在江汉市，海关总署抽调各地缉私精英侦办506特大镁砂走私案。案件在高度保密中进行着，关汉生负责的小组正在一个楼层秘密监控对面的大川海运公司。老板是一个叫陈惠的女人，一切都在关汉生掌控之中。当海上拦截走私货轮开始后，关汉生这边同时进行抓捕行动，可海运公司人去楼空，所有货运单被销毁，陈惠不知去向。很明显，行动前已经走漏了风声，陈惠是在关汉生眼皮下不动声色地销毁了所有证据，然后金蝉脱壳，溜之大吉。魏庭坚的妻子、主管工业的副市长舒岚赶到东方汽配厂，就被闹事工人团团围住。原来，工人因为三个月没有拿到工资，有人偷了设备变卖，被警察抓了，家属和职工拥堵在厂长办公室，和厂长金东铭、保安发生冲突。舒岚叫来集团公司总裁鞠永昌现场办公，阻止金东铭对工人的粗暴行为，快刀斩乱麻处理好了纠纷。关汉生赶回江汉关，老关长把他和魏庭坚叫来办公室，说自己即将离任上调北京，两人相互推让。关汉生的儿子关双也在海关实习。魏晴(魏庭坚的女儿)与关双是一对恋人。鞠永昌拿出了一沓偷拍魏庭坚和张怀兵吃喝的照片，一口咬定张怀兵为了拿到物流保税挂牌，向主管此项工作的魏庭坚行贿。关汉生看罢照片，告诫鞠永昌不要乱猜，鞠永昌很尴尬。此时，张怀兵正在准备遇难战友三十周年祭，各地战友和遇难者家属已经陆续来到江汉，还有卢娅。

战友聚会暨祭奠遇难战友仪式在高地举行，张怀兵等待着关汉生和魏庭坚。舒岚打去电话，两人都关机，联系不上。祭奠仪式上，关汉生充满悲情的发言感染了所有人。随后张怀兵宣布，决定拿出两百万成立一个遇难战友家属救助基金，由老连长关汉生担任会长，以后遇难战友家属有了经济困难，都可以从中获得资助。缉私行动分两路进行。关汉生带领缉私艇进入伏击地点，等候出击;魏庭坚和老关长坐镇会议室指挥调动。阿震和一帮人在小码头等候。一辆越野车驶来，老板冯志摩带着他们正要上船赶去接货地点，一个神秘电话打来，冯志摩接听后，忍痛放弃了这批货。关汉生觉得幕后还有更大的老板。回到家，关汉生的母亲很长时间不见儿子，把儿子数落一通，说关汉生比不上张怀兵人情练达。舒岚看到卢娅对鞠永昌的访谈，大怒，找来卢娅。

舒岚敦促海关加快物流保税挂牌的审批程序，在讨论保税挂牌工作会上，魏庭坚突然提议，暂缓东方汽配厂入驻，转而推荐另一家更有实力的宏图公司。实则宏图贸易是高地旗下的一家子公司，法人张怀兵。关汉生不同意，坚持推荐东方。二人争执，关汉生提醒魏庭坚，勿因个人情感影响工作。关双一直跟踪阿震，以阿震弟弟阿怀约出，并希望他能自首。螳螂在后的方虎，一举抓获了阿震。方虎告诉关双，阿震是至关重要的线索，从掌握的情报来看，他曾参与过黄正龙走私暴力团伙，在他身上可能挖出一些江汉走私团伙不为人知的内幕，为了顺利使之归案，才“利用”关双抓捕了阿震。关双不由得怨恨起父亲关汉生。关汉生回到家里，关双正在收拾东西，要结束实习回到学校。审讯始终敲不开阿震的口。连夜，关汉生将阿怀带来见阿震。关汉生抓住阿震疼爱弟弟这个最柔弱的情怀，苦口婆心，终于击破了他的防线。阿震说出了一个重要的细节，冯志摩是接到一个电话后放弃了这批货的。

张怀兵以慈父的姿态调节着干女儿魏晴和关双的矛盾。 陈惠与冯志摩东躲西藏，方虎的追踪又扑了空。老厝更是盯上了表妹陈惠，急切地要得到她手里的账本。郑颖萍是东方汽配厂职工，去厂里讨要工资时，遇到工人围攻鞠永昌，她替鞠永昌解围，突然晕倒。关汉生接到电话，撂下工作赶往医院。见到魏庭坚，阿震说只相信关汉生，他不在不交代。魏庭坚去了隔壁监听室。方虎对阿震说他能代表关汉生，阿震这才交代，三年前成功侦破的黄正龙走私团伙案，一条真正的大鱼漏网了。并可以指认。

陪着妻子体检时，关汉生发现B超机来路不明，暗中叫来小诸葛调查，医院发现，把不满情绪发泄在郑颖萍身上，舒岚前来协调，但郑颖萍执意要离开，别人都以为她在耍官太太脾气，只有关汉生明白，妻子节俭，舍不得把钱扔进医院里。回到关里，翻看审讯阿震笔录时发现“大鱼漏网”的细节，阿震交代，三年前黄正龙在一单大宗走私货交易前夕，看到一张江汉晚报的人物报道，骂报道的人物跟自己是一路货色，阿震只把报上的人物相貌记了个大概。当晚，黄正龙在行动中被击毙。听完阿震的交代，关汉生震惊不小，他想起了三年前这个案子。当时，为了掌握黄正龙走私团伙的犯罪证据，他派缉私队员卢伟（卢娅的哥哥）进行卧底侦查，被黄正龙识破，沉尸江中，这个案子又是魏庭坚亲手经办的，而且已经成了铁案……关汉生去图书馆把三年前案发那几天的江汉晚报找出来，将有关人物报道并附有照片的报纸都摆在阿震面前，让他辨认，阿震看了，摇头，那个人物不在里面。方虎劝关汉生放弃这条线索，他怀疑阿震在撒谎。魏庭坚和关汉生讨论保税挂牌，舒岚主动以主管工业副市长的身份列席参加，关汉生和魏庭坚都感到很意外。要以这两家企业本月的销售额作为衡量标准，最终决定花落谁家。魏、舒同意了。关汉生郑重要求此事严格保密，不能外传。考察组分别进驻宏图和东方。 考核意外地泄密了，结果自然也就作废了。506特大镁砂走私案的负责人老沙一行人突然出现在关汉生面前，他们判断，506特大镁砂走私案的幕后黑手极有可能就隐藏在江汉。由于总署已经撤销了集中办案，各地抽调的精英回到了原单位，老沙指示关汉生在江汉成立专案组，继续经营，随机而动，挖出这个特大镁砂走私案的幕后黑手。在寻找冯志摩行踪时，发现了从江汉市消失的陈惠，她跟冯志摩在一起。这个意外的收获让关汉生欣喜万分，冯志摩极有可能在江汉遥控操纵，指挥陈惠进行镁砂走私，他就是506案的幕后黑手。