连续两届总大理大臣上任半年就下台，民政党支持率落入历史最低点，陷入战后第三次政权交替危机。在这样的危机时刻，总裁候选人武藤泰山借助党内元老城山和彦的力量，终于登上总理宝座。在赤坂高级俱乐部，泰山和多年盟友狩屋孝司、公派第一秘书贝原茂平举杯庆祝，贝原叮嘱泰山千万别被儿子翔的事拖了后腿。武藤翔对于地位、权力没有兴趣，讨厌不顾家庭的泰山，自从上了大学后就不再回家，而是借住在开在鱼龙混杂之地的餐馆暗云屋厨房。泰山前往探视，却看到翔和半裸的女人手拉手。翔对于父亲成为总理一事无动于衷，泰山叮嘱他别惹事后离开。第二天早上，泰山就接到了产经大臣江见失言的报告。城山要让江见辞职，泰山很为难,时他本来就疼的臼齿越发疼起来。另一方面，翔在暗云厨房与两个黑道对峙。原来，店主暗云渡借了钱却不能偿还。正在这时，翔暗恋的前辈南真衣与后辈村野绘理香来到店里，翔本想打发走追债人，却意外被平底锅砸到，感到一阵剧痛。清醒过来的翔发现自己站在预算委员会大厅正中间，环顾周围全是表情严肃的大叔。翔不明所以，而在周围的人眼中，他就是总理泰山。感到事有蹊跷的委员长宣布休息。翔趁此机会向总理私邸跑去。这时，本应在预算委员会的泰山却在暗云厨房醒了过来，被真衣、绘理香等陌生人围在当中。思考回路完全停止工作的泰山慌忙跑到镜子前，镜中映出的却是儿子的面容。泰山大惊失色，冲向私邸，却遇到了以自己的身体出现的翔。原来两人发生的灵魂互换。泰山和翔成功地让狩屋和贝原相信了此事，但是，为什么会互换、该不该去医院、要不要让国防大臣了解这件国家头等大事，面对这一连串问题，不知如何才能恢复原状的泰山父子首先为应付明天的局面开始练习。第二天，贝原陪泰山到暗云厨房，帮暗云解决财务问题。与此同时，在办公室与精神崩溃的江见大臣谈过话后，翔面对记者做了出人意料的发言。而在银行面试上，泰山侃侃而谈，把面试官和银行高层教训了一番后扬长而去。

灵魂互换后,没正经好好学习过的翔刚一履行总理大臣的职务,就因为连连念字而招致议员们的嘲笑，藏本和政治评论家小中寿太郎在电视节目中大肆抨击武藤总理，民间则管武藤总理叫“无能总理”。武藤内阁才成立18天便面临解散的危机。就在武藤阵营陷入背水一战的境地时，乌兹拉斯克斯坦总统加德纳造访日本。为了谈成某金属的进口合同以扭转败局，武藤内阁要以VIP的规格招待加德纳。虽然很厌恶这种政治把戏，翔仍不得不加紧学习外交技巧，以便与加德纳谈判。但是，双方刚一见面，翔把“How are you”错说成了“Who are you”，造成重大外交失误，国民支持率急剧下降。饱受泰山等人指责的翔越发讨厌当总理了，干脆躲进房间不出来。为了提高翔的士气，茂平提出让南真衣来当实习秘书。果然，翔中了茂平的巧计，只好心不甘情不愿地参与“招待乌兹拉斯克斯坦总统”的计划，泰山也以随员的身份合程陪同。在偶像演唱会、相扑道场，翔三番两次出错，令加德纳对他的印象越来越差。然而谈判之前，在寿司店，翔所拿的有卡通人物“蓬蓬菌”图案的手帕勾起了加德纳对童年往事的回忆，形势出现逆转。就在泰山、茂平、狩屋庆祝金属进口合同顺利达成时，警视总监小峰义郎派来的新田报告了一个重要情报，令众人大吃一惊。

公安部门传来情报，有人利用世界最尖端的科学技术武器制造了泰山和翔的“灵魂”互换事件。防卫省的技术本部检查的结果是，二人体内被植入了能操控脑电波的芯片。而泰山和翔一周前曾在同一间牙科诊所拔过智齿。很快对丸山田齿科的情况调查表明，这间诊所已经关门，丸山田院长家也是人去楼空。同时，丸山田偿还了巨额赌债，令人不禁怀疑有某个大组织在幕后操纵此事。而由于一旦强行拔取芯片可能引起爆炸，所以泰山和翔只能暂时维持现状。这时，泰山（灵魂是翔）收到参加某人气辩论节目的邀请。一听说辩论的对手就是宪民党的藏本志郎，泰山立刻怀疑一系列怪异事件的幕后黑手就是藏本。他推测藏本是要趁武藤父子灵魂互换之机在公开节目上驳倒泰山，从而达到夺取政权的目的。泰山团队决定假装中了藏本的圈套，然后出其不意一举打败藏本，并请南真衣协助为总理设计新选型。在节目现场，戴着耳机由秘书和父亲场外遥控的翔精疲力尽，一直相信泰山是天生的政治家的狩屋孝司鼓励他坚持下去。接下来的直播中，在场遥控的泰山失言，令翔陷入困境。摘掉耳机的翔利用自己熟悉底层青年生活现状的优势，让藏本哑口无言，获得了观众的支持。另一方面，翔（灵魂是泰山）为了取得学分来到大学。在那里，他遇到了村野绘理香，对方邀请他参加当晚举行的生日派对。被绘理香的美貌迷住的翔（灵魂是泰山）高高兴兴地跑去赴约。他与绘理香的追求者发生冲突，新田理现身替他解围。新田理报告，藏本的秘书真锅曾在聚会上出现。正当翔（灵魂是泰山）欲与绘理香亲热时，对方一语道破了泰山父子“灵魂”互换的秘密。

武藤泰山翔父子惊闻“灵魂互换”的事已经被藏本志郎及翔的同学绘理香知晓，而且，绘理香竟然是藏本的女儿。经过防卫省技术研究本部的脑电波检查，与泰山父子被植入的芯片一样的芯片也装在了藏本等人的身上。作为长年的政敌，虽然泰山和藏本互相仇视，但为了找出“灵魂互换事件”始作俑者，二人约好暂时休战，携手应对危机。与劲头十足的父亲们相比，儿女们则愁眉不展。雪上加霜的是，这时南真衣忽然提出辞职，翔（外表是泰山）立刻跌入痛苦的深渊。原来，真衣与人合营的职业介绍所帮助过的一位单亲妈被突然解雇，带着三岁的儿子的她走投无路。她辞去总理实习秘书乃是为了全力解决那位单亲妈妈的事。听说此事后，翔提出让泰山（外表是翔）跟着真衣一起去，也许能帮上忙。泰山（外表是翔）和真衣一起造访解雇那位女子的公司。听了社长桐月一郎的辩解后，泰山感到这件事十分可疑，于是提议另外给单亲妈妈介绍一份工作，不料。这个轻率的提案大大惹火了真衣，真衣一怒之下要与翔绝交。泰山认为，每次孩子有个头疼脑热单亲妈妈都得请假，公司根本承受不了，只能解雇了事，经营事业从来都是这样。听了他的话，翔也是怒从心头起，他愤然地说：“如果连单亲妈妈的苦处也不明白，所谓总理就是个笑话。”了解了翔的想法的泰山联络新田理，命令他调查桐月的底细。这时，网上流传出了官房长官狩屋孝司的绯闻。与此同时，宪民党的议员也闹出丑闻，泰山和藏本为了平息风波一起四处奔忙。

从CIA盗取脑波替换技术的人落网，但那人也是被收买的。根据有关部门掌握的情报显示，在武藤泰山和武藤翔体内植入芯片的丸山牙科院长曾和某人接触过。那个人就是名为“蓝花槛”的免费学校的理事长黑川正吉。听说过去南真衣曾邀请翔加入“蓝花槛”的志愿者后，泰山以翔的名义与真衣联络，让她准备武藤总理视察免费学校的事宜。在“蓝花槛”免费午餐会当天，泰山有意实施监禁并审问黑川的野蛮计划。但是，根据新田理的调查，黑川和丸山田从小就是朋友，他和脑波互换事件并无关系。而且，“蓝花槛”因为资金困难不久后即将关闭。为了在“蓝花槛”看到的孩子们，翔觉得无论如何也得让它经营下去，去找泰山和茂平商量。但是，他们告诉翔，国家财政困难，再加上援助不固定的免费学校组织在现行法律上定位模糊，因此政府无能为力，翔对此完全不能接受。当被翔质问“如果连眼前有困难的人一点也帮不上，那算什么政治？”时，泰山等大人无言以对。另一方面，泰山代替翔到求职的第一志愿公司“agri fraditional”接受面试。在得知儿子想进这家公司的动机是“听说这是一家守护日本古老优秀的饮食文化传统的公司”后，泰山为帮他达成心愿在面试中使出浑身解数。然而，听面试官说出了与翔想像的一样的公司现状后，泰山又忍不住当场教训起面试官来。泰山和翔以各自的立场和方法，为了蓝花槛的存续行动起来。在拯救免费学校的过程，泰山也重新体会到了自己当年投身政界的初心。然而，就是在他们看不到的地方，一个撼动世界的大阴谋正在悄然进行中。