渔港码头上，一场争风吃醋的肢体冲突中，在散落的鲜虾里发现了一条穿着海军长靴的断腿。King从Lee上校口中得知Calvin已经失联多日，King顿时有了不详的预感。随后的搜查证实了King的预感，受害者正是Calvin。Wade医生在Calvin的胳膊上找到一个新的纹身，那是一个当地帮派之一“三角帮”的纹身，Calvin的死似乎于帮派仇杀有关？Wade医生发现，Calvin身上的纹身在逐渐淡化，她在Ducky医生的帮助下，推断出纹身是在Calvin死亡后纹的，这推翻了帮派仇杀的猜想。Brody根据Calvin邮箱中的一些神秘数字，推断出Calvin工作的码头有人在走私毒品。NCIS前往码头调查，发现码头管事Hunter形迹可疑，King逮捕了Hunter，并查获了走私的毒品。King在对Hunter审讯后，发现了疑点，他怀疑毒品走私的幕后黑手是议员Hamilton，但是他没有证据。

美国军舰Geronimo号停在港内，船员上岸休息，其中一名船员在神情恍惚中，被一辆疾驰而来的出租车撞死了。Wade医生在尸检中发现了鼠疫病毒，NCIS主任高度重视，要求King团队查出病毒来源，并抑制病情蔓延和流言的传播。Vance主任派遣曾经得过鼠疫的DiNozzo特工，前来帮忙。NCIS封锁了Geronimo号军舰，他们在对军舰进行搜查时，发现了另一具海军尸体。CDC实验室鼠疫病毒专家Carol Wilson发现病毒来源于实验室，King调查发现Hufcutt制药公司创始人，Mitchell医生盗窃实验室病毒，并利用海军船员散播病毒，谋取暴利。

一辆从新奥尔良开往查尔斯顿的运囚车，在半路翻车，三名海军囚犯逃脱囚笼。King在逃犯名单中发现一个特殊的囚犯Dmitry Babakov，一个为全球人渣服务的国际掮客，Vance主任要求King活捉Babakov，查出他携带的情报和买家信息。

海豹突击队员TJ死在新奥尔良工科大学的派对上，Wade医生尸检发现受害者被近距离枪杀，计算机调查专家Patton Plame在网上找到了一个大学应召女郎的网站，网站的幕后管理者，指使校园警卫枪杀了TJ。PS：King的女儿Laurel对于父母的离婚而左右为难。

一对度蜜月的夫妇，在湿地发现了海军陆战队员Willian的尸体，同时受害者的妻子Marilyn遭遇绑架，绑匪通知Marilyn的哥哥Oliver在24小时内，准备好三百万美金的赎金。King向FBI高级特工Tobias Fornell寻求帮助，Fornell根据勒索短信，判断出绑匪的身份信息。Oliver的财务律师Lanier沉迷于赌博，为了还清欠款，他与情妇Helaine合谋，策划绑架勒索，失手杀死了Willian。在被NCIS发现后，Lanier将赎金提前转移，并开枪自杀。King追踪赎金的流向，抓获了即将搭乘飞机逃离的Helaine。