毗陵薛敷教、潜江(今湖北省潜江县)欧阳东风等同登进士之榜。初授刑部主事，但任职刚满三月，他便请求南调，以迎养老父。朝廷同意他的请求，改授南京工部主事。

叶茂才先回无锡探望父亲，再赴南京上任。然而他依然我行我素，对上司长官毫无馈赠。上司便对他心怀不满，有意加重他的工作量，凡兵、刑、钱、谷等方面的琐事，都要叫他料理。叶茂才自言：“这恐怕是上司让我有机会磨炼一番吧，我正好应该珍惜这个机会！”平日，他天不亮就起身，上班理事，一直忙到傍晚才休息。公务虽然繁琐，但凭他的才干却能从容对付，丝毫不感到为难。时间久了，上司看重他的才干，调他去芜湖水关，负责治理那里的税务工作。税务是同商人、钱物打交道的差使。但时茂才在芜关任上，廉洁公正，所收税金，一概充入国库。手下的宫差跪请他能按照以前陋规，从中截留一些，可他始终不为所动。在他治理下，税务面貌为之一清。

距芜湖二十里处有一名叫双港的地方，叶茂才亲往稽查，他不容一个奸商偷漏税款；但也体恤广大商民的困苦，有时适当放宽禁令。他在税务上宽严并济，处处着眼于升斗小民的作风，深得商民称颂。当他任满离任时，所积钱财已经十分可观，他奏请一概充作军购，以巩固边防。因此，他受到朝廷的嘉奖。

万历年间

万历二十年(1592)，叶茂才改任南京吏部主事。其时他父亲也被封为南京吏部郎中，但这老人恋乡，不愿住在南京官署，也不愿住在无锡城中。叶茂才尊重父意，陪他．乡居。万历二十二年(1594)，父亲去世，他守制三年，直至万历二十五年(1597)，再返南京官署。

万历二十六年(1598)，叶茂才升南京吏部郎中。在负责“南选”(即选配南方少数民族地区官吏)的岁月里，他奔波跋涉，办事始终不徇一丝情面。选事告一段落后，他以体弱有病为由，疏请告归，但未获准。次年(1599)调任礼部郎中，又请告归，仍然不准。

从万历二十九年(1601)至三十九年(1611)，时茂才．历任尚宝司司丞、少卿，南京大理寺寺丞等职。官职虽然逐级上升，但求归的心情很切，他经常告假回乡，闲居石幢老家。他曾对朋友说：“我上半生受家贫的好处，下半生受多病的好处。惟贫困，故知道节俭；惟多病，故知道养身。”

万历三十二年(1604)，他积极参与顾宪成、高攀龙、安希范、刘元珍、薛敷教、钱一本、欧阳东风和林宰等人在无锡东林书院的讲学活动，和一些志同道合的朋友探讨学问。参与东林书院讲学的人，都奉程朱理学为正宗，讲究修身养性，以恢复道统为己任。对当时黑暗腐败的政治，也毫不留情地予以抨击，他们的学术和政治活动，对社会有很大的影响。

万历四十年(1612)，时茂才升为南京太仆寺少卿。上任不久，兴利除弊，把马政(掌管车马、畜牧之事)治理得井井有条。

其时，万历皇帝越来越昏庸，朝廷官员以权谋私，党争十分激烈。在万历三十九年(1611)的“京察”中，宣党魁首、国子监祭酒汤宾尹及其门生、新科状元韩敬的丑事劣迹和科场舞弊案被揭露。他们的同党，如御史汤世济、金汝谐、牟志夔、给事中官应震等，利用职权加以包庇，同时还攻击正直的东林官员对沈一贯(浙党)、颐天峻(祯党)、汤宾尹等人的揭发，说是“捏造浮词”，是“有所主使”的“旁嚣”。叶茂才义愤填膺，先上《国事宜参公论》一疏，严加驳斥，认为这是“扶小人抑君子，护奸雄而祸天下”的行为。继而又上《早赐祯斥以释群疑》一疏，声明自己素无依傍，更没有任何人主使，大丈夫一人做事一人当。续而再作《旁嚣说》，指斥汤、金、牟等一流人物，身居台谏要职，自以为天子耳目，自以为只有他们才有权论是非、议朝政，其他部、院、科、道官员上建言，都被视为“旁嚣”。殊不知天下之事自有公论，绝不是一家一人所能私议的。何正何旁？朝廷应当作出正确的判别。最后，又就“年例考选”中的严重弊端，上书郑太宰，说：考选一事，是能否广开言路的一大关键。可今有人，平时议论正直，素无明显过失，但却无缘无故被突然调离考选机构，这能叫人信服呀？考选官应当由正直的人来担任，“得其人，则拔茅连茹，数世受正人之利；不得其人，则引类呼朋，数世受非人之害，甚不可轻于去取也！”

万历四十一年(1613)年初，叶茂才离职回到无锡，同毗陵的钱一本等讲《易》学于东林书院。钱一本曾首创“同善会”于毗陵，时茂才与高攀龙、刘元珍、安希范、陈幼学等五人在无锡响应。一时有百余人参加了这一组织。这个组织的宗旨，是对社会上有德行但生活贫困者以及鳏寡孤独等人中的贤能者，给予救济和帮助。

万历四十六年(1618)，叶茂才年满花甲，自题诗云：“前途知己窄，晚节莫教疏”，“披沙须识宝，挥剑定降魔”。表现了他在十分困难的情况下，仍坚决与恶势力斗争到底的高贵品质。