民国初年，北京天桥的席棚书场里，江湖艺人“铁嘴霸王”在讲述着身怀绝技、除暴安良、杀富济贫的江湖大侠——燕子李三不幸被捕的故事。一个瘦小的孩子站在一条长凳上，听得格外认真。燕子李三将要被处决的消息在京城不胫而走，群众纷纷走向街头，为自己的英雄送行。法场路上，神秘的黑衣人拨开人群紧紧跟着囚车，人群中爆发出一阵呼喊：“好汉，唱一段，来个交待”。跪在囚笼里的李三面对热爱自己的群众含笑点头，突然他发现黑衣人伸手摸出飞镖，李三摇了摇头，声嘶力竭地唱道：贤弟呀，你不要莽撞，来日方长啊。黑衣人缓缓放下手来，突然后边人群涌动，一个小孩高举着馍头挤出人群，向囚车追来。执刑官玉大兽一记鞭子抽来，小孩倒地，玉大兽收起鞭子骂了声“小杂种”扬长而去。玉大兽原是李三的好友，为得到官府的赏赐出卖了李三，这才使一代豪侠命丧黄泉。庆功宴上玉大兽阴沉着脸，来宾不解其意，玉大兽说：“李三虽已除掉，但他有一个师弟姓李名显，穿墙越户的本领不在李三之下，此人一日不除，我们便一日不得安宁。”众人面面相觑。突然楼道里一阵响动，众人惊讶地看去，又是书场里的小孩呆呆地站着，玉大兽喝道：“谁让你来的，小杂种，滚出去”。深夜，乱坟岗，小孩悄悄地走来，爬上一棵树，偷偷地向下看去，新坟前黑衣人将李三的牌位插好，倒头便拜。忽见四周的坟头蠕动，小孩大叫一声摔下树来，李显警惕地抬起头来，刹时坟头爆裂，窜出十几个人来将李显团团围住，土坟后走出玉大兽，他冷冷地说：“李显，今天请来江湖高手，这儿就是你的葬身之地。”十几个高手闻声而动，李显施展轻功，左冲右空，身受重伤，杀出重围，被日本郎中五咸救出，为报五咸救命之恩，李显留下3个小燕子风筝，相约以后有事，定当万死不辞。李显收了小孩，为之起名李云龙。从此，他与云飞、云馨成了燕子门的正式传人。东北普照寺的堂畿和尚是李显的至交，李显带着3个弟子来到这里，决心十年铸剑，报仇雪恨。在师父、师兄、师姐的调教下云龙的武功后来居上，深得李显喜爱。

一天普照寺来了位不速之客，偷看燕子门练功，被李显发现，来人为五咸所派。原来日本人早就图谋东北，屡次派人窃取张作霖的情报而不得手，于是五咸以燕子风筝为凭来找李显，李显为报恩设计偷了情报，却引起张作霖对燕子门的注意。转眼之间，燕子三杰已长大成人，李显命云飞、云龙下山诛杀玉大兽，云馨争着要去，李显以她是女子为由坚决不允。云馨剪掉辫子女扮男装私自下山。云飞、云龙昼伏夜行来到北京，明查暗访，弄清了玉大兽的行踪，得到了进入玉大兽密室的线索。云飞、云龙突破暗道机关找到玉大兽，这时云飞才知道云龙是玉的儿子。仇人相见，分外眼红，云龙杀了玉大兽后，又触犯门规杀了玉的小妾和仆人。燕子李三的关门弟子九天鹤突然来到普照寺，请李显出山为张作霖效力，遭到李显拒绝，张作霖大为恼火，欲剿灭燕子门。云龙将玉大兽的人头挂在了十字街头的旗杆上，北京城内百姓争说“燕子李三”重现江湖。

云馨来到北京天桥以轻功绝技教训了强收民众占地费的“独眼彪”，遇到师兄、师弟，得知燕子门大仇已报，怪怨他们不带自己，故意不理云飞。归山后的云飞将滥杀无辜的罪名揽到自己身上，正在接受李显的盘问，云龙则在云馨的屋里给她展示偷工减料来的外国香水、高跟鞋、八音盒等千奇百怪的东西。云龙、云飞回山已有两天，李显对他们均无褒奖，堂畿知道这是李显暗中观察徒弟的品行修为。云飞不居功，不自傲，反复向师父讲云龙为燕子门立了大功，而将违反门规的责任承担起来。云龙却飘飘然起来，自以为武功好便可以横行天下。李显看在眼里。九天鹤听说云飞、云龙回山已有两天，再次来到山庄催李显派弟子到张作霖军中效力，否则将采取武力解决。李显为避祸，以惩罚云馨私自下山为由，接着又设苦肉计，让云龙先离开东北，躲过了奉军的纠缠。

燕子李三-李云馨奉军占领北京，“铁嘴霸王”不能再说《燕子李三》，只好返回老家山东，染病在身。为给“铁嘴”治病，李云龙先偷了韩复榘的金表，又在谭家麟与女戏子绿牡丹调情之际，偷了他的皮包，发现了韩复榘与日本人签署的秘密文件，“铁嘴”气愤地把这些东西送到报馆，报馆不敢登载，又将文件转给了韩复榘，谭家麟因此被降为警察局长。云龙走后，李显了结了与奉军的纠缠，派李云飞下山为燕子门南下打前站，云飞、云馨从小青梅竹马，二人即将分手，依依不舍。

李显的师弟李德，心地善良，疾恶如仇，从小苦练轻功，但始终没有什么长进，为躲避官府追捕，10年来隐姓埋名，开了一家店。济南第一刀“金钱豹”自恃武功高强，勾结官府，强行将老百姓祈天坛据为己有。李云龙偷文件的事被“铁嘴霸王”编成新《燕子李三》到处传讲，引起日本郎中五咸的注意，于是挑动“金钱豹”寻找燕子门比武。李德从食客口中得知燕子门重现江湖，于夸耀自己才是燕子门传人，受到奚落，正在闷闷不乐，云飞突然出现，李德惊喜万分。李云飞、李德接受了“金钱豹”的挑战，在祈天坛与“金钱豹”比武，李德首先上场，却险些命丧敌手，这时云飞才知道这位师叔原来不会轻功，击败“金钱豹”，将祈天坛还给老百姓，于是人人都说“燕子李三”出现了。受了重伤的“金钱豹”被五咸治好，从此成了五咸的走卒。