物种起源

发现

毛里求斯岛上过去鸟类很多，后来大多遭到了灭绝的命运，很多种类连标本都没有留下来，人们只是从残留的遗骨和航海者的记述中才知道一些它们生活的情况，渡渡鸟就是其中最著名的一种。身躯臃肿，翅膀退化，善于奔走，不能飞翔。性格温顺而笨拙，栖息于林地中。叫声似“渡渡”。以树木果实为食。营巢于林间草地上。每窝仅产1枚卵。在15世纪以前，岛上的渡渡鸟数量还是很多的。

第一批抵达毛里求斯的水手是1507年由马斯卡列涅斯船长率领的葡萄牙人。他们本打算在南非的好望角登陆，但暴风雨的天气使他们偏离了航线，他们最终在毛里求斯找到了喘息的机会。接下来的几年里，葡萄牙、荷兰、英国和其他几支探险队在该岛停留。在渡渡鸟号上，水手们找到了乐趣，当补给耗尽时，他们也找到了食物。作为鸟类消失的典型，渡渡鸟生活在印度洋毛里求斯，也叫愚鸠。1500年以来，从来没有西方人到过毛里求斯，虽然历史上曾有东方航海者途经这里，但直至葡萄牙人和后来荷兰人来到这里并建立起海上贸易航线，渡渡鸟快乐的日子才结束了。 

据历史记载，那个时候葡萄牙人和后来荷兰人在印度洋上建起了海上贸易航线，途中就会经过毛里求斯岛，渡渡鸟快乐的时光就结束了，直到1598年的时候，荷兰的一条商船因为在海上遭遇了风暴，而被迫停靠在了毛里求斯岛上，上岛之后竟然发现了很多奇特的生物，而渡渡鸟也是其中之一了。后来开始又有大量的人登山岛，并且还在这里定居下来。荷兰人在1644年殖民了毛里求斯。不仅殖民，他们还带来了有猫、狗、猪，有时还有猴子。这些动物迅速侵入树林，践踏鸟巢，吓坏了鸟儿。这些家养动物也会吃掉渡渡鸟的蛋和雏鸟。外来动物的干扰，再加上持续的过度使用鸟类作为食物，终于导致渡渡鸟于1681年灭绝。

命名

渡渡鸟的原始名称之一是荷兰语“Walghvoghel”，首次出现于荷兰海军中将维布兰德·范瓦尔维克(Wybrand van Warwijck)的日记中，他在1598年第二次荷兰远征印度尼西亚期间访问了毛里求斯。“Walghe”的意思是“无味的”、“平淡的”或“病态的”，而“voghel”的意思是“鸟”。这个名字被雅各布·弗里德利布(Jakob Friedlib)翻译成德语为“Walchstök”或“Walchvögel”。 

关于渡渡鸟名称的来源有两种猜测。更被接受的来源是荷兰语“dodoor”，意思是“懒惰”。这个词描述了渡渡鸟的外观和形态。另一种猜测是这个名字来自葡萄牙语“doudo”，意思是愚蠢或简单。

dodo这个词的词源不清楚。有人将其归因于荷兰语dodoor的“懒惰”，但它更可能与“Dodaars”有关，意思是“肥屁股”或“臀结”，指的是尾巴后端的羽毛结。1602年，维布兰德·范瓦尔维克船长的日记中首次记载了“Dodaars”这个词。英国作家托马斯·赫伯特爵士(Sir Thomas Herbert)在他1634年的游记中第一个在印刷品中使用"渡渡鸟"这个词，声称葡萄牙人曾在1507年访问过毛里求斯。另一位英国人伊曼纽尔·阿尔瑟姆(Emmanuel Altham)在1628年的一封信中使用了这个词，他还声称它的起源是葡萄牙语。 “dodar”这个名字与dodo同时被引入英语，但直到18世纪才被使用。 据了解，葡萄牙人从未提到过这种鸟。尽管如此，一些消息来源仍然指出，dodo这个词来源于葡萄牙语doudo（也为doido），意思是“傻瓜”或“疯狂”。也有人认为”dodo“是鸟叫的拟声词，一种类似于“doo-doo”的两音鸽子的声音。

拉丁名”cucullatus“ ("hooded") 于1635年首次被胡安·尤西比奥·尼伦贝格(Juan Eusebio Nieremberg)用作Cygnus cucullatus，参考卡洛斯·克卢斯(Carolus Clusius)1605年对渡渡鸟的描述。在林奈18世纪的经典著作《自然系统》 (Systema Naturae) 中，他使用cucullatus作为具体物种名称，但将其与属名Struthio（鸵鸟属）结合使用。马图林·雅克·布里森(Mathurin Jacques Brisson)于1760年创造了属名”Raphus“（指渡渡鸟），导致出现的名称是”Raphus cucullatus“。1766年，林奈创造了新的二项式名”Didus ineptus“（意为“无能的渡渡鸟”）。 由于命名排序优先，这已成为早期名称的同义词。 

进化

2002年，美国遗传学家贝思·夏皮罗(Beth Shapiro)及其同事首次分析了渡渡鸟的DNA。从牛津标本的跗骨和罗德里格斯渡渡鸟(Rodrigues solitaire)的股骨中分离出的线粒体细胞色素b和12S rRNA序列的比较证实了它们之间的密切关系以及它们在鸠鸽科中的位置。遗传证据被解释为表明东南亚绿蓑鸠(Caloenas nicobarica)是它们最接近的近亲，其次是新几内亚的凤冠鸠(Gourinae)，以及萨摩亚表面上类似渡渡鸟的齿嘴鸠(Didunculus strigirostris)（学名指其类似渡渡鸟的喙）。这一分支由通常居住在地面的岛屿特有鸽子组成。根据Shapiro等人2002年的研究，以下分支图显示了渡渡鸟在鸠鸽科中最亲密的关系：

渡渡鸟与鸠鸽科的亲密关系

2007年发表了一个类似的进化枝图，颠倒了凤冠鸠和齿嘴鸠的位置，包括在进化枝底部的雉鸠 (Otidiphaps nobilis) 和厚嘴地鸠 (Trugon terrestris)。这些研究中使用的DNA是从牛津标本中获得的，由于这种材料已被降解，并且没有从亚化石残骸中提取出可用的DNA，因此这些发现仍需要独立验证。根据行为学和形态学证据，Jolyon C. Parish 建议将渡渡鸟和罗德里格斯渡渡鸟与凤冠鸠和其他鸽子一起放置在凤冠鸠亚科中，这与遗传证据一致。2014年，对灭绝的斑点绿鸠(Caloenas maculata) 的唯一已知标本进行了DNA分析，发现它是绿蓑鸠的近亲，因此也是渡渡鸟的近亲。 

2002年的研究表明，渡渡鸟和孤鸽的祖先在大约2303万年前的古近纪——新近纪边界附近分道扬镳。马斯卡林群岛（毛里求斯、留尼汪和罗德里格斯）起源于火山，距今不到1000万年。因此，这两种鸟的祖先在谱系分离后可能仍然能够飞行相当长的一段时间。绿蓑鸠和斑点绿鸠被放置在通向渡渡鸟亚科的血统的基础上，这表明不会飞的渡渡鸟有能够飞行的祖先，是半陆地和有人居住的岛屿。这反过来又支持了这些鸟类的祖先通过从南亚离岛到达马斯卡林群岛的假设。由于缺乏哺乳动物及草食动物在这些岛屿上争夺资源，因此孤鸽和渡渡鸟能够长得非常大并成了没有飞能力的鸟。尽管它的头骨形态不同并且适应较大的尺寸，但其骨骼的许多特征仍然与较小的飞鸽相似。另一种不会飞的大型鸽子，维提岛巨鸠(Natunaornis gigoura)，于 2001 年从斐济的亚化石材料中被描述。它只比渡渡鸟和孤鸽小一点，也被认为与凤冠鸠有关。 

骨骼

19世纪，学者们对渡渡鸟是否存在的怀疑持续了很长时间，直到1865年有人发现了约300个渡渡鸟骨骼，这种疑问才烟消云散：渡渡鸟在第一批欧洲人去毛里求斯很久以前就死了。不幸的是，这次挖掘是在使用一种很不科学的方法下进行的。许多标本都被错误得处理了，使科学家对渡渡鸟真实情况的分析更加困难。英国军队在20世纪40年代用工地上的碎石把这个发现渡渡鸟骨骼的地方埋了起来。胡姆和他的同事们决定寻求许可，好使他们对工地碎石下面的骨骼展开挖掘工作。这个坟场成为探索神秘渡渡鸟更多知识的重要地点。 

探索队于2005年12月宣布，他们发现了“古生物界的黄金”。胡姆和他的同事们找到一层从来没有人动过的骨骼，年代可追溯到1万多年。胡姆表示：“这是新材料，它完全没有受到人类污染物的污染。是人们要想去收集的理想的保存完好的骨骼。”之后，出现很多猜想，其中一种希望是科学家或许会首次发现一只渡渡鸟的完整骨架，这能帮他们了解渡渡鸟在地面上是如何运动的：是摇摇摆摆地走同，还是跳跃而行。 

这些骨骼保存非常完整，这给研究人员提取DNA带来了希望。他们通过这种方法可以了解渡渡鸟起源方面的更多信息。牛津古代生物分子中心前主管艾伦·库珀已经能从牛津唯一渡渡鸟标本的软组织上提取了少量DNA。库珀的研究显示，它跟另一种灭绝的鸟——矾鸫有亲缘关系。矾鸫曾生活在罗得里格斯岛附近，它属于毛里求斯，在西印度洋马斯克林群岛东部。