《小小孩动画故事馆:咕咚来了》的主要内容是：在给孩子讲《咕咚来了》的故事时，家长要引导孩子分析为什么那么多的小动物都会跟着小白兔一起跑；要告诉孩子：遇到不懂的事时，不要听别人说什么就是什么，而要亲自看个明白，这样才不会跟别人犯同样的错误。