简介

囊泡虫总门（Alveolata）是真核域囊泡藻界的1个超门。

囊泡虫可分为4个门。它们在形态上具有非常大的多样性，但根据细胞内的超微结构与基因具有密切亲缘关系：

． 顶复门(Apicomplexa) - 营寄生的原生生物，缺少轴丝运动结构，但是配子例外； ．Chromerida - 一种具有光合自养的海生原生动物，是顶复门与藻类的进化过渡的中间物种； ．纤毛虫门(Ciliate) - 非常常见的原生动物，具有成排的纤毛； ．双鞭毛虫门(Dinoflagellate) - 大都是海生鞭毛虫，往往有叶绿体。

帕 金虫属(Perkinsus)可能属于另一个进化分枝 - 帕金虫门(Perkinsozoa) - 基于许多分子生物学证据。

命名

在1980年代，提出了这几大类微生物可能属于一个进化分枝。1990年代通过基因研究证实了这一想法，特别是Gajadhar等人的研究工作。汤玛斯·卡 弗利尔-史密斯于1991年正式命名了囊泡虫总门(Alveolata)，在当时还认为这可能是一个并系群，实际上后来证实是单系群。

特征

囊泡虫最著名的公共特征是存在皮层内生膜囊(cortical alveoli)，扁平的囊泡折叠为连续层支撑着膜，通常形成灵活的薄皮。双鞭毛虫通常形成硬壳。 囊泡虫具有带管状嵴的线粒体。鞭毛或纤毛有不同结构。（这类原生生物的祖先显然是营光合作用的）

几乎所有的纤毛虫与顶复门寄生虫的线粒体基因组是线状的。巴贝斯原虫(Babesia microti)的线粒体基因是环形的。这个物种因而被认为不属于巴贝斯虫属(Babesia)或泰勒虫属(Theileria)，应该为它创建一个新的属。

相关

顶复门与双鞭毛虫门具有很近的亲缘关系，而纤毛虫门则比较疏远。顶复门与双鞭毛虫门都有色素体，在细胞顶部大都有一束或圆锥形微管。对于顶复门生物，这形成了顶复器用于进入宿主细胞。某些无色的双鞭毛虫形成了口器用于摄入被掠食的微生物。其它囊泡虫类的生物与这两类具有不同远近的亲缘关系，大部分鞭毛虫有类似的顶器结构。这包括自由生活的Oxyrrhis与Colponema，营寄生的Perkinsus, Parvilucifera, Rastrimonas与ellobiopsid。

2001年，对海洋微 微型浮游生物样本的rRNA研究表明，存在两个新的囊泡虫进化世系，称作Group I与II。Group I没有近缘亲属，而Group II与双鞭毛虫门共甲藻目(Syndiniales)的寄生生物Amoebophrya亲缘很近。

某些研究认为最著名的 海洋无脊椎动物的寄生虫haplosporid应该属于囊泡虫总目，但缺少腔区(alveoli)，因此现在被分类在有孔虫界的 丝足虫类。

色素体

囊泡虫的色素体的发展还不确定. 卡弗利尔-史密斯建议囊泡虫的祖先是一种有叶绿体的，并发展成了色藻界 (囊泡藻界假说)。 但是，色素体只出现在相对衍生的(而不是比较古老的)群体，其它人的观点是囊泡虫最初缺少色素体，可能是双鞭毛虫与顶复门生物分别独立获取色素体，也很可能是囊泡虫总门与不等鞭毛总门的色素体。这个细胞器有一个共同起源，是从红藻那里获得了色素体。

共同起源

囊泡虫的共同起源可能是一种吸食(myzocytotic)被掠食者的细胞，有两条鞭毛、微孔、刺丝胞(trichocyst)、棒状体(Rhoptry)、microneme、polar ring与一个锥形顶部开口的顶器。目前还不清楚现存的perkinsids与colpodellids是否还有这个细胞器。这个祖先可能拥有色素体，但还不清楚是否具有光合作用的能力。