南方仁（大泽隆夫饰演）从现代穿越时空，回到了150年前的幕末时代，已经过了两年。仁发现橘咲（绫濑遥饰演）很没精神，便前往拜访咲的老家。结果从咲的哥哥恭太郎（小出惠介饰演）得知，咲的母亲（麻生祐未饰演）得了脚气病。仁得知咲的母亲喜吃甜食，便希望藉著制作某种甜点，来进行治疗。某日，坂本龙马（内野圣阳饰演）从京都远道而来，向仁求助。原来是胜海舟（小日向文世饰演）的老师佐久间象山（市村正亲饰演），遭人暗算受到重伤，性命垂危。

南方仁（大泽隆夫饰演）制作的甜点「安道名津」，因为对脚气病很有效，在江户颇受好评。某日，西洋医学所的松本良顺前来拜访，表示皇女和宫（黑川智花饰演）可能罹患脚气病，希望仁能够献上「安道名津」。橘咲（绫濑遥饰演）等「仁友堂」的成员，都感到十分光荣与欣喜。但仁却因为自己可能改变历史，而感到十分烦恼。就在此时，仁遇见了正在找工作的野风（中谷美纪饰演）。仁于是建议野风来「仁友堂」帮忙，而咲也十分爽快的迎接野风。

南方仁（大泽隆夫饰演）因为献给皇女和宫的「安道名津」，可能参有砒霜，而被关进大牢，并受到严刑拷打。胜海舟（小日向文世饰演）、坂本龙马（内野圣阳饰演）、橘恭太郎（小出惠介饰演）等人，请新门辰五郎（中村敦夫饰演）协助，四处奔走希望能救出仁医。而「仁友堂」的成员得知仁遭到逮捕，也陷入混乱，佐分利祐辅（桐谷健太饰演）认为一切都是医学馆造成的，而责怪医学馆出身的福田玄孝（佐藤二朗饰演）。福田则拼命恳求医学馆的督事能够公正调查。

坂本龙马（内野圣阳饰演）和同伴们成立了「龟山社中」，并结识了同为土佐脱藩浪人的中冈慎太郎（市川龟治郎饰演），一拍即合。两人为了长州和萨摩的和解，而四处奔走。南方仁（大泽隆夫饰演）正在摸索如何将盘尼西林粉末化，就在此时，幕府方面希望仁能治疗川越藩主之妻-惠姬的肿瘤。于是仁与咲（绫濑遥饰演）动身前往川越藩，但惠姬却拒绝治疗。

南方仁（大泽隆夫饰演）于下榻旅馆认识的少女初（畠山彩奈饰演），在游玩时跌倒受伤。仁与咲（绫濑遥饰演）著手治疗阿初，没想到仁的身体竟然开始消失...泽村田之助（吉泽悠饰演）为了卧病的师兄坂东吉十郎（吹越满饰演），前来拜托仁能够帮忙治疗。吉十郎的手脚指开始溃疡，为了保命必须截肢，但吉十郎却希望能最后一次站上舞台。