《赛尔号2星球保卫战3:王的黑眼睛》讲述了刃灵兽袭击了在开盛会的草目氏族，特鲁伊身负重伤，昏迷不醒……太阳中间出现了幽深黑暗的黑洞，整个太阳看起来像一个眼睛。萨伦帝国的使者S说，那是复活的精灵王奎尔斯映射在太阳上的，专门吸收精灵的灵魂。随着精灵们陆续昏迷，北半球各氏族陷入混乱。终极赛尔童眼苏醒了。他驾驶光飞船飞临太阳，穿越“王阳黑眼睛”，在太阳背后发现了斯坦因博士的飞船。原来，这一切都是斯坦因博士的阴谋。与此同时，被黑暗力量重新控制的火幻氏族兵临水脉氏族城下。水脉氏族、草目氏族和精灵大军奋起反抗。巴尔卡的忽然出现是怎么回事？洛克为什么又一次成为萨伦帝国的同盟？“王的黑眼睛”真的那么可帕吗？