贡献

由于他擅长针灸，因而对《灵枢经》的注释远较《素问》注释较高，成为历史上第一部《灵枢》的全注本。汪昂在其《内经约注》里曾评价说：“《灵枢》从前无注，其文字古奥，名数繁多，观者皱眉，作为医者又弃之不读，至明始有马玄台之注，其疏经络穴道，颇为鲜明。”

著作

著有《黄帝内经素问注证发微》、《黄帝内经灵枢注证发微》二书。前书刊于神宗万历十四年（1586），收《素问》81篇，合为9卷，于原文词义、医理逐篇逐段加以注解，在阐发经文精微、补苴唐人王冰注释罅漏诸方面，贡献颇大，是继王冰以后第二注家，为《素问》主要注本之一。后者9卷，补遗1卷，为《灵枢》第一个注本，颇有独到见解。清雍正《浙江通志》称之为“医学津梁”。