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朱元璋为加强中央集权统治，特令 锦衣卫掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动，且不经司法部门。 负责侦缉刑事的锦衣卫机构是“南北镇抚司”。其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪。“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。

北镇抚司外部任务较多，经常出差全国。北镇抚司外出特务皆为“钦差”。由于北镇抚司直接向 皇帝负责，因此地方官员见到北镇抚司的人都是恭恭敬敬，一点不大意，称呼为“上差”或“钦差”。

明代最有名的锦衣卫即为北镇抚司十三太保。

南北镇抚司

锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。

南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为 校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。