西元2000年发生了一场被称为第二次冲击的前所未有的大浩劫，南极落下一颗大质量的陨石，造成海平面上升、天灾四起、经济崩坏、民族纷争、内战……地球上的人口由五十馀亿锐减为二十馀亿﹔西元2015年在全球复兴之际，人类渐渐从毁灭中站起来但新的危机又来了！来路不明的「使徒」，一种巨大的战斗兵器群大举来袭，为了对抗他们，人类开发了「泛用人形决战兵器EVANGELION」。西元2015年，初号机开发完成，在此也选出3位少男少女做为「EVANGELION」的驾驶员，人类未来的希望就落在这三个人的身上，故事也就从此刻开始…由於版权移转，台湾角川将重新发行本作的中文版第1-6集。