太湖面上出现几具男性的尸体，面容腐烂，赤裸，并且死者全是衙差捕快及按察使巡，乃为水贼混江龙和他的女儿孟如忆所杀，龙更是假扮刘巡，部众扮捕快，入住知府，将贪税所徵的苛税救济人民，并准备向南巡的包拯等人密谋暗杀，以报当年的杀弟之仇。 包拯等人到衙府找“刘巡”查浮尸案，“刘巡”乘机招待包等人入住已装炸药的客房，不想却遭到了婉拒。包拯等人入住公孙先生家。公孙策原名孙正阳，原本生活幸福，妻子贤惠女儿懂事。可在十五年前，其妻被知府衙内看上且遭凌辱而吊颈自尽，正阳为妻伸冤反被奸官欺压，幸得仆人忠救，正阳与女儿逃至山崖，但还有追兵，于是他们跳崖逃生，正阳得包救，自此改名公孙策；女儿孙小雅得龙救，改名孟如忆，但她的手上仍然戴有公孙策当年给她的手镯。在孙家，包拯被龙蒙面行刺，以调虎离山计引开展昭，挟持包拯，并自称为“混江龙”，为弟寻冤报仇；展昭被如忆引开，和她大战一场。夺得其手镯后赶返回孙家，打退众人，救回包拯。包拯遂展开调查，查出龙弟为蛟，当年因误杀一小童冬冬，内疚自尽，留遣书请包施以铡刊赎罪；另一边，浮尸案始终无人投案，不免让包拯疑惑。公孙策受命查手镯线索，惊讶的发现原来亲生女儿尚在人间。如忆为夺回手镯，扮成乡下女阿香混入孙家当下人，伺机推公孙策下井，抢回手镯。却因曾听到公孙策提及手镯乃其亲女的故事，不禁矛盾，决定救回他，将手镯还给他时，心绪凌乱不已。           

包拯查出龙有一养女孟如忆，怀疑正是引开展昭的刺客。 包拯再度遭龙暗算，幸得展昭保护，打退众人。包拯到衙门打探龙下落，岂料展昭不经意间发现衙差衣服的背部有破洞而缝过，刚好跟太湖浮尸者的伤口位置吻合，怀疑“刘巡”及捕快就是混江龙，决定设宴之时查看“刘巡”的手臂是否受伤，并向他讲述蛟之死的实情，测试其反应。如忆在一旁偷听到了一切；席上，包更安排渔夫出现，认出“刘巡”就是混江龙，而龙坚决否认，展昭见机会来临，点龙穴，欲查看其手臂，幸如忆及时出现，刚好刺伤同样手臂位置，这才化解。

展昭与如忆再次打斗，公孙策见如忆将不敌展昭，遂借意让如忆挟持自己，逃至破庙，展示手镯及失散的过程，希望忆摘下面具相认。如忆心中十分矛盾，离去。公孙策借酒消愁，迷迷糊间跑去向“刘巡”要女儿，这使他震惊，便把公孙策关在地牢中。如忆坐立不安，决定按公孙策所言去卖手镯的店铺查问，不料赶到之时，店铺人竟被一个蒙面人砍掉了头颅，那人还撕去登记名册其中一页。如忆追上他，发现为其手下彪，他受龙指使毁灭一切其有关公孙策的资料。如忆查看名册，见买手镯者乃孙正阳，遂向管家查问，得知孙正阳就是公孙策。包拯已买得刘巡的个人资料，发现特征与浮尸老者吻合，判断龙遇刺乃欲盖弥彰，而公孙策已成了人质。

包拯到衙府主动出击，龙见包自投罗网，直接在赏梅亭埋好火药。包拯借故以查公孙策下落为名，请龙派捕快封锁城门，逐户搜查，由开封四子率领，并且相赠蛟遗书。龙这才知道错怪了包拯，于是取消了暗杀计划。 另一边，开封四子以尚方宝剑得知捕快中的假冒者，并令其馀捕快协助，围剿衙府外。 如忆得悉，决以毒汤害包，好让衙府外的埋伏者假装撤退。 龙为继承其弟遗愿，解散水寇，与如忆浪迹天涯，遂与如忆档架门外追兵，让水寇撤退。 龙更释放公孙策，以包拯解药要胁做一场戏，让他否认自己为如忆的亲父，公孙策为顾全大局，忍痛完成。龙忆二人返抵水寨执拾行装，但如忆竟遗下字条离去，龙被昭生擒回府，控以杀官差罪，龙独揽上身；包知如忆亦为主谋，命公孙策起草通缉其亲女儿。这天夜里如忆赶到，要求公孙策帮助自己就出养父。公孙策说什么也不肯做出此事，认为这是背叛包拯的行为。如忆见屡次劝说无果，只好自己去劫牢。

如忆就出养父后，决定和他一起离开。但此时的混江龙在看了弟弟的遗书后，惭愧不已。于是他在身上绑了炸药，最终被炸得粉身碎骨。如忆见养父已死，十分绝望，遂自觉投案。包拯判了她铡刑，公孙策不忍心，中途放女儿离开，并向包拯以死谢罪。包拯见此，只好痛下心来斩公孙。这时如忆赶到，父女相认。如忆为亲父求情，自己也因养父惨死而在绝望中自刎。公孙策痛失爱女，对世上再也没了留念，于是坚持以死谢罪。包拯无奈，只好答应他。在执行那天，空中一直有接连不断的闪电，就是不让公孙策上铡台。终于在各位的劝说下，公孙策这才作罢。