剧情简介

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故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界看上去并没有发生太大的变化，但是世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT，它的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（Night Raider）。他们的任务就是秘密消灭异生兽。

新的敌人异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人 奈克瑟斯奥特曼登场了。奈克瑟斯奥特曼的适能者·姫矢准也出现了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。而且，TLT的特殊飞行器合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战。

TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务。可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问。组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克瑟斯和异生兽的原形到底是什么？……在最后一集，孤门一辉从黑暗中拉出西条风，后来得到 奈克瑟斯的力量和黑暗扎基战斗，最后变成了传说的诺亚奥特曼，战胜了黑暗扎基。

孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并一步步地开始揭开谜底。

分集剧情

TV版第1-24集为姬矢准篇，第25集进行一次转折，第26-36集为千树怜篇，第37集是最终集，第38集是特别篇。

姬矢准篇

故事发生于电影《ULTRAMAN》的5年后。THE ONE的碎片散到世界各地，化成不同的异生兽。为了应付异生兽，便成立了TLT与之对抗。

孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克瑟斯相救，这便是孤门与奈克瑟斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克瑟斯，但西条风副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，而且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。异生兽们竟学会了进化，变大相当巨大，奈克瑟斯只好变成青年形态，并展开亚空间「美塔领域」战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。就在世人一无所知的情况下，奈克瑟斯就把异生兽消灭了。在一次战斗中，奈克瑟斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克瑟斯。这时姬矢只好唤出适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。

黑暗浮士德出场

这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但与奈克瑟斯力量相若，更可化解「美塔领域」，变成「黑暗领域」，令奈克瑟斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。此时夜航者开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体便可突入「美塔领域」。对于奈克瑟斯而言可谓多了一个可靠的战友。一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。奈克瑟斯与黑暗浮士德展开最后之战时，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入频死边沿，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。

黑暗梅菲斯特出场

浮士德事件其实幕后的黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合。